source: trunk/test/integration/nl/tno/metagenomics/integration/SynchronizationServiceTests.groovy @ 7

Last change on this file since 7 was 7, checked in by robert@…, 8 years ago
  • Created tests for the synchronization and trash
  • Improved synchronizationservice and trash
  • Put authorization checks in several pages
File size: 18.0 KB
Line 
1package nl.tno.metagenomics.integration
2
3import nl.tno.metagenomics.*
4import nl.tno.metagenomics.auth.*
5import grails.converters.JSON
6import grails.test.*
7import org.junit.*
8import org.springframework.orm.hibernate3.SessionFactoryUtils;
9import org.hibernate.Session
10import org.hibernate.SessionFactory
11
12class SynchronizationServiceTests extends GroovyTestCase {
13        MockGSCF gscf
14        def synchronizationService
15        SessionFactory sessionFactory
16
17        @Before
18        public void init() {
19                // this makes our test URL http://localhost:9432/
20                gscf = new MockGSCF(9432);
21
22                def user = new User( identifier: 1, username: 'test' );
23                if( !user.save(flush:true) ) {
24                        println "Error saving user: " + user.getErrors;
25                        assert false
26                }
27                synchronizationService.user = user;
28        }
29
30        @After
31        public void cleanup() {
32                gscf.stop()
33        }
34
35        void testConfig() {
36                assert synchronizationService.performSynchronization();
37        }
38
39        void testSynchronizeStudies() {
40                println "Synchro user: " + synchronizationService.user;
41
42                assert Study.count() == 1       // Trashcan study
43
44                gscf.response = [] as JSON
45                gscf.status = 200
46
47                // No studies have to be synchronized, since there are no studies in the database
48                assert synchronizationService.synchronizeStudies().size() == 0
49
50                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
51                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ],
52                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
53                ] as JSON );
54
55                gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
56                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
57                ] as JSON );
58
59                gscf.setRestResponse( "getStudies", "def", [
60                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
61                ] as JSON );
62
63                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
64                        [ assayToken: "1a", name: "assay 1a", parentStudyToken: "abc" ],
65                        [ assayToken: "1b", name: "assay 1b", parentStudyToken: "abc" ]
66                ] as JSON );
67
68                gscf.setRestResponse( "getAssays", "def", [
69                        [ assayToken: "2a", name: "assay 2a", parentStudyToken: "def" ],
70                        [ assayToken: "2b", name: "assay 2b", parentStudyToken: "def" ]
71                ] as JSON );
72
73                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
74                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
75                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2" ],
76                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
77                ] as JSON );
78
79                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
80                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
81                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
82                ] as JSON );
83
84                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2a", [
85                        [ sampleToken: "T1", name: "sample 1t" ],
86                        [ sampleToken: "T3", name: "sample 3t" ]
87                ] as JSON );
88
89                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2b", [] as JSON );
90
91                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "abc", [ isOwner: true, canRead: true, canWrite: true ] as JSON );
92                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: true, canWrite: false ] as JSON );
93
94                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
95                synchronizationService.fullSynchronization()
96
97                Session session = SessionFactoryUtils.getSession( sessionFactory, true )
98                session.flush()
99
100                def studies = Study.list();
101
102                assert studies
103                assert studies.size() == 3
104                assert studies*.name.contains( "study 1" );
105                assert studies*.name.contains( "study 2" );
106
107                def s1 = Study.findByName( "study 1" )
108                assert s1
109
110                assert s1.canWrite( synchronizationService.user )
111
112                assert s1.assays && s1.assays.size() == 2
113                assert s1.assays*.name.contains( "assay 1a" )
114                assert s1.assays*.name.contains( "assay 1b" )
115
116                assert s1.samples && s1.samples.size() == 3
117                assert s1.samples*.name.contains( "sample 1" );
118                assert s1.samples*.name.contains( "sample 2" );
119                assert s1.samples*.name.contains( "sample 3" );
120
121                def a1 = s1.assays.find { it.name == "assay 1a" }
122                assert a1
123                assert a1.assaySamples && a1.assaySamples.size() == 3
124                a1.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1" )
125
126                def s2 = Study.findByName( "study 2" )
127                assert s2
128
129                assert s2.canRead( synchronizationService.user )
130
131                assert s2.assays && s2.assays.size() == 2
132                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2a" )
133                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2b" )
134
135                assert s2.samples && s2.samples.size() == 2
136                assert s2.samples*.name.contains( "sample 1t" );
137                assert s2.samples*.name.contains( "sample 3t" );
138
139                def a2 = s2.assays.find { it.name == "assay 2a" }
140                assert a2
141                assert a2.assaySamples && a2.assaySamples.size() == 2
142                a2.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1t" )
143
144                def a2b = s2.assays.find { it.name == "assay 2b" }
145                assert a2b
146                assert !a2b.assaySamples || a2b.assaySamples.size() == 0
147
148                /*********************************************
149                 *
150                 * Now make a study unreadable
151                 *
