source: trunk/test/integration/nl/tno/metagenomics/integration/SynchronizationServiceTests.groovy @ 9

Last change on this file since 9 was 9, checked in by robert@…, 8 years ago
File size: 18.6 KB
Line 
1package nl.tno.metagenomics.integration
2
3import nl.tno.metagenomics.*
4import nl.tno.metagenomics.auth.*
5import grails.converters.JSON
6import grails.test.*
7import org.junit.*
8import org.springframework.orm.hibernate3.SessionFactoryUtils;
9import org.hibernate.Session
10import org.hibernate.SessionFactory
11
12class SynchronizationServiceTests extends GroovyTestCase {
13        MockGSCF gscf
14        def synchronizationService
15        SessionFactory sessionFactory
16
17        @Before
18        public void init() {
19                // this makes our test URL http://localhost:9432/
20                gscf = new MockGSCF(9432);
21
22                def user = new User( identifier: 1, username: 'test' );
23                if( !user.save(flush:true) ) {
24                        println "Error saving user: " + user.getErrors;
25                        assert false
26                }
27                synchronizationService.user = user;
28        }
29
30        @After
31        public void cleanup() {
32                gscf.stop()
33        }
34
35        void testConfig() {
36                assert synchronizationService.performSynchronization();
37        }
38
39        void testSynchronizeStudies() {
40                println "Synchro user: " + synchronizationService.user;
41
42                assert Study.count() == 1       // Trashcan study
43
44                gscf.response = [] as JSON
45                gscf.status = 200
46
47                // No studies have to be synchronized, since there are no studies in the database
48                assert synchronizationService.synchronizeStudies().size() == 0
49
50                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
51                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ],
52                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
53                ] as JSON );
54
55                gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
56                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
57                ] as JSON );
58
59                gscf.setRestResponse( "getStudies", "def", [
60                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
61                ] as JSON );
62
63                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
64                        [ assayToken: "1a", name: "assay 1a", parentStudyToken: "abc" ],
65                        [ assayToken: "1b", name: "assay 1b", parentStudyToken: "abc" ]
66                ] as JSON );
67
68                gscf.setRestResponse( "getAssays", "def", [
69                        [ assayToken: "2a", name: "assay 2a", parentStudyToken: "def" ],
70                        [ assayToken: "2b", name: "assay 2b", parentStudyToken: "def" ]
71                ] as JSON );
72
73                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
74                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1", subject: "subject 1", event: "blood extraction", startTime: "0s" ],
75                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2", subject: "subject 2", event: "blood extraction" ],
76                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3", subject: "subject 3", event: "blood extraction" ]
77                ] as JSON );
78
79                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
80                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1", subject: "subject 1", event: "blood extraction", startTime: "0s" ],
81                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3", subject: "subject 3", event: "blood extraction" ]
82                ] as JSON );
83
84                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2a", [
85                        [ sampleToken: "T1", name: "sample 1t" ],
86                        [ sampleToken: "T3", name: "sample 3t" ]
87                ] as JSON );
88
89                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2b", [] as JSON );
90
91                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "abc", [ isOwner: true, canRead: true, canWrite: true ] as JSON );
92                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: true, canWrite: false ] as JSON );
93
94                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
95                synchronizationService.fullSynchronization()
96
97                Session session = SessionFactoryUtils.getSession( sessionFactory, true )
98                session.flush()
99
100                def studies = Study.list();
101
102                assert studies
103                assert studies.size() == 3
104                assert studies*.name.contains( "study 1" );
105                assert studies*.name.contains( "study 2" );
106
107                def s1 = Study.findByName( "study 1" )
108                assert s1
109
110                assert s1.canWrite( synchronizationService.user )
111
112                assert s1.assays && s1.assays.size() == 2
113                assert s1.assays*.name.contains( "assay 1a" )
114                assert s1.assays*.name.contains( "assay 1b" )
115
116                assert s1.samples && s1.samples.size() == 3
117                assert s1.samples*.name.contains( "sample 1" );
118                assert s1.samples*.name.contains( "sample 2" );
119                assert s1.samples*.name.contains( "sample 3" );
120
121                def testsample = s1.samples.find { it.name == "sample 1" }
122                assert testsample.subject == "subject 1";
123                assert testsample.event == "blood extraction (0s)"
124
125                testsample = s1.samples.find { it.name == "sample 2" }
126                assert testsample.subject == "subject 2";
127                assert testsample.event == "blood extraction"
128
129                def a1 = s1.assays.find { it.name == "assay 1a" }
130                assert a1
131                assert a1.assaySamples && a1.assaySamples.size() == 3
132                a1.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1" )
133
134                def s2 = Study.findByName( "study 2" )
135                assert s2
136
137                assert s2.canRead( synchronizationService.user )
138
139                assert s2.assays && s2.assays.size() == 2
140                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2a" )
141                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2b" )
142
143                assert s2.samples && s2.samples.size() == 2
144                assert s2.samples*.name.contains( "sample 1t" );
145                assert s2.samples*.name.contains( "sample 3t" );
146
147                def a2 = s2.assays.find { it.name == "assay 2a" }
148                assert a2
149                assert a2.assaySamples && a2.assaySamples.size() == 2
