source: trunk/grails-app/views/fasta/showProcessResult.gsp @ 7

Last change on this file since 7 was 7, checked in by robert@…, 9 years ago
  • Created tests for the synchronization and trash
  • Improved synchronizationservice and trash
  • Put authorization checks in several pages
File size: 2.9 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>Processed files| Metagenomics | dbNP</title>
5               
6                <script>
7                        var entityId = ${entity.id};
8                </script>
9        </head>
10<body>
11        <h1>
12                <g:if test="${entityType == 'assay'}">
13                        Assay ${entity.study?.name} - ${entity.name}
14                </g:if>
15                <g:else>
16                        Run ${entity.name}
17                </g:else>
18        </h1>
19        <g:if test="${matchedFiles.size() > 0}">
20                <h2>Match files with samples</h2>
21                <%
22                        def sortedSamples = entity.assaySamples.findAll { it.assay.study.canWrite( session.user ) }.sort() { a,b -> a.sample.name <=> b.sample.name }
23                %>
24                <g:form name="saveProcessedFiles" action="saveProcessedFiles" id="${entity.id}" params="${[controller: controller]}">
25                <input type="hidden" name="entityType" value="${entityType}" />
26                <table>
27                        <thead>
28                                <tr>
29                                        <th></th>
30                                        <th>Fasta file</th>
31                                        <th># sequences</th>
32                                        <th>Qual file</th>
33                                        <th>Sample</th>
34                                </tr>
35                        </thead>
36                       
37                        <g:each in="${matchedFiles}" var="file" status="i">
38                                <tr>
39                                        <td>
40                                                <g:hiddenField name="file.${i}.fasta" value="${file.fasta.filename}" />
41                                                <g:checkBox name="file.${i}.include" value="${true}" />
42                                        </td>
43                                        <td class="name">${file.fasta.originalfilename}</td>
44                                        <td class="sequences">${file.fasta.numSequences}</td>
45                                        <td>
46                                                <g:if test="${file.feasibleQuals?.size()}">
47                                                        <g:select name="file.${i}.qual" from="${file.feasibleQuals}" optionKey="filename" optionValue="originalfilename" value="${file.qual?.filename}" noSelection="['': '- No qual file -']"/>
48                                                </g:if>
49                                                <g:else>
50                                                        No qual file available
51                                                </g:else>
52                                        </td>
53                                        <td>
54                                                <g:if test="${sortedSamples.size()}">
55                                                        <select name="file.${i}.assaySample">
56                                                                <g:each in="${sortedSamples}" var="assaySample">
57                                                                        <option
58                                                                                <g:if test="${file.assaySample?.id == assaySample.id}">
59                                                                                        selected="selected"
60                                                                                </g:if>
61                                                                                value="${assaySample.id}">${assaySample.sample.name}</option>
62                                                                </g:each>
63                                                        </select>
64                                                </g:if>
65                                                <g:else>
66                                                        No samples available.
67                                                </g:else>
68                                        </td>
69                                </tr>
70                        </g:each>
71               
72                </table>
73               
74                <input type="submit" value="Continue">
75                </g:form>
76       
77        </g:if>
78        <g:else>
79                <h2>Uploaded files</h2>
80                <p>
81                        ${parsedFiles.success?.size()} files were successfully uploaded, but no FASTA file could be determined. Please
82                        upload at least one FASTA file.
83                </p>
84        </g:else>
85       
86        <g:if test="${parsedFiles.failure?.size()}">
87                <h2>Failure</h2>
88                <p>
89                        The following files could not be correctly imported. The system can only interpret FASTA and QUAL files.<br />
90                        If these files were intended to be included into the system, please check the messages below.
91                 </p>
92                <ul>
93                        <g:each in="${parsedFiles.failure}" var="file">
94                                <li>
95                                        ${file.originalfilename}:
96                                        ${file.message}
97                                </li>
98                        </g:each>
99                </ul>   
100        </g:if>
101       
102        <p>
103                <g:link controller="${entityType}" action="show" id="${entity.id}">Return to ${entityType}</g:link>     
104        </p>
105</body>
106</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.