source: trunk/grails-app/views/assaySample/show.gsp

Last change on this file was 72, checked in by robert@…, 8 years ago

Implemented addition of logfiles to sequence data

File size: 4.2 KB
Line 
1<h2>${assaySample.sample.name}</h2>
2
3<ul class="blok_data">
4        <li><label>Study</label><span class="value">${assaySample.assay?.study?.name}</span></li>
5        <li><label>Assay</label><span class="value">${assaySample.assay?.name}</span></li>
6        <li><label>Sample</label><span class="value">${assaySample.sample?.name}</span></li>
7        <li><label>Subject</label><span class="value">${assaySample.sample?.subject}</span></li>
8        <li><label>Event</label><span class="value">${assaySample.sample?.event}</span></li>
9        <li><label>Run</label><span class="value">${assaySample.run?.name}</span></li>
10</ul>   
11
12<ul class="blok_data">
13        <li><label># sequences</label><span class="value">${assaySample.numSequences() ?: '-'}</span></li>
14        <li><label># qual scores</label><span class="value">${assaySample.numQualScores() ?: '-'}</span></li>
15        <li><label>% classified</label><span class="value">
16                <g:if test="${assaySample.numSequences > 0}">
17                        <g:formatNumber number="${numClassifications / assaySample.numSequences}" format="0.0%" />
18                </g:if>
19                <g:else>
20                        -
21                </g:else>
22        </span></li>
23</ul>
24
25<h2>Amplicon details</h2>
26<ul class="assaySampleDetails">
27        <li class="title">
28                <label>&nbsp;</label>
29                <span class="value">forward</span>
30                <span class="value">reverse</span>
31        </li>
32        <li>
33                <label>Oligo number</label>
34                <span class="value" title="${assaySample.fwOligo?.encodeAsHTML()}">${assaySample.fwOligo}</span>
35                <span class="value" title="${assaySample.revOligo?.encodeAsHTML()}">${assaySample.revOligo}</span>
36        </li>
37        <li>
38                <label>Mid name</label>
39                <span class="value" title="${assaySample.fwMidName?.encodeAsHTML()}">${assaySample.fwMidName}</span>
40                <span class="value" title="${assaySample.revMidName?.encodeAsHTML()}">${assaySample.revMidName}</span>
41        </li>
42        <li>
43                <label>Total sequence</label>
44                <span class="value" title="${assaySample.fwTotalSeq?.encodeAsHTML()}">${assaySample.fwTotalSeq}</span>
45                <span class="value" title="${assaySample.revTotalSeq?.encodeAsHTML()}">${assaySample.revTotalSeq}</span>
46        </li>
47        <li>
48                <label>Mid sequence</label>
49                <span class="value" title="${assaySample.fwMidSeq?.encodeAsHTML()}">${assaySample.fwMidSeq}</span>
50                <span class="value" title="${assaySample.revMidSeq?.encodeAsHTML()}">${assaySample.revMidSeq}</span>
51        </li>
52        <li>
53                <label>Primer sequence</label>
54                <span class="value" title="${assaySample.fwPrimerSeq?.encodeAsHTML()}">${assaySample.fwPrimerSeq}</span>
55                <span class="value" title="${assaySample.revPrimerSeq?.encodeAsHTML()}">${assaySample.revPrimerSeq}</span>
56        </li>
57</ul>
58
59<g:if test="${assaySample.sequenceData?.size()}">
60        <h2>Sequences</h2>
61        <table class="paginate">
62                <thead>
63                        <tr>
64                                <th nowrap>Sequence file</th>
65                                <th nowrap>Quality file</th>
66                                <th nowrap>Log file</th>
67                                <th nowrap>Classifications</th>
68                                <th nowrap># sequences</th>
69                                <th class="nonsortable"></th>
70                        </tr>
71                </thead>                       
72                <tbody>
73                        <g:each in="${assaySample.sequenceData}" var="sequenceData">
74                                <tr>
75                                        <td><g:uploadedFile value="${sequenceData.sequenceFile}" description="${sequenceData.sequenceFile[ 0..sequenceData.sequenceFile.lastIndexOf( '.' )-1 ]}" /></td>
76                                        <td>
77                                                <g:if test="${sequenceData.qualityFile}">
78                                                        <g:uploadedFile value="${sequenceData.qualityFile}" description="qual" />
79                                                </g:if>
80                                                <g:else>
81                                                        -
82                                                </g:else>
83                                        </td>
84                                        <td>
85                                                <g:if test="${sequenceData.logFile}">
86                                                        <g:uploadedFile value="${sequenceData.logFile}" description="log" />
87                                                </g:if>
88                                                <g:else>
89                                                        -
90                                                </g:else>
91                                        </td>
92                                        <td>
93                                                <% def numClassifications = sequenceData.numClassifications(); %>
94                                                <g:if test="${numClassifications > 0}">
95                                                        <g:link controller="classification" action="show" params="${['ids': assaySample.id, 'entityType': entityType, 'entityId': assaySample[ entityType ]?.id ]}">${numClassifications}</g:link>
96                                                </g:if>
97                                                <g:else>
98                                                        -
99                                                </g:else>
100                                        </td>                                   
101                                        <td>${sequenceData.numSequences}</td>
102                                        <td class="button"><g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected files from this sample?' );" controller="fasta" action="deleteData" id="${sequenceData.id}" params="[entityType: entityType]"><img src="${fam.icon(name: 'delete')}" /></g:link></td>
103                                </tr>
104                        </g:each>
105                </tbody>
106        </table>
107</g:if>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.