152                 *********************************************/
153                println "NOW MAKE STUDY UNREADABLE"
154               
155                gscf.setRestStatus( "getStudies", "def", 401 );
156                gscf.setRestStatus( "getAssays", "def", 401 );
157
158                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: false, canWrite: false ] as JSON );
159
160                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
161                synchronizationService.fullSynchronization()
162
163                session.flush()
164
165                // Now the study should be still available, but not be readable anymore by the logged in user
166                studies = Study.list();
167
168                assert studies
169                assert studies.size() == 3
170                assert studies*.name.contains( "study 2" );
171
172                s2 = Study.findByName( "study 2" )
173                assert s2
174
175                assert !s2.canRead( synchronizationService.user )
176                assert !s2.canWrite( synchronizationService.user )
177                assert !s2.isOwner( synchronizationService.user )
178
179                assert s2.assays && s2.assays.size() == 2
180                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2a" )
181                assert s2.assays*.name.contains( "assay 2b" )
182
183                assert s2.samples && s2.samples.size() == 2
184                assert s2.samples*.name.contains( "sample 1t" );
185                assert s2.samples*.name.contains( "sample 3t" );
186
187                a2 = s2.assays.find { it.name == "assay 2a" }
188                assert a2
189                assert a2.assaySamples && a2.assaySamples.size() == 2
190                a2.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1t" )
191
192                a2b = s2.assays.find { it.name == "assay 2b" }
193                assert a2b
194                assert !a2b.assaySamples || a2b.assaySamples.size() == 0
195
196                /*********************************************
197                 *
198                 * Now delete a study
199                 *
200                 * To make sure the assays and samples are moved to trash, we should give them some data
201                 *
202                 *********************************************/
203                println "NOW DELETE A STUDY"
204               
205                // Give the assay some data
206                a2 = Assay.findByName( "assay 2a" );
207                assert a2
208               
209                a2.assaySamples.each {
210                        it.tagSequence = "ABC";
211                        it.save();
212                }
213               
214                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
215                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
216                ] as JSON );
217
218                gscf.setRestStatus( "getStudies", "def", 404 );
219                gscf.setRestStatus( "getAssays", "def", 404 );
220                gscf.setRestStatus( "getAuthorizationLevel", "def", 404 );
221
222                def s = Study.findByStudyToken( "def" )
223                s.isDirty = true
224                s.save( flush: true );
225                synchronizationService.synchronizeStudies()
226
227                session.flush()
228
229                // Now the study should be still available, but not be readable anymore by the logged in user
230                studies = Study.list();
231
232                assert studies
233
234                studies.each {
235                        println " Study " + it.name + " - " + it.studyToken
236                }
237                assert studies.size() == 2
238                assert !studies*.name.contains( "study 2" );
239
240                // Check if data is moved to trash
241                def trash = Study.findByTrashcan( true )
242                assert trash
243
244                assert trash.assays && trash.assays.size() == 1
245                assert trash.assays*.name.contains( "assay 2a" )
246                assert !trash.assays*.name.contains( "assay 2b" )
247
248                assert trash.samples && trash.samples.size() == 2
249                assert trash.samples*.name.contains( "sample 1t" );
250                assert trash.samples*.name.contains( "sample 3t" );
251
252                a2 = trash.assays.find { it.name == "assay 2a" }
253                assert a2
254                assert a2.assaySamples && a2.assaySamples.size() == 2
255                a2.assaySamples*.sample.name.contains( "sample 1t" )
256               
257                /*********************************************
258                *
259                * Now rename a study
260                *
261                *********************************************/
262           println "NOW RENAME A STUDY"
263           
264           gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
265                   [ studyToken: "abc", title: "study 3", description: "test study" ]
266           ] as JSON );
267   
268           gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
269                   [ studyToken: "abc", title: "study 3", description: "test study" ]
270           ] as JSON );
271
272           s = Study.findByStudyToken( "abc" )
273           s.isDirty = true
274           s.save( flush: true );
275           synchronizationService.synchronizeStudies()
276
277           session.flush()
278
279           // Now the study should be still available by the same token, but with a different name
280           studies = Study.list();
281
282           assert studies
283
284           assert studies.size() == 2
285           assert studies*.name.contains( "study 3" );
286           assert !studies*.name.contains( "study 1" );
287           
288           // Check if data is moved to trash
289           def newStudy = Study.findByStudyToken( "abc" );
290           
291           assert newStudy
292           assert newStudy.name == "study 3"
293        }
294       
295        void testSynchronizeAssays() {
296                Session session = SessionFactoryUtils.getSession( sessionFactory, true )
297
298                assert Study.count() == 1       // Trashcan study
299
300                gscf.response = [] as JSON
301                gscf.status = 200
302
303                // No studies have to be synchronized, since there are no studies in the database
304                assert synchronizationService.synchronizeStudies().size() == 0
305
306                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
307                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ],
308                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
309                ] as JSON );
310
