source: trunk/grails-app/views/assay/show.gsp @ 9

Last change on this file since 9 was 9, checked in by robert@…, 9 years ago
File size: 5.5 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>Show assay ${assay.name} | Metagenomics | dbNP</title>
5               
6                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="showAssay.css" />" type="text/css"/>
7                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="fileuploader.new.css" />" type="text/css"/>
8               
9                <g:javascript src="jquery.ui.tabbeddialog.js" />
10                <g:javascript src="assay.show.enterTagsDialog.js" />
11                <g:javascript src="assay.show.runDialogs.js" />
12                <g:javascript src="assay.show.showRunDialog.js" />
13
14                <g:javascript src="showSampleDialog.js" />
15                <g:javascript src="addFilesDialog.js" />
16
17                <g:javascript src="fileuploader.new.js" />
18                <g:javascript src="fileuploads.new.js" />
19               
20                <script>
21                        var assayId = ${assay.id};
22                        var numOtherRuns = ${otherRuns.size()};
23
24                        // Create a variable with assay names to check for existing names
25                        var runNames = [];
26                        <g:each in="${assay.runs + otherRuns}" var="run">
27                                runNames[ runNames.length ] = {id: ${run.id}, name: '${run.name}', alreadyAdded: ${ run.assays.contains( assay ) ? 'true' : 'false' }};
28                        </g:each>
29                       
30                        function initializeUploadedFiles( selector ) {
31                                if( selector == undefined )
32                                        selector = "";
33                               
34                                $( selector + ' .uploadedFile').each( function( idx, el ) {
35                                        $(el).html( createFileHTML( $(el).text(), 'getPermanent' ) );
36                                });
37                        }
38
39                        // Initializefiles on load
40                        $(function() { initializeUploadedFiles(); });
41                </script>
42        </head>
43<body>
44        <h1>
45                ${assay.study.name} - ${assay.name}
46        </h1>
47       
48        <label>Study</label>: <a target="_top" href="${ assay.study.viewUrl() }">${assay.study.name}</a><br />
49        <label>Assay</label>: ${assay.name}<br />
50        <label># samples</label>: ${assay.assaySamples?.size()}<br />
51        <label># sequences</label>: ${assay.numSequences()}<br />
52        <label># files</label>: ${assay.numFiles()}<br />
53
54        <!-- Samples -->
55        <h2>Samples</h2>
56        <g:if test="${assay.assaySamples == null || assay.assaySamples.size() == 0}">
57                No samples found in assay.
58                <g:if test="${editable}">
59                        Associate samples with this assay in <a target="_top" href="${ assay.study.viewUrl() }">GSCF</a>.
60                </g:if>
61        </g:if>
62        <g:else>
63                <table class="paginate">
64                        <thead>
65                                <tr>
66                                        <th nowrap>name</th>
67                                        <th nowrap>run</th>
68                                        <th nowrap>subject</th>
69                                        <th nowrap>event</th>
70                                        <th nowrap># sequences</th>
71                                </tr>
72                        </thead>                       
73                        <tbody>
74                                <% def assaySamples = assay.assaySamples.toList().sort { it.sample.name }; %>
75                                <g:each in="${assaySamples}" var="assaySample">
76                                        <tr>
77                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}, 'assay'); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
78                                                <td>${assaySample.run?.name}</td>
79                                                <td>${assaySample.sample.subject}</td>
80                                                <td>${assaySample.sample.event}</td>
81                                                <td>${assaySample.numSequences()}</td>
82                                        </tr>
83                                </g:each>
84                        </tbody>
85                </table>
86                <g:if test="${editable}">
87                        <input type="button" value="Edit sample data" onClick="showEnterTagsDialog();">
88                        <input type="button" value="Add sequence files" onClick="showAddFilesDialog();" <g:if test="${assay.runs == null || assay.runs.size() == 0}">disabled="disabled"</g:if>>
89                        <g:render template="enterTagsDialog" model="[assay: assay, sortedAssaySamples: assaySamples]" />
90                        <g:render template="addFilesDialog" model="[assay: assay]" />
91                </g:if>
92                <div id="showSampleDialog" class="dialog"></div>
93        </g:else>       
94
95        <!-- Runs -->
96        <h2>Runs</h2>
97        <g:if test="${assay.runs == null || assay.runs.size() == 0}">
98                No runs found for this assay.
99        </g:if>
100        <g:else>
101                <table class="paginate">
102                        <thead>
103                                <tr>
104                                        <th nowrap>name</th>
105                                        <th nowrap>date</th>
106                                        <th nowrap>supplier</th>
107                                        <th nowrap>machine</th>
108                                        <th nowrap>parameter file</th>
109                                        <th nowrap>other assays</th>
110                                        <th class="nonsortable"></th>
111                                        <th class="nonsortable"></th>
112                                </tr>
113                        </thead>                       
114                        <tbody>
115                                <% def runs = assay.runs.toList().sort { it.name }; %>
116                                <g:each in="${runs}" var="run">
117                                        <tr>
118                                                <td><g:link controller="run" action="show" id="${run.id}">${run.name}</g:link></td>
119                                                <td><g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/></td>
120                                                <td>${run.supplier}</td>
121                                                <td>${run.machine}</td>
122                                                <td><g:uploadedFile value="${run.parameterFile}"/></td>
123                                                <td>
124                                                        <g:if test="${run.assays?.size() == 1}">
125                                                                <% /* If only 1 assay is found, then it is the current one */ %>
126                                                                -
127                                                        </g:if>
128                                                        <g:else>
129                                                                <g:each in="${run.assays - assay}" var="otherAssay">
130                                                                        <g:link action="show" id="${otherAssay.id}">${otherAssay.name}</g:link><br />
131                                                                </g:each>
132                                                        </g:else>
133                                                </td>
134                                                <td class="button"><a href="#" onClick="showEditRunDialog( ${run.id} ); return false;"><img src="${fam.icon(name: 'application_edit')}" /></a></td>
135                                                <td class="button">
136                                                        <g:if test="${run.samples(assay.id).size()}">
137                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because sequences from this assay are coupled to this run." />
138                                                        </g:if>
139                                                        <g:else>
140                                                                <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected run from this assay?' );" controller="assay" action="removeRun" id="${assay.id}" params="${[run_id: run.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
141                                                        </g:else>
142                                                </td>
143                                        </tr>
144                                </g:each>
145                        </tbody>
146                </table>
147        </g:else>
148        <g:if test="${editable}">
149                <input type="button" value="Add run" onClick="showAddRunDialog();">
150                <g:render template="addRunDialog" model="[assay: assay]" />
151                <div id="editRunDialog" class="dialog"></div>
152        </g:if>
153        <div id="showRunDialog" class="dialog"></div>
154</body>
155</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.