source: trunk/grails-app/views/run/index.gsp @ 49

Last change on this file since 49 was 49, checked in by robert@…, 9 years ago
  • Added sequence length histograms
  • Fixed bugs in files that remained on the file system after uploading (while they shouldn't)
  • Added extra options in run- and assay screens
File size: 3.5 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>List runs | Mass Sequencing | dbNP</title>
5                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="fileuploader.new.css" />" type="text/css"/>
6                <g:javascript src="run.index.runDialog.js" />
7
8                <g:javascript src="fileuploads.new.js" />
9
10                <script type="text/javascript">
11                        // Create a variable with assay names to check for existing names
12                        var runNames = [];
13                        <g:each in="${runs}" var="run">
14                                runNames[ runNames.length ] = {id: ${run.id}, name: '${run.name}', alreadyAdded: false};
15                        </g:each>               
16                </script>
17        </head>
18        <body>
19                <h1>List of mass sequencing runs</h1>
20                <g:if test="${runs.size() == 0}">
21                        <p>
22                                Currently there are no runs available in the database. Click <a href="#" onClick="showAddRunDialog(); return false;">here</a> to add a new run.
23                        </p>
24                </g:if>
25                <g:else>
26                        <form id="runForm">
27                        </form>
28                        <table id="runs" class="paginate">
29                                <thead>
30                                        <tr>
31                                                <th width="5" class="nonsortable"><input type="checkbox" id="checkAll" onClick="checkAllPaginated(this);" /></th>
32                                                <th width="49%" >Run</th>
33                                                <th width="15%"># samples</th>
34                                                <th width="15%"># sequences</th>
35                                                <th width="5" class="nonsortable"></th>
36                                                <th width="5" class="nonsortable"></th>
37                                                <th width="5" class="nonsortable"></th>
38                                        </tr>
39                                </thead>
40                                <tbody>
41                                        <g:each in="${runs}" var="run">
42                                                <tr>
43                                                        <td><g:checkBox name="ids" value="${run.id}" checked="${false}" onClick="updateCheckAll(this);" /></td>
44                                                        <td><g:link controller="run" action="show" id="${run.id}">${run.name}</g:link></td>
45                                                        <td>${run.assaySamples?.size()}</td>
46                                                        <td>${run.numSequences()}</td>
47                                                        <td><g:link controller="run" action="show" id="${run.id}"><img src="${fam.icon( name: 'application_form_magnify' )}" alt="view" title="view" /></g:link></td>
48                                                        <td>
49                                                                <g:if test="${run.deletable(user)}">
50                                                                        <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to delete this run?' );" controller="run" action="deleteRun" id="${run.id}"><img src="${fam.icon( name: 'delete' )}" alt="delete" title="delete" /></g:link>
51                                                                </g:if>
52                                                                <g:else>
53                                                                        <img src="${fam.icon( name: 'delete' )}" class="disabled" alt="Run can not be deleted because data is associated with it." title="Run can not be deleted because data is associated with it." />
54                                                                </g:else>
55                                                        </td>
56                                                        <td>
57                                                                <g:if test="${run.numSequences() > 0}">
58                                                                        <g:link controller="run" action="sequenceLengthHistogram" id="${run.id}"><img src="${fam.icon( name: 'chart_bar' )}" alt="Sequence length histogram" title="Sequence length histogram" /></g:link>
59                                                                </g:if>
60                                                                <g:else>
61                                                                        <img src="${fam.icon( name: 'chart_bar' )}" class="disabled" alt="No histogram available because no sequences are uploaded." title="No histogram available because no sequences are uploaded." />
62                                                                </g:else>
63                                                        </td>                                                   
64                                                </tr>
65                                        </g:each>
66                                </tbody>
67                        </table>
68                        <p class="options">
69                                <a class="add" href="#" onClick="showAddRunDialog(); return false;">Add run</a>
70                                <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#runForm' ), '<g:createLink action="exportAsFasta" />', '#runs', 'Please select a run to export' ); return false;">Export as fasta</a>
71                                <a class="excel" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#runForm' ), '<g:createLink action="exportMetaData" />', '#runs', 'Please select a run to export' ); return false;">Export metadata</a>
72                        </p>
73                </g:else>
74                <g:render template="addRunDialog" />
75        </body>
76</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.