source: trunk/grails-app/views/run/show.gsp @ 24

Last change on this file since 24 was 24, checked in by robert@…, 9 years ago

Improved export of fasta files and added properties to assaysamples

File size: 8.5 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>Show run ${run.name} | Metagenomics | dbNP</title>
5               
6                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="showAssay.css" />" type="text/css"/>
7                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="fileuploader.new.css" />" type="text/css"/>
8               
9                <g:javascript src="jquery.ui.tabbeddialog.js" />
10                <g:javascript src="addFilesDialog.js" />
11                <g:javascript src="enterTagsDialog.js" />
12
13                <g:javascript src="run.show.enterTagsDialog.js" />
14                <g:javascript src="run.show.assayDialog.js" />
15                <g:javascript src="run.show.runDialog.js" />
16                <g:javascript src="run.show.addSamplesDialog.js" />
17                <g:javascript src="showSampleDialogUniversal.js" />
18
19                <g:javascript src="assay.show.showRunDialog.js" />
20
21                <g:javascript src="fileuploader.new.js" />
22                <g:javascript src="fileuploads.new.js" />
23               
24                <script>
25                        var runId = ${run.id};
26                        var numOtherAssays = ${otherAssays.size()};
27
28                        // Create a variable with assay names to check for existing names
29                        var runNames = [];
30                        <g:each in="${allRuns}" var="currentrun">
31                                runNames[ runNames.length ] = {id: ${currentrun.id}, name: '${currentrun.name}', alreadyAdded: false };
32                        </g:each>
33                       
34                        function initializeUploadedFiles( selector ) {
35                                if( selector == undefined )
36                                        selector = "";
37                               
38                                $( selector + ' .uploadedFile').each( function( idx, el ) {
39                                        $(el).html( createFileHTML( $(el).text(), 'getPermanent' ) );
40                                });
41                        }
42
43                        // Initializefiles on load
44                        $(function() { initializeUploadedFiles(); });
45                </script>
46        </head>
47<body>
48        <h1>
49                Run ${run.name}
50        </h1>
51       
52        <div id="editRunDialog" class="dialog"></div>
53        <div class="blok_data">
54                <label>Run</label>: ${run.name}<br />
55                <label>Date</label>: <g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/><br />
56                <label>Supplier</label>: ${run.supplier}<br />
57                <label>Machine</label>: ${run.machine}<br />
58                <label>Parameters</label>: <g:uploadedFile value="${run.parameterFile}" /><br />
59        </div>
60        <div class="blok_data">
61                <label># assays</label>: ${run.assays?.size()}
62                <% def numHidden = run.assays?.findAll { !it.study.canRead( session.user ) }.size() ; %>
63                <g:if test="${numHidden}">
64                        (${numHidden}
65                        <a href="#" onClick="alert( '${numHidden} assay(s) from this run are hidden because you don\'t have the right permissions to view them.' ); return false;">
66                        hidden</a>)
67                </g:if>
68                <br />
69       
70                <label># samples</label>: ${run.assaySamples?.size()}
71                <% numHidden = run.assaySamples?.findAll { !it.assay?.study.canRead( session.user ) }.size() ; %>
72                <g:if test="${numHidden}">
73                        (${numHidden}
74                        <a href="#" onClick="alert( '${numHidden} sample(s) from this run are hidden because you don\'t have the right permissions to view them.' ); return false;">
75                        hidden</a>)
76                </g:if>
77                <br />
78                <label># sequences</label>: ${run.numSequences()}<br />
79                <label># files</label>: ${run.numFiles()}<br />
80        </div>
81        <p class="options">
82                <a class="edit" href="#" onClick="showEditRunDialog( ${run.id} ); return false;">Edit run</a>
83        </p>
84       
85        <!-- Samples -->
86        <h2>Samples</h2>
87        <% def assaySamples = run.assaySamples ? run.assaySamples.findAll { it.assay?.study.canRead( session.user ) }.toList().sort { it.sample.name } : []; %>
88        <g:if test="${assaySamples.size() == 0}">
89                No samples found in run.
90        </g:if>
91        <g:else>
92                <table class="paginate">
93                        <thead>
94                                <tr>
95                                        <th nowrap>name</th>
96                                        <th nowrap>study</th>
97                                        <th nowrap>assay</th>
98                                        <th nowrap>Forward mid</th>
99                                        <th nowrap># sequences</th>
100                                        <th nowrap># qual</th>
101                                        <th class="nonsortable"></th>
102                                </tr>
103                        </thead>                       
104                        <tbody>
105                                <g:each in="${assaySamples}" var="assaySample">
106                                        <tr>
107                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}, 'run'); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
108                                                <td>${assaySample.assay.study.name}</td>
109                                                <td>${assaySample.assay.name}</td>
110                                                <td>${assaySample.fwMidName}</td>
111                                                <td>
112                                                        <g:if test="${assaySample.numSequenceFiles() > 0}">
113                                                                ${assaySample.numSequences()}
114                                                        </g:if>
115                                                        <g:else>
116                                                                -
117                                                        </g:else>
118                                                </td>
119                                                <td>
120                                                        <g:if test="${assaySample.numQualityFiles() > 0}">
121                                                                ${assaySample.numQualScores()}
122                                                        </g:if>
123                                                        <g:else>
124                                                                -
125                                                        </g:else>
126                                                </td>
127                                                <td class="button">
128                                                        <g:if test="${!assaySample.assay.study.canWrite(session.user)}">
