source: trunk/grails-app/views/run/show.gsp @ 13

Last change on this file since 13 was 13, checked in by robert@…, 12 years ago

Improved user interface and implemented basic export functionality
File size: 8.6 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>Show run ${run.name} | Metagenomics | dbNP</title>
5               
6                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="showAssay.css" />" type="text/css"/>
7                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="fileuploader.new.css" />" type="text/css"/>
8               
9                <g:javascript src="jquery.ui.tabbeddialog.js" />
10                <g:javascript src="addFilesDialog.js" />
11
12                <g:javascript src="run.show.enterTagsDialog.js" />
13                <g:javascript src="run.show.assayDialog.js" />
14                <g:javascript src="run.show.runDialog.js" />
15                <g:javascript src="run.show.addSamplesDialog.js" />
16                <g:javascript src="showSampleDialogUniversal.js" />
17
18                <g:javascript src="assay.show.showRunDialog.js" />
19
20                <g:javascript src="fileuploader.new.js" />
21                <g:javascript src="fileuploads.new.js" />
22               
23                <script>
24                        var runId = ${run.id};
25                        var numOtherAssays = ${otherAssays.size()};
26
27                        // Create a variable with assay names to check for existing names
28                        var runNames = [];
29                        <g:each in="${allRuns}" var="currentrun">
30                                runNames[ runNames.length ] = {id: ${currentrun.id}, name: '${currentrun.name}', alreadyAdded: false };
31                        </g:each>
32                       
33                        function initializeUploadedFiles( selector ) {
34                                if( selector == undefined )
35                                        selector = "";
36                               
37                                $( selector + ' .uploadedFile').each( function( idx, el ) {
38                                        $(el).html( createFileHTML( $(el).text(), 'getPermanent' ) );
39                                });
40                        }
41
42                        // Initializefiles on load
43                        $(function() { initializeUploadedFiles(); });
44                </script>
45        </head>
46<body>
47        <h1>
48                Run ${run.name}
49        </h1>
50       
51        <div id="editRunDialog" class="dialog"></div>
52        <div class="blok_data">
53                <label>Run</label>: ${run.name}<br />
54                <label>Date</label>: <g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/><br />
55                <label>Supplier</label>: ${run.supplier}<br />
56                <label>Machine</label>: ${run.machine}<br />
57                <label>Parameters</label>: <g:uploadedFile value="${run.parameterFile}" /><br />
58        </div>
59        <div class="blok_data">
60                <label># assays</label>: ${run.assays?.size()}
61                <% def numHidden = run.assays?.findAll { !it.study.canRead( session.user ) }.size() ; %>
62                <g:if test="${numHidden}">
63                        (${numHidden}
64                        <a href="#" onClick="alert( '${numHidden} assay(s) from this run are hidden because you don\'t have the right permissions to view them.' ); return false;">
65                        hidden</a>)
66                </g:if>
67                <br />
68       
69                <label># samples</label>: ${run.assaySamples?.size()}
70                <% numHidden = run.assaySamples?.findAll { !it.assay?.study.canRead( session.user ) }.size() ; %>
71                <g:if test="${numHidden}">
72                        (${numHidden}
73                        <a href="#" onClick="alert( '${numHidden} sample(s) from this run are hidden because you don\'t have the right permissions to view them.' ); return false;">
74                        hidden</a>)
75                </g:if>
76                <br />
77                <label># sequences</label>: ${run.numSequences()}<br />
78                <label># files</label>: ${run.numFiles()}<br />
79        </div>
80        <p class="options">
81                <a class="edit" href="#" onClick="showEditRunDialog( ${run.id} ); return false;">Edit run</a>
82        </p>
83       
84        <!-- Samples -->
85        <h2>Samples</h2>
86        <g:if test="${run.assaySamples == null || run.assaySamples.size() == 0}">
