source: trunk/grails-app/views/assaySample/show.gsp @ 24

Last change on this file since 24 was 24, checked in by robert@…, 11 years ago

Improved export of fasta files and added properties to assaysamples

File size: 2.6 KB
Line 
1<h2>${assaySample.sample.name}</h2>
2
3<ul>
4        <li><label>Study</label><span class="value">${assaySample.assay?.study?.name}</span></li>
5        <li><label>Assay</label><span class="value">${assaySample.assay?.name}</span></li>
6        <li><label>Sample</label><span class="value">${assaySample.sample?.name}</span></li>
7        <li><label>Subject</label><span class="value">${assaySample.sample?.subject}</span></li>
8        <li><label>Event</label><span class="value">${assaySample.sample?.event}</span></li>
9        <li><label>Run</label><span class="value">${assaySample.run?.name}</span></li>
10</ul>   
11
12<h2>Details</h2>
13<ul class="assaySampleDetails">
14        <li class="title">
15                <label>&nbsp;</label>
16                <span class="value">forward</span>
17                <span class="value">reverse</span>
18        </li>
19        <li>
20                <label>Oligo number</label>
21                <span class="value">${assaySample.fwOligo}</span>
22                <span class="value">${assaySample.revOligo}</span>
23        </li>
24        <li>
25                <label>Mid name</label>
26                <span class="value">${assaySample.fwMidName}</span>
27                <span class="value">${assaySample.revMidName}</span>
28        </li>
29        <li>
30                <label>Total sequence</label>
31                <span class="value">${assaySample.fwTotalSeq}</span>
32                <span class="value">${assaySample.revTotalSeq}</span>
33        </li>
34        <li>
35                <label>Mid sequence</label>
36                <span class="value">${assaySample.fwMidSeq}</span>
37                <span class="value">${assaySample.revMidSeq}</span>
38        </li>
39        <li>
40                <label>Primer sequence</label>
41                <span class="value">${assaySample.fwPrimerSeq}</span>
42                <span class="value">${assaySample.revPrimerSeq}</span>
43        </li>
44</ul>
45
46<h2>Statistics</h2>
47<ul>
48        <li><label># sequences</label><span class="value">${assaySample.numSequences() ?: '-'}</span></li>
49        <li><label># unique sequences</label><span class="value">${assaySample.numUniqueSequences ?: '-'}</span></li>
50</ul>
51
52<g:if test="${assaySample.sequenceData?.size()}">
53        <h2>Files</h2>
54        <table class="paginate">
55                <thead>
56                        <tr>
57                                <th nowrap>Sequence file</th>
58                                <th nowrap>Quality file</th>
59                                <th nowrap># sequences</th>
60                                <th class="nonsortable"></th>
61                        </tr>
62                </thead>                       
63                <tbody>
64                        <g:each in="${assaySample.sequenceData}" var="sequenceData">
65                                <tr>
66                                        <td><g:uploadedFile value="${sequenceData.sequenceFile}" /></td>
67                                        <td>
68                                                <g:if test="${sequenceData.qualityFile}">
69                                                        <g:uploadedFile value="${sequenceData.qualityFile}" />
70                                                </g:if>
71                                        </td>
72                                        <td>${sequenceData.numSequences}</td>
73                                        <td class="button"><g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected files from this sample?' );" controller="fasta" action="deleteData" id="${sequenceData.id}" params="[entityType: entityType]"><img src="${fam.icon(name: 'delete')}" /></g:link></td>
74                                </tr>
75                        </g:each>
76                </tbody>
77        </table>
78</g:if>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.