129                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this sample because you don't have sufficient privileges." />
130                                                        </g:if>
131                                                        <g:else>
132                                                                <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected sample from this run?' );" controller="run" action="removeSample" id="${run.id}" params="${[assaySampleId: assaySample.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
133                                                        </g:else>
134                                                </td>
135                                        </tr>
136                                </g:each>
137                        </tbody>
138                </table>
139                <div id="showSampleDialog" class="dialog"></div>
140        </g:else>       
141        <g:if test="${editable}">
142                <p class="options">
143                        <% def writableAssaySamples = assaySamples.findAll { it.assay.study.canWrite( session.user ) } %>
144                        <a class="addAssociation" onClick="showAddSamplesDialog();" href="#">Add samples</a>
145
146                        <g:if test="${writableAssaySamples.size() > 0}">
147                                <a class="editAssociation" onClick="showEnterTagsDialog();" href="#">Edit sample data</a>
148                        </g:if>
149                        <g:else>
150                                <a class="editAssociation disabled" onClick="return false;" href="#">Edit sample data</a>
151                        </g:else>
152
153                        <g:if test="${writableAssaySamples.size() == 0 || !run.assays?.size()}">
154                                <a class="addSequences disabled" onClick="return false;" href="#">Add sequence files</a>
155                        </g:if>
156                        <g:else>
157                                <a class="addSequences" onClick="showAddFilesDialog();" href="#">Add sequence files</a>
158                        </g:else>
159
160                </p>
161                <g:if test="${writableAssaySamples.size() > 0}">
162                        <g:render template="enterTagsDialog" model="[run: run, writableAssaySamples: writableAssaySamples]" />
163                        <g:render template="addFilesDialog" model="[run: run]" />
164                </g:if>
165               
166                <g:render template="addSamplesDialog" model="[run: run]" />
167               
168                </g:if>
169
170
171
172        <!-- Runs -->
173        <h2>Assays</h2>
174        <g:if test="${run.assays == null || run.assays.size() == 0}">
175                No assay found for this run
176        </g:if>
177        <g:else>
178                <table class="paginate">
179                        <thead>
180                                <tr>
181                                        <th nowrap>name</th>
182                                        <th nowrap>study</th>
183                                        <th nowrap># samples</th>
184                                        <th nowrap>other runs</th>
185                                        <th class="nonsortable"></th>
186                                </tr>
187                        </thead>                       
188                        <tbody>
189                                <% def assays = run.assays.findAll { it.study.canRead( session.user ) }.toList().sort { it.name }; %>
190                                <g:each in="${assays}" var="assay">
191                                        <tr>
192                                                <td><g:link controller="assay" action="show" id="${assay.id}">${assay.name}</g:link></td>
193                                                <td>${assay.study?.name}</td>
194                                                <td>${assay.assaySamples?.size()}</td>
195                                                <td>
196                                                        <g:if test="${assay.runs?.size() == 1}">
197                                                                <% /* If only 1 run is found, then it is the current one */ %>
198                                                                -
199                                                        </g:if>
200                                                        <g:else>
201                                                                <g:each in="${assay.runs - run}" var="otherRun">
202                                                                        <g:link action="show" id="${otherRun.id}">${otherRun.name}</g:link><br />
203                                                                </g:each>
204                                                        </g:else>
205                                                </td>
206                                                <td class="button">
207                                                        <g:if test="${run.samples(assay.id).size()}">
208                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because sequences from this assay are coupled to this run." />
209                                                        </g:if>
210                                                        <g:else>
211                                                                <g:if test="${!assay.study.canWrite(session.user)}">
212                                                                        <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because you don't have sufficient privileges." />
213                                                                </g:if>
214                                                                <g:else>
215                                                                        <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected assay from this run?' );" controller="run" action="removeAssay" id="${run.id}" params="${[assay_id: assay.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
216                                                                </g:else>
217                                                        </g:else>
218                                                </td>
219                                        </tr>
220                                </g:each>
221                        </tbody>
222                </table>
223        </g:else>
224        <% def writableAssays = otherAssays.findAll { it.study.canWrite( session.user ) } %>
225        <g:if test="${editable}">
226                <p class="options">
227                        <g:if test="${writableAssays.size() > 0}">
228                                <a class="addAssociation" href="#" onClick="showAddAssayDialog();">Add assay</a>
229                        </g:if>
230                        <g:else>
231                                <a class="addAssociation disabled" href="#" onClick="return false;">Add assay</a>
232                        </g:else>
233                </p>
234                <g:if test="${writableAssays.size() > 0}">
235                        <g:render template="addAssayDialog" model="[run: run, writableAssays: writableAssays]" />
236                </g:if>
237        </g:if>
238        <div id="showRunDialog" class="dialog"></div>
239</body>
240</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.