150                a2.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1t" )
151
152                def a2b = s2.assays.find { it.name == "assay 2b" }
153                assert a2b
154                assert !a2b.assaySamples || a2b.assaySamples.size() == 0
155
156                /*********************************************
157                 *
158                 * Now make a study unreadable
159                 *
160                 *********************************************/
161                println "NOW MAKE STUDY UNREADABLE"
162               
163                gscf.setRestStatus( "getStudies", "def", 401 );
164                gscf.setRestStatus( "getAssays", "def", 401 );
165
166                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: false, canWrite: false ] as JSON );
167
168                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
169                synchronizationService.fullSynchronization()
170
171                session.flush()
172
173                // Now the study should be still available, but not be readable anymore by the logged in user
174                studies = Study.list();
175
176                assert studies
177                assert studies.size() == 3
178                assert studies*.name.contains( "study 2" );
179
180                s2 = Study.findByName( "study 2" )
181                assert s2
182
183                assert !s2.canRead( synchronizationService.user )
184                assert !s2.canWrite( synchronizationService.user )
185                assert !s2.isOwner( synchronizationService.user )
186
187                assert s2.assays && s2.assays.size() == 2
188                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2a" )
189                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2b" )
190
191                assert s2.samples && s2.samples.size() == 2
192                assert s2.samples*.name.contains( "sample 1t" );
193                assert s2.samples*.name.contains( "sample 3t" );
194
195                a2 = s2.assays.find { it.name == "assay 2a" }
196                assert a2
197                assert a2.assaySamples && a2.assaySamples.size() == 2
198                a2.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1t" )
199
200                a2b = s2.assays.find { it.name == "assay 2b" }
201                assert a2b
202                assert !a2b.assaySamples || a2b.assaySamples.size() == 0
203
204                /*********************************************
205                 *
206                 * Now delete a study
207                 *
208                 * To make sure the assays and samples are moved to trash, we should give them some data
209                 *
210                 *********************************************/
211                println "NOW DELETE A STUDY"
212               
213                // Give the assay some data
214                a2 = Assay.findByName( "assay 2a" );
215                assert a2
216               
217                a2.assaySamples.each {
218                        it.tagSequence = "ABC";
219                        it.save();
220                }
221               
222                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
223                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
224                ] as JSON );
225
226                gscf.setRestStatus( "getStudies", "def", 404 );
227                gscf.setRestStatus( "getAssays", "def", 404 );
228                gscf.setRestStatus( "getAuthorizationLevel", "def", 404 );
229
230                def s = Study.findByStudyToken( "def" )
231                s.isDirty = true
232                s.save( flush: true );
233                synchronizationService.synchronizeStudies()
234
235                session.flush()
236
237                // Now the study should be still available, but not be readable anymore by the logged in user
238                studies = Study.list();
239
240                assert studies
241
242                studies.each {
243                        println " Study " + it.name + " - " + it.studyToken
244                }
245                assert studies.size() == 2
246                assert !studies*.name.contains( "study 2" );
247
248                // Check if data is moved to trash
249                def trash = Study.findByTrashcan( true )
250                assert trash
251
252                assert trash.assays && trash.assays.size() == 1
253                assert trash.assays*.name.contains( "assay 2a" )
254                assert !trash.assays*.name.contains( "assay 2b" )
255
256                assert trash.samples && trash.samples.size() == 2
257                assert trash.samples*.name.contains( "sample 1t" );
258                assert trash.samples*.name.contains( "sample 3t" );
259
260                a2 = trash.assays.find { it.name == "assay 2a" }
261                assert a2
262                assert a2.assaySamples && a2.assaySamples.size() == 2
263                a2.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1t" )
264               
265                /*********************************************
266                *
267                * Now rename a study
268                *
269                *********************************************/
270           println "NOW RENAME A STUDY"
271           
272           gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
273                   [ studyToken: "abc", title: "study 3", description: "test study" ]
274           ] as JSON );
275   
276           gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
277                   [ studyToken: "abc", title: "study 3", description: "test study" ]
278           ] as JSON );
279
280           s = Study.findByStudyToken( "abc" )
281           s.isDirty = true
282           s.save( flush: true );
283           synchronizationService.synchronizeStudies()
284
285           session.flush()
286
287           // Now the study should be still available by the same token, but with a different name
288           studies = Study.list();
289
290           assert studies
291
292           assert studies.size() == 2
293           assert studies*.name.contains( "study 3" );
294           assert !studies*.name.contains( "study 1" );
295           
296           // Check if data is moved to trash
297           def newStudy = Study.findByStudyToken( "abc" );
298           
299           assert newStudy
300           assert newStudy.name == "study 3"
301        }
302       
303        void testSynchronizeAssays() {
304                Session session = SessionFactoryUtils.getSession( sessionFactory, true )
305
306                assert Study.count() == 1       // Trashcan study
307
308                gscf.response = [] as JSON
309                gscf.status = 200
310
311                // No studies have to be synchronized, since there are no studies in the database
312                assert synchronizationService.synchronizeStudies().size() == 0
313