311                gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
312                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
313                ] as JSON );
314
315                gscf.setRestResponse( "getStudies", "def", [
316                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
317                ] as JSON );
318
319                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
320                        [ assayToken: "1a", name: "assay 1a", parentStudyToken: "abc" ],
321                        [ assayToken: "1b", name: "assay 1b", parentStudyToken: "abc" ]
322                ] as JSON );
323
324                gscf.setRestResponse( "getAssays", "def", [
325                        [ assayToken: "2a", name: "assay 2a", parentStudyToken: "def" ],
326                        [ assayToken: "2b", name: "assay 2b", parentStudyToken: "def" ]
327                ] as JSON );
328
329                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
330                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
331                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2" ],
332                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
333                ] as JSON );
334
335                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
336                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
337                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
338                ] as JSON );
339
340                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2a", [
341                        [ sampleToken: "T1", name: "sample 1t" ],
342                        [ sampleToken: "T3", name: "sample 3t" ]
343                ] as JSON );
344
345                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2b", [] as JSON );
346
347                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "abc", [ isOwner: true, canRead: true, canWrite: true ] as JSON );
348                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: true, canWrite: false ] as JSON );
349
350                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
351                synchronizationService.fullSynchronization()
352
353                def assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
354                assert assay1
355                assert assay1.name == "assay 1a";
356                assert assay1.assaySamples?.size() == 3
357       
358                def assay2 = Assay.findByAssayToken( "1b" );
359                assert assay2
360                assert assay2.name == "assay 1b";
361                assert assay2.assaySamples?.size() == 2
362               
363                /*********************************************
364                 * 
365                 *  Now rename an assay
366                 * 
367                 ********************************************/
368                println "NOW RENAME AN ASSAY";
369               
370                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
371                        [ assayToken: "1a", name: "assay 6", parentStudyToken: "abc" ],
372                        [ assayToken: "1b", name: "assay 7", parentStudyToken: "abc" ]
373                ] as JSON );
374       
375                def s = Study.findByStudyToken( "abc" )
376                s.isDirty = true
377                s.save( flush: true );
378                synchronizationService.synchronizeStudies()
379       
380                session.flush()
381       
382                // Now the study should be still available by the same token, but with a different name
383                assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
384                assert assay1
385                assert assay1.name == "assay 6";
386                assert assay1.assaySamples?.size() == 3
387       
388                assay2 = Assay.findByAssayToken( "1b" );
389                assert assay2
390                assert assay2.name == "assay 7";
391                assert assay2.assaySamples?.size() == 2
392               
393                /*********************************************
394                *
395                *  Now delete an assay. Put some data in to enforce saving in trashcan
396                *
397                ********************************************/
398                println "NOW DELETE AN ASSAY";
399               
400                // Give the assay some data
401                assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
402                assert assay1
403               
404                assay1.assaySamples.each {
405                        it.tagSequence = "ABC";
406                        it.save();
407                }
408               
409                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
410                        [ assayToken: "1b", name: "assay 9", parentStudyToken: "abc" ]
411                ] as JSON );
412       
413                s = Study.findByStudyToken( "abc" )
414                s.isDirty = true
415                s.save( flush: true );
416                synchronizationService.synchronizeStudies()
417       
418                session.flush()
419       
420                // The study still remains
421                assert Study.findByStudyToken( "abc" )
422               
423                // The first assay should be moved to trash
424                assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
425                assert !assay1
426               
427                // Check if data is moved to trash
428                def trash = Study.findByTrashcan( true )
429                assert trash
430
431                assert trash.assays && trash.assays.size() == 1
432                assert trash.assays*.name.contains( "assay 6" )
433
434                assert trash.samples && trash.samples.size() == 3
435                assert trash.samples*.name.contains( "sample 1" );
436                assert trash.samples*.name.contains( "sample 2" );
437                assert trash.samples*.name.contains( "sample 3" );
438
439                // Now the assay (2) should be still available by the same token, but with a different name
440                assay2 = Assay.findByAssayToken( "1b" );
441                assert assay2
442                assert assay2.name == "assay 9";
443                assert assay2.assaySamples?.size() == 2
444        }
445       
446        void testSynchronizeSamples() {
447                Session session = SessionFactoryUtils.getSession( sessionFactory, true )
448               
449                assert Study.count() == 1       // Trashcan study
450
451                gscf.response = [] as JSON
452                gscf.status = 200
453
454                // No studies have to be synchronized, since there are no studies in the database
