source: trunk/grails-app/views/run/show.gsp @ 12

Last change on this file since 12 was 12, checked in by robert@…, 10 years ago

Implemented basic exporting functionality

File size: 8.2 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>Show run ${run.name} | Metagenomics | dbNP</title>
5               
6                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="showAssay.css" />" type="text/css"/>
7                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="fileuploader.new.css" />" type="text/css"/>
8               
9                <g:javascript src="jquery.ui.tabbeddialog.js" />
10                <g:javascript src="addFilesDialog.js" />
11
12                <g:javascript src="run.show.enterTagsDialog.js" />
13                <g:javascript src="run.show.assayDialog.js" />
14                <g:javascript src="run.show.runDialog.js" />
15                <g:javascript src="run.show.addSamplesDialog.js" />
16                <g:javascript src="showSampleDialogUniversal.js" />
17
18                <g:javascript src="assay.show.showRunDialog.js" />
19
20                <g:javascript src="fileuploader.new.js" />
21                <g:javascript src="fileuploads.new.js" />
22               
23                <script>
24                        var runId = ${run.id};
25                        var numOtherAssays = ${otherAssays.size()};
26
27                        // Create a variable with assay names to check for existing names
28                        var runNames = [];
29                        <g:each in="${allRuns}" var="currentrun">
30                                runNames[ runNames.length ] = {id: ${currentrun.id}, name: '${currentrun.name}', alreadyAdded: false };
31                        </g:each>
32                       
33                        function initializeUploadedFiles( selector ) {
34                                if( selector == undefined )
35                                        selector = "";
36                               
37                                $( selector + ' .uploadedFile').each( function( idx, el ) {
38                                        $(el).html( createFileHTML( $(el).text(), 'getPermanent' ) );
39                                });
40                        }
41
42                        // Initializefiles on load
43                        $(function() { initializeUploadedFiles(); });
44                </script>
45        </head>
46<body>
47        <h1>
48                Run ${run.name}
49        </h1>
50       
51        <div id="editRunDialog" class="dialog"></div>
52        <div class="blok_data">
53                <label>Run</label>: ${run.name}<br />
54                <label>Date</label>: <g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/><br />
55                <label>Supplier</label>: ${run.supplier}<br />
56                <label>Machine</label>: ${run.machine}<br />
57                <label>Parameters</label>: <g:uploadedFile value="${run.parameterFile}" /><br />
58                <a href="#" onClick="showEditRunDialog( ${run.id} ); return false;">Edit run</a>
59        </div>
60        <div class="blok_data">
61                <label># assays</label>: ${run.assays?.size()}
62                <% def numHidden = run.assays?.findAll { !it.study.canRead( session.user ) }.size() ; %>
63                <g:if test="${numHidden}">
64                        (${numHidden}
65                        <a href="#" onClick="alert( '${numHidden} assay(s) from this run are hidden because you don\'t have the right permissions to view them.' ); return false;">
66                        hidden</a>)
67                </g:if>
68                <br />
69       
70                <label># samples</label>: ${run.assaySamples?.size()}
71                <% numHidden = run.assaySamples?.findAll { !it.assay?.study.canRead( session.user ) }.size() ; %>
72                <g:if test="${numHidden}">
73                        (${numHidden}
74                        <a href="#" onClick="alert( '${numHidden} sample(s) from this run are hidden because you don\'t have the right permissions to view them.' ); return false;">
75                        hidden</a>)
76                </g:if>
77                <br />
78                <label># sequences</label>: ${run.numSequences()}<br />
79                <label># files</label>: ${run.numFiles()}<br />
80        </div>
81       
82        <!-- Samples -->
83        <h2>Samples</h2>
84        <g:if test="${run.assaySamples == null || run.assaySamples.size() == 0}">
85                No samples found in run.
86        </g:if>
87        <g:else>
88                <table class="paginate">
89                        <thead>
90                                <tr>
91                                        <th nowrap>name</th>
92                                        <th nowrap>study</th>
93                                        <th nowrap>assay</th>
94                                        <th nowrap>tag name</th>
95                                        <th nowrap>tag sequence</th>
96                                        <th nowrap># sequences</th>
97                                        <th nowrap># qual</th>
98                                        <th class="nonsortable"></th>
99                                </tr>
100                        </thead>                       
101                        <tbody>
102                                <% def assaySamples = run.assaySamples.findAll { it.assay?.study.canRead( session.user ) }.toList().sort { it.sample.name }; %>
103                                <g:each in="${assaySamples}" var="assaySample">
104                                        <tr>
105                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}, 'run'); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
106                                                <td>${assaySample.assay.study.name}</td>
107                                                <td>${assaySample.assay.name}</td>
108                                                <td>${assaySample.tagName}</td>
109                                                <td>${assaySample.tagSequence}</td>
110                                                <td>
111                                                        <g:if test="${assaySample.numSequenceFiles() > 0}">
112                                                                ${assaySample.numSequences()}
113                                                        </g:if>
114                                                        <g:else>
115                                                                -
116                                                        </g:else>
117                                                </td>
118                                                <td>
119                                                        <g:if test="${assaySample.numQualityFiles() > 0}">
120                                                                ${assaySample.numQualScores()}
121                                                        </g:if>
122                                                        <g:else>
123                                                                -