314                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
315                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ],
316                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
317                ] as JSON );
318
319                gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
320                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
321                ] as JSON );
322
323                gscf.setRestResponse( "getStudies", "def", [
324                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
325                ] as JSON );
326
327                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
328                        [ assayToken: "1a", name: "assay 1a", parentStudyToken: "abc" ],
329                        [ assayToken: "1b", name: "assay 1b", parentStudyToken: "abc" ]
330                ] as JSON );
331
332                gscf.setRestResponse( "getAssays", "def", [
333                        [ assayToken: "2a", name: "assay 2a", parentStudyToken: "def" ],
334                        [ assayToken: "2b", name: "assay 2b", parentStudyToken: "def" ]
335                ] as JSON );
336
337                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
338                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
339                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2" ],
340                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
341                ] as JSON );
342
343                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
344                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
345                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
346                ] as JSON );
347
348                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2a", [
349                        [ sampleToken: "T1", name: "sample 1t" ],
350                        [ sampleToken: "T3", name: "sample 3t" ]
351                ] as JSON );
352
353                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2b", [] as JSON );
354
355                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "abc", [ isOwner: true, canRead: true, canWrite: true ] as JSON );
356                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: true, canWrite: false ] as JSON );
357
358                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
359                synchronizationService.fullSynchronization()
360
361                def assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
362                assert assay1
363                assert assay1.name == "assay 1a";
364                assert assay1.assaySamples?.size() == 3
365       
366                def assay2 = Assay.findByAssayToken( "1b" );
367                assert assay2
368                assert assay2.name == "assay 1b";
369                assert assay2.assaySamples?.size() == 2
370               
371                /*********************************************
372                 * 
373                 *  Now rename an assay
374                 * 
375                 ********************************************/
376                println "NOW RENAME AN ASSAY";
377               
378                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
379                        [ assayToken: "1a", name: "assay 6", parentStudyToken: "abc" ],
380                        [ assayToken: "1b", name: "assay 7", parentStudyToken: "abc" ]
381                ] as JSON );
382       
383                def s = Study.findByStudyToken( "abc" )
384                s.isDirty = true
385                s.save( flush: true );
386                synchronizationService.synchronizeStudies()
387       
388                session.flush()
389       
390                // Now the study should be still available by the same token, but with a different name
391                assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
392                assert assay1
393                assert assay1.name == "assay 6";
394                assert assay1.assaySamples?.size() == 3
395       
396                assay2 = Assay.findByAssayToken( "1b" );
397                assert assay2
398                assert assay2.name == "assay 7";
399                assert assay2.assaySamples?.size() == 2
400               
401                /*********************************************
402                *
403                *  Now delete an assay. Put some data in to enforce saving in trashcan
404                *
405                ********************************************/
406                println "NOW DELETE AN ASSAY";
407               
408                // Give the assay some data
409                assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
410                assert assay1
411               
412                assay1.assaySamples.each {
413                        it.tagSequence = "ABC";
414                        it.save();
415                }
416               
417                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
418                        [ assayToken: "1b", name: "assay 9", parentStudyToken: "abc" ]
419                ] as JSON );
420       
421                s = Study.findByStudyToken( "abc" )
422                s.isDirty = true
423                s.save( flush: true );
424                synchronizationService.synchronizeStudies()
425       
426                session.flush()
427       
428                // The study still remains
429                assert Study.findByStudyToken( "abc" )
430               
431                // The first assay should be moved to trash
432                assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
433                assert !assay1
434               
435                // Check if data is moved to trash
436                def trash = Study.findByTrashcan( true )
437                assert trash
438
439                assert trash.assays && trash.assays.size() == 1
440                assert trash.assays*.name.contains( "assay 6" )
441
442                assert trash.samples && trash.samples.size() == 3
443                assert trash.samples*.name.contains( "sample 1" );
444                assert trash.samples*.name.contains( "sample 2" );
445                assert trash.samples*.name.contains( "sample 3" );
446
447                // Now the assay (2) should be still available by the same token, but with a different name
448                assay2 = Assay.findByAssayToken( "1b" );
449                assert assay2
450                assert assay2.name == "assay 9";
451                assert assay2.assaySamples?.size() == 2
452        }
453       
454        void testSynchronizeSamples() {
455                Session session = SessionFactoryUtils.getSession( sessionFactory, true )
456               
457                assert Study.count() == 1       // Trashcan study
458
459                gscf.response = [] as JSON
460                gscf.status = 200