87                No samples found in run.
88        </g:if>
89        <g:else>
90                <table class="paginate">
91                        <thead>
92                                <tr>
93                                        <th nowrap>name</th>
94                                        <th nowrap>study</th>
95                                        <th nowrap>assay</th>
96                                        <th nowrap>tag name</th>
97                                        <th nowrap>tag sequence</th>
98                                        <th nowrap># sequences</th>
99                                        <th nowrap># qual</th>
100                                        <th class="nonsortable"></th>
101                                </tr>
102                        </thead>                       
103                        <tbody>
104                                <% def assaySamples = run.assaySamples.findAll { it.assay?.study.canRead( session.user ) }.toList().sort { it.sample.name }; %>
105                                <g:each in="${assaySamples}" var="assaySample">
106                                        <tr>
107                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}, 'run'); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
108                                                <td>${assaySample.assay.study.name}</td>
109                                                <td>${assaySample.assay.name}</td>
110                                                <td>${assaySample.tagName}</td>
111                                                <td>${assaySample.tagSequence}</td>
112                                                <td>
113                                                        <g:if test="${assaySample.numSequenceFiles() > 0}">
114                                                                ${assaySample.numSequences()}
115                                                        </g:if>
116                                                        <g:else>
117                                                                -
118                                                        </g:else>
119                                                </td>
120                                                <td>
121                                                        <g:if test="${assaySample.numQualityFiles() > 0}">
122                                                                ${assaySample.numQualScores()}
123                                                        </g:if>
124                                                        <g:else>
125                                                                -
126                                                        </g:else>
127                                                </td>
128                                                <td class="button">
129                                                        <g:if test="${!assaySample.assay.study.canWrite(session.user)}">
130                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this sample because you don't have sufficient privileges." />
131                                                        </g:if>
132                                                        <g:else>
133                                                                <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected sample from this run?' );" controller="run" action="removeSample" id="${run.id}" params="${[assaySampleId: assaySample.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
134                                                        </g:else>
135                                                </td>
136                                        </tr>
137                                </g:each>
138                        </tbody>
139                </table>
140                <g:if test="${editable}">
141                        <p class="options">
142                                <% def writableAssaySamples = assaySamples.findAll { it.assay.study.canWrite( session.user ) } %>
143                                <a class="addAssociation" onClick="showAddSamplesDialog();" href="#">Add samples</a>
144
145                                <g:if test="${writableAssaySamples.size() > 0}">
146                                        <a class="editAssociation" onClick="showEnterTagsDialog();" href="#">Edit sample data</a>
147                                </g:if>
148                                <g:else>
149                                        <a class="editAssociation disabled" onClick="return false;" href="#">Edit sample data</a>
150                                </g:else>
151
152                                <g:if test="${writableAssaySamples.size() == 0 || !run.assays?.size()}">
153                                        <a class="addSequences disabled" onClick="return false;" href="#">Add sequence files</a>
154                                </g:if>
155                                <g:else>
156                                        <a class="addSequences" onClick="showAddFilesDialog();" href="#">Add sequence files</a>
157                                </g:else>
158
159                        </p>
160                        <g:if test="${writableAssaySamples.size() > 0}">
161                                <g:render template="enterTagsDialog" model="[run: run, writableAssaySamples: writableAssaySamples]" />
162                                <g:render template="addFilesDialog" model="[run: run]" />
163                        </g:if>
164                       
165                        <g:render template="addSamplesDialog" model="[run: run]" />
166                       
167                </g:if>
168                <div id="showSampleDialog" class="dialog"></div>
169        </g:else>       
170
171        <!-- Runs -->
172        <h2>Assays</h2>
173        <g:if test="${run.assays == null || run.assays.size() == 0}">
174                No assay found for this run
175        </g:if>
176        <g:else>
177                <table class="paginate">
178                        <thead>
179                                <tr>
180                                        <th nowrap>name</th>
181                                        <th nowrap>study</th>
182                                        <th nowrap># samples</th>
183                                        <th nowrap>other runs</th>
184                                        <th class="nonsortable"></th>
185                                </tr>
186                        </thead>                       
187                        <tbody>
188                                <% def assays = run.assays.findAll { it.study.canRead( session.user ) }.toList().sort { it.name }; %>
189                                <g:each in="${assays}" var="assay">
190                                        <tr>
191                                                <td><g:link controller="assay" action="show" id="${assay.id}">${assay.name}</g:link></td>
192                                                <td>${assay.study?.name}</td>
193                                                <td>${assay.assaySamples?.size()}</td>
194                                                <td>
195                                                        <g:if test="${assay.runs?.size() == 1}">
196                                                                <% /* If only 1 run is found, then it is the current one */ %>
197                                                                -
198                                                        </g:if>
199                                                        <g:else>
200                                                                <g:each in="${assay.runs - run}" var="otherRun">
201                                                                        <g:link action="show" id="${otherRun.id}">${otherRun.name}</g:link><br />
202                                                                </g:each>
203                                                        </g:else>
204                                                </td>
205                                                <td class="button">
206                                                        <g:if test="${run.samples(assay.id).size()}">
207                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because sequences from this assay are coupled to this run." />
208                                                        </g:if>
209                                                        <g:else>
210                                                                <g:if test="${!assay.study.canWrite(session.user)}">
211                                                                        <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because you don't have sufficient privileges." />
212                                                                </g:if>
213                                                                <g:else>
214                                                                        <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected assay from this run?' );" controller="run" action="removeAssay" id="${run.id}" params="${[assay_id: assay.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
215                                                                </g:else>
216                                                        </g:else>
217                                                </td>
218                                        </tr>
219                                </g:each>
220                        </tbody>
221                </table>
222        </g:else>
223        <% def writableAssays = otherAssays.findAll { it.study.canWrite( session.user ) } %>
224        <g:if test="${editable}">
225                <p class="options">
226                        <g:if test="${writableAssays.size() > 0}">
227                                <a class="addAssociation" href="#" onClick="showAddAssayDialog();">Add assay</a>
228                        </g:if>
229                        <g:else>
230                                <a class="addAssociation disabled" href="#" onClick="return false;">Add assay</a>
231                        </g:else>
232                </p>
233                <g:if test="${writableAssays.size() > 0}">
234                        <g:render template="addAssayDialog" model="[run: run, writableAssays: writableAssays]" />
235                </g:if>
236        </g:if>
237        <div id="showRunDialog" class="dialog"></div>
238</body>
239</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.