Ignore:
Timestamp:
Mar 23, 2011, 1:24:24 PM (8 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Improved export of fasta files and added properties to assaysamples

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/metagenomics/RunController.groovy

    r19 r24  
    269269                // Make it only possible to update samples writable by the user
    270270                def assaySamples = run.assaySamples.findAll { it.assay.study.canWrite( session.user ) }
    271 
    272                 println "Matchcolumns: " + matchColumns
    273                 println "Possible fields: " + session.possibleFields
    274                 println "Assay samples: " + assaySamples.sample.name
    275271               
    276272                def excelData = sampleExcelService.updateTagsByExcel( matchColumns, session.possibleFields, file, assaySamples );
     
    315311                                def assaySampleParams = sampleParams.get( assaySample.id as String );
    316312                                if( assaySampleParams ) {
    317                                         assaySample.tagName = assaySampleParams.tagName
    318                                         assaySample.oligoNumber = assaySampleParams.oligoNumber
    319                                         assaySample.tagSequence = assaySampleParams.tagSequence
    320 
     313                                        sampleExcelService.variableFields.each { k, v ->
     314                                                assaySample[ k ] = assaySampleParams[ k ];
     315                                        }
    321316                                        assaySample.save()
    322317                                }
     
    514509                response.setHeader "Content-disposition", "attachment; filename=${name}.zip"
    515510                try {
    516                         fastaService.export( assaySamples.unique(), response.getOutputStream(), name );
     511                        fastaService.export( assaySamples.unique(), response.getOutputStream() );
    517512                        response.outputStream.flush();
    518513                } catch( Exception e ) {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.