source: trunk/grails-app/views/assay/show.gsp @ 72

Last change on this file since 72 was 72, checked in by robert@…, 8 years ago

Implemented addition of logfiles to sequence data

File size: 8.4 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>Show assay ${assay.name} | Mass Sequencing | dbNP</title>
5               
6                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="showAssay.css" />" type="text/css"/>
7                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="fileuploader.new.css" />" type="text/css"/>
8               
9                <g:javascript src="jquery.ui.tabbeddialog.js" />
10                <g:javascript src="assay.show.enterTagsDialog.js" />
11                <g:javascript src="editSampleDialog.js" />
12                <g:javascript src="assay.show.runDialogs.js" />
13                <g:javascript src="assay.show.showRunDialog.js" />
14
15                <g:javascript src="showSampleDialogUniversal.js" />
16                <g:javascript src="addFilesDialog.js" />
17                <g:javascript src="enterTagsDialog.js" />
18
19                <g:javascript src="fileuploads.new.js" />
20               
21                <script>
22                        var assayId = ${assay.id};
23                        var numOtherRuns = ${otherRuns.size()};
24
25                        // Create a variable with assay names to check for existing names
26                        var runNames = [];
27                        <g:each in="${assay.runs + otherRuns}" var="run">
28                                runNames[ runNames.length ] = {id: ${run.id}, name: '${run.name}', alreadyAdded: ${ run.assays.contains( assay ) ? 'true' : 'false' }};
29                        </g:each>
30
31                        // Initializefiles on load
