Changeset 12 for trunk/grails-app/views


Ignore:
Timestamp:
Feb 9, 2011, 9:04:29 AM (10 years ago)
Author:
robert@…
Message:

Implemented basic exporting functionality

Location:
trunk/grails-app/views
Files:
2 added
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/grails-app/views/assay/index.gsp

    r7 r12  
    1818                                                <th>Study</th>
    1919                                                <th># samples</th>
     20                                                <th>avg sequences / sample</th>
    2021                                        </tr>
    2122                                </thead>
     
    2829                                                                        <td><a href="${study.viewUrl()}">${study.name}</a></td>
    2930                                                                        <td>${assay.assaySamples?.size()}</td>
     31                                                                        <td>
     32                                                                                <g:if test="${assay.assaySamples?.size()}">
     33                                                                                        <g:formatNumber number="${assay.numSequences() / assay.assaySamples?.size()}" format="0"/>
     34                                                                                </g:if>
     35                                                                                <g:else>
     36                                                                                        -
     37                                                                                </g:else>
     38                                                                        </td>
    3039                                                                </tr>
    3140                                                        </g:each>
  • trunk/grails-app/views/assay/show.gsp

    r10 r12  
    6666                                        <th nowrap>name</th>
    6767                                        <th nowrap>run</th>
    68                                         <th nowrap>subject</th>
    69                                         <th nowrap>event</th>
     68                                        <th nowrap>tag name</th>
     69                                        <th nowrap>tag sequence</th>
    7070                                        <th nowrap># sequences</th>
     71                                        <th nowrap># qual</th>
    7172                                </tr>
    7273                        </thead>                       
     
    7778                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}, 'assay'); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
    7879                                                <td>${assaySample.run?.name}</td>
    79                                                 <td>${assaySample.sample.subject}</td>
    80                                                 <td>${assaySample.sample.event}</td>
    81                                                 <td>${assaySample.numSequences()}</td>
     80                                                <td>${assaySample.tagName}</td>
     81                                                <td>${assaySample.tagSequence}</td>
     82                                                <td>
     83                                                        <g:if test="${assaySample.numSequenceFiles() > 0}">
     84                                                                ${assaySample.numSequences()}
     85                                                        </g:if>
     86                                                        <g:else>
     87                                                                -
     88                                                        </g:else>
     89                                                </td>
     90                                                <td>
     91                                                        <g:if test="${assaySample.numQualityFiles() > 0}">
     92                                                                ${assaySample.numQualScores()}
     93                                                        </g:if>
     94                                                        <g:else>
     95                                                                -
     96                                                        </g:else>
     97                                                </td>
    8298                                        </tr>
    8399                                </g:each>
  • trunk/grails-app/views/fasta/showProcessScreen.gsp

    r7 r12  
    4343                                          clearInterval( progressInterval );
    4444
    45                                           alert( "Error " + xhr.responseCode + ": " + textStatus );
    46                                           window.location.replace( "<g:createLink controller="${entityType}" action="show" id="${entityId}" />" );
     45                                          alert( "Error " + xhr.getStatus() + ": " + xhr.getStatusText() );
     46                                          //window.location.replace( "<g:createLink controller="${entityType}" action="show" id="${entityId}" />" );
    4747                                }
    4848                                });
  • trunk/grails-app/views/run/show.gsp

    r10 r12  
    1313                <g:javascript src="run.show.assayDialog.js" />
    1414                <g:javascript src="run.show.runDialog.js" />
     15                <g:javascript src="run.show.addSamplesDialog.js" />
    1516                <g:javascript src="showSampleDialogUniversal.js" />
    1617
     
    8990                                <tr>
    9091                                        <th nowrap>name</th>
     92                                        <th nowrap>study</th>
    9193                                        <th nowrap>assay</th>
    92                                         <th nowrap>subject</th>
    93                                         <th nowrap>event</th>
     94                                        <th nowrap>tag name</th>
     95                                        <th nowrap>tag sequence</th>
    9496                                        <th nowrap># sequences</th>
     97                                        <th nowrap># qual</th>
     98                                        <th class="nonsortable"></th>
    9599                                </tr>
    96100                        </thead>                       
     
    100104                                        <tr>
    101105                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}, 'run'); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
    102                                                 <td>${assaySample.assay.study.name} - ${assaySample.assay.name}</td>
    103                                                 <td>${assaySample.sample.subject}</td>
    104                                                 <td>${assaySample.sample.event}</td>
    105                                                 <td>${assaySample.numSequences()}</td>
     106                                                <td>${assaySample.assay.study.name}</td>
     107                                                <td>${assaySample.assay.name}</td>
     108                                                <td>${assaySample.tagName}</td>
     109                                                <td>${assaySample.tagSequence}</td>
     110                                                <td>
     111                                                        <g:if test="${assaySample.numSequenceFiles() > 0}">
     112                                                                ${assaySample.numSequences()}
     113                                                        </g:if>
     114                                                        <g:else>
     115                                                                -
     116                                                        </g:else>
     117                                                </td>
     118                                                <td>
     119                                                        <g:if test="${assaySample.numQualityFiles() > 0}">
     120                                                                ${assaySample.numQualScores()}
     121                                                        </g:if>
     122                                                        <g:else>
     123                                                                -
     124                                                        </g:else>
     125                                                </td>
     126                                                <td class="button">
     127                                                        <g:if test="${!assaySample.assay.study.canWrite(session.user)}">
     128                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this sample because you don't have sufficient privileges." />
     129                                                        </g:if>
     130                                                        <g:else>
     131                                                                <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected sample from this run?' );" controller="run" action="removeSample" id="${run.id}" params="${[assaySampleId: assaySample.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
     132                                                        </g:else>
     133                                                </td>
    106134                                        </tr>
    107135                                </g:each>
     
    120148                                <input type="button" value="Add sequence files" disabled="disabled">
    121149                        </g:else>
    122 
     150                        <input type="button" value="Add sample" onClick="showAddSamplesDialog();">
     151                        <g:render template="addSamplesDialog" model="[run: run]" />
    123152                </g:if>
    124153                <div id="showSampleDialog" class="dialog"></div>
     
    164193                                                        </g:if>
    165194                                                        <g:else>
    166                                                                 <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected assay from this run?' );" controller="run" action="removeAssay" id="${run.id}" params="${[assay_id: assay.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
     195                                                                <g:if test="${!assay.study.canWrite(session.user)}">
     196                                                                        <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because you don't have sufficient privileges." />
     197                                                                </g:if>
     198                                                                <g:else>
     199                                                                        <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected assay from this run?' );" controller="run" action="removeAssay" id="${run.id}" params="${[assay_id: assay.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
     200                                                                </g:else>
    167201                                                        </g:else>
    168202                                                </td>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.