455                assert synchronizationService.synchronizeStudies().size() == 0
456
457                gscf.setRestResponse( "getStudies", "-", [
458                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ],
459                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
460                ] as JSON );
461
462                gscf.setRestResponse( "getStudies", "abc", [
463                        [ studyToken: "abc", title: "study 1", description: "test study" ]
464                ] as JSON );
465
466                gscf.setRestResponse( "getStudies", "def", [
467                        [ studyToken: "def", title: "study 2", description: "test study" ]
468                ] as JSON );
469
470                gscf.setRestResponse( "getAssays", "abc", [
471                        [ assayToken: "1a", name: "assay 1a", parentStudyToken: "abc" ],
472                        [ assayToken: "1b", name: "assay 1b", parentStudyToken: "abc" ]
473                ] as JSON );
474
475                gscf.setRestResponse( "getAssays", "def", [
476                        [ assayToken: "2a", name: "assay 2a", parentStudyToken: "def" ],
477                        [ assayToken: "2b", name: "assay 2b", parentStudyToken: "def" ]
478                ] as JSON );
479
480                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
481                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
482                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2" ],
483                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
484                ] as JSON );
485
486                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
487                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 1" ],
488                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 3" ]
489                ] as JSON );
490
491                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2a", [
492                        [ sampleToken: "T1", name: "sample 1t" ],
493                        [ sampleToken: "T3", name: "sample 3t" ]
494                ] as JSON );
495
496                gscf.setRestResponse( "getSamples", "2b", [] as JSON );
497
498                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "abc", [ isOwner: true, canRead: true, canWrite: true ] as JSON );
499                gscf.setRestResponse( "getAuthorizationLevel", "def", [ isOwner: false, canRead: true, canWrite: false ] as JSON );
500
501                synchronizationService.lastFullSynchronization = null
502                synchronizationService.fullSynchronization()
503
504                def sample1 = Sample.findBySampleToken( "S1" );
505                assert sample1
506                assert sample1.name == "sample 1";
507                assert sample1.assaySamples?.size() == 2
508       
509                def sample2 = Sample.findBySampleToken( "S2" );
510                assert sample2
511                assert sample2.name == "sample 2";
512                assert sample2.assaySamples?.size() == 1
513               
514                /*********************************************
515                 *
516                 *  Now rename a sample
517                 *
518                 ********************************************/
519                println "NOW RENAME A SAMPLE";
520               
521                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
522                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 6" ],
523                        [ sampleToken: "S2", name: "sample 2" ],
524                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 8" ]
525                ] as JSON );
526       
527                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1b", [
528                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 6" ],
529                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 8" ]
530                ] as JSON );
531       
532                def s = Study.findByStudyToken( "abc" )
533                s.isDirty = true
534                s.save( flush: true );
535                synchronizationService.synchronizeStudies()
536       
537                session.flush()
538       
539                // Now the sample should be still available by the same token, but with a different name
540                sample1 = Sample.findBySampleToken( "S1" );
541                assert sample1
542                assert sample1.name == "sample 6";
543                assert sample1.assaySamples?.size() == 2
544       
545                sample2 = Sample.findBySampleToken( "S2" );
546                assert sample2
547                assert sample2.name == "sample 2";
548                assert sample2.assaySamples?.size() == 1
549               
550                /*********************************************
551                *
552                *  Now delete a sample. Put some data in to enforce saving in trashcan
553                *
554                ********************************************/
555                println "NOW DELETE A SAMPLE";
556               
557                // Give the assay some data
558                def assay1 = Assay.findByAssayToken( "1a" );
559                assert assay1
560               
561                assay1.assaySamples.each {
562                        it.tagSequence = "ABC";
563                        it.save();
564                }
565               
566                gscf.setRestResponse( "getSamples", "1a", [
567                        [ sampleToken: "S1", name: "sample 6" ],
568                        [ sampleToken: "S3", name: "sample 8" ]
569                ] as JSON );
570       
571                s = Study.findByStudyToken( "abc" )
572                s.isDirty = true
573                s.save( flush: true );
574                synchronizationService.synchronizeStudies()
575       
576                session.flush()
577       
578                // The study still remains
579                assert Study.findByStudyToken( "abc" )
580                assert Assay.findByAssayToken( "1a" );
581               
582                // The first sample should be moved to trash
583                sample1 = Sample.findBySampleToken( "S2" );
584                assert sample1
585                assert !sample1.assaySamples || sample1.assaySamples.size() == 0
586               
587                // Check if data is moved to trash
588                def trash = Study.findByTrashcan( true )
589                assert trash
590
591                assert trash.assays && trash.assays.size() == 1
592                assert trash.assays*.name.contains( "assay 1a" )
593
594                assert trash.samples && trash.samples.size() == 1
595                assert trash.samples*.name.contains( "sample 2" );
596        }
597
598}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.