461
462                // No studies have to be synchronized, since there are no studies in the database
463                assert synchronizationService.synchronizeStudies().size() == 0
464
465                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
466                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ],
467                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
468                ] as JSON );
469
470                gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
471                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
472                ] as JSON );
473
474                gscf.setRestResponse( "getStudies", "def", [
475                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
476                ] as JSON );
477
478                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
479                        [ assayToken: "1a", name: "assay 1a", parentStudyToken: "abc" ],
480                        [ assayToken: "1b", name: "assay 1b", parentStudyToken: "abc" ]
481                ] as JSON );
482
483                gscf.setRestResponse( "getAssays", "def", [
484                        [ assayToken: "2a", name: "assay 2a", parentStudyToken: "def" ],
485                        [ assayToken: "2b", name: "assay 2b", parentStudyToken: "def" ]
486                ] as JSON );
487
488                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
489                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
490                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2" ],
491                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
492                ] as JSON );
493
494                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
495                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
496                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
497                ] as JSON );
498
499                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2a", [
500                        [ sampleToken: "T1", name: "sample 1t" ],
501                        [ sampleToken: "T3", name: "sample 3t" ]
502                ] as JSON );
503
504                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2b", [] as JSON );
505
506                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "abc", [ isOwner: true, canRead: true, canWrite: true ] as JSON );
507                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: true, canWrite: false ] as JSON );
508
509                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
510                synchronizationService.fullSynchronization()
511
512                def sample1 = Sample.findBySampleToken( "S1" );
513                assert sample1
514                assert sample1.name == "sample 1";
515                assert sample1.assaySamples?.size() == 2
516       
517                def sample2 = Sample.findBySampleToken( "S2" );
518                assert sample2
519                assert sample2.name == "sample 2";
520                assert sample2.assaySamples?.size() == 1
521               
522                /*********************************************
523                 *
524                 *  Now rename a sample
525                 *
526                 ********************************************/
527                println "NOW RENAME A SAMPLE";
528               
529                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
530                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 6" ],
531                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2" ],
532                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 8" ]
533                ] as JSON );
534       
535                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
536                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 6" ],
537                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 8" ]
538                ] as JSON );
539       
540                def s = Study.findByStudyToken( "abc" )
541                s.isDirty = true
542                s.save( flush: true );
543                synchronizationService.synchronizeStudies()
544       
545                session.flush()
546       
547                // Now the sample should be still available by the same token, but with a different name
548                sample1 = Sample.findBySampleToken( "S1" );
549                assert sample1
550                assert sample1.name == "sample 6";
551                assert sample1.assaySamples?.size() == 2
552       
553                sample2 = Sample.findBySampleToken( "S2" );
554                assert sample2
555                assert sample2.name == "sample 2";
556                assert sample2.assaySamples?.size() == 1
557               
558                /*********************************************
559                *
560                *  Now delete a sample. Put some data in to enforce saving in trashcan
561                *
562                ********************************************/
563                println "NOW DELETE A SAMPLE";
564               
565                // Give the assay some data
566                def assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
567                assert assay1
568               
569                assay1.assaySamples.each {
570                        it.tagSequence = "ABC";
571                        it.save();
572                }
573               
574                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
575                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 6" ],
576                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 8" ]
577                ] as JSON );
578       
579                s = Study.findByStudyToken( "abc" )
580                s.isDirty = true
581                s.save( flush: true );
582                synchronizationService.synchronizeStudies()
583       
584                session.flush()
585       
586                // The study still remains
587                assert Study.findByStudyToken( "abc" )
588                assert Assay.findByAssayToken( "1a" );
589               
590                // The first sample should be moved to trash
591                sample1 = Sample.findBySampleToken( "S2" );
592                assert sample1
593                assert !sample1.assaySamples || sample1.assaySamples.size() == 0
594               
595                // Check if data is moved to trash
596                def trash = Study.findByTrashcan( true )
597                assert trash
598
599                assert trash.assays && trash.assays.size() == 1
600                assert trash.assays*.name.contains( "assay 1a" )
601
602                assert trash.samples && trash.samples.size() == 1
603                assert trash.samples*.name.contains( "sample 2" );
604        }
605
606}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.