Ignore:
Timestamp:
Mar 8, 2011, 11:59:30 AM (11 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Fixed issue #11: export of excel sample data is now column wise

Location:
trunk/grails-app/controllers/nl/tno/metagenomics
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/metagenomics/RunController.groovy

    r14 r18  
    554554                } catch( Exception e ) {
    555555                        log.error( "Exception occurred during export of sequences. Probably the user has cancelled the download." );
     556                        throw e
    556557                }
    557558        }
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/metagenomics/integration/RestController.groovy

    r14 r18  
    22
    33import grails.converters.*
    4 import nl.tno.metagenomics.Study
    5 import nl.tno.metagenomics.Sample
    6 import nl.tno.metagenomics.Assay
     4import nl.tno.metagenomics.*
    75
    86import org.apache.catalina.connector.Response;
     
    185183         */
    186184        def getQueryableFieldData = {
     185                println "Get queryable Field data: " + params
     186               
    187187                def entity = params.entity;
    188188                def tokens = params.tokens ?: []
     
    450450         *   {"name":"average quality", "unit":"Phred"} ]
    451451         */
    452         def getMeasurementMetadata = {
     452        def getMeasurementMetaData = {
    453453                def assayToken = params.assayToken
    454454                def measurementTokens = params.measurementToken
     
    461461                // For now, we don't have any metadata about the measurements
    462462                def measurements = getMeasurementTypes();
    463                 def measurementMetadata = []
     463                def measurementMetadata = [ ]
    464464
    465465                measurementTokens.each { token ->
     
    602602                }
    603603
    604                 def data = SampleAssay.findAllByAssay( assay );
     604                def data = AssaySample.findAllByAssay( assay );
    605605                def measurements = getMeasurementTypes()
    606606
    607607                def results = []
    608                 data.each { sampleAssay ->
     608                data.each { assaySample ->
    609609                        measurements.each { type ->
    610                                 def sample = sampleAssay.sample.sampleToken
     610                                def sample = assaySample.sample.sampleToken
    611611                                def isMatch = false
    612612
     
    614614                                if( ( measurementTokens.isEmpty() || measurementTokens.contains( type ) ) &&
    615615                                ( sampleTokens.isEmpty()      || sampleTokens.contains( sample ) ) ) {
    616                                         results.push( [ 'sampleToken': sample, 'measurementToken': type, 'value': sampleAssay[ type ] ] )
     616                                        results.push( [ 'sampleToken': sample, 'measurementToken': type, 'value': assaySample[ type ] ] )
    617617                                }
    618618                        }
  • trunk/grails-app/controllers/nl/tno/metagenomics/integration/SynchronizeController.groovy

    r17 r18  
    2323        def perform = {
    2424                try {
     25                        if( !session.user ) {
     26                                throw new Exception( "No user is logged in" );
     27                        }
     28                       
    2529                        synchronizationService.sessionToken = session.sessionToken
    2630                        synchronizationService.user = session.user
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.