124                                                        </g:else>
125                                                </td>
126                                                <td class="button">
127                                                        <g:if test="${!assaySample.assay.study.canWrite(session.user)}">
128                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this sample because you don't have sufficient privileges." />
129                                                        </g:if>
130                                                        <g:else>
131                                                                <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected sample from this run?' );" controller="run" action="removeSample" id="${run.id}" params="${[assaySampleId: assaySample.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
132                                                        </g:else>
133                                                </td>
134                                        </tr>
135                                </g:each>
136                        </tbody>
137                </table>
138                <g:if test="${editable}">
139                        <% def writableAssaySamples = assaySamples.findAll { it.assay.study.canWrite( session.user ) } %>
140                        <g:if test="${writableAssaySamples.size() > 0}">
141                                <input type="button" value="Edit sample data" onClick="showEnterTagsDialog();">
142                                <input type="button" value="Add sequence files" onClick="showAddFilesDialog();" <g:if test="${run.assays == null || run.assays.size() == 0}">disabled="disabled"</g:if>>
143                                <g:render template="enterTagsDialog" model="[run: run, writableAssaySamples: writableAssaySamples]" />
144                                <g:render template="addFilesDialog" model="[run: run]" />
145                        </g:if>
146                        <g:else>
147                                <input type="button" value="Edit sample data" disabled="disabled">
148                                <input type="button" value="Add sequence files" disabled="disabled">
149                        </g:else>
150                        <input type="button" value="Add sample" onClick="showAddSamplesDialog();">
151                        <g:render template="addSamplesDialog" model="[run: run]" />
152                </g:if>
153                <div id="showSampleDialog" class="dialog"></div>
154        </g:else>       
155
156        <!-- Runs -->
157        <h2>Assays</h2>
158        <g:if test="${run.assays == null || run.assays.size() == 0}">
159                No assay found for this run
160        </g:if>
161        <g:else>
162                <table class="paginate">
163                        <thead>
164                                <tr>
165                                        <th nowrap>name</th>
166                                        <th nowrap>study</th>
167                                        <th nowrap># samples</th>
168                                        <th nowrap>other runs</th>
169                                        <th class="nonsortable"></th>
170                                </tr>
171                        </thead>                       
172                        <tbody>
173                                <% def assays = run.assays.findAll { it.study.canRead( session.user ) }.toList().sort { it.name }; %>
174                                <g:each in="${assays}" var="assay">
175                                        <tr>
176                                                <td><g:link controller="assay" action="show" id="${assay.id}">${assay.name}</g:link></td>
177                                                <td>${assay.study?.name}</td>
178                                                <td>${assay.assaySamples?.size()}</td>
179                                                <td>
180                                                        <g:if test="${assay.runs?.size() == 1}">
181                                                                <% /* If only 1 run is found, then it is the current one */ %>
182                                                                -
183                                                        </g:if>
184                                                        <g:else>
185                                                                <g:each in="${assay.runs - run}" var="otherRun">
186                                                                        <g:link action="show" id="${otherRun.id}">${otherRun.name}</g:link><br />
187                                                                </g:each>
188                                                        </g:else>
189                                                </td>
190                                                <td class="button">
191                                                        <g:if test="${run.samples(assay.id).size()}">
192                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because sequences from this assay are coupled to this run." />
193                                                        </g:if>
194                                                        <g:else>
195                                                                <g:if test="${!assay.study.canWrite(session.user)}">
196                                                                        <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because you don't have sufficient privileges." />
197                                                                </g:if>
198                                                                <g:else>
199                                                                        <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected assay from this run?' );" controller="run" action="removeAssay" id="${run.id}" params="${[assay_id: assay.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
200                                                                </g:else>
201                                                        </g:else>
202                                                </td>
203                                        </tr>
204                                </g:each>
205                        </tbody>
206                </table>
207        </g:else>
208        <% def writableAssays = otherAssays.findAll { it.study.canWrite( session.user ) } %>
209        <g:if test="${editable}">
210                <g:if test="${writableAssays.size() > 0}">
211                        <input type="button" value="Add assay" onClick="showAddAssayDialog();" />
212                        <g:render template="addAssayDialog" model="[run: run, writableAssays: writableAssays]" />
213                </g:if>
214                <g:else>
215                        <input type="button" value="Add assay" disabled="disabled" />
216                </g:else>
217        </g:if>
218        <div id="showRunDialog" class="dialog"></div>
219</body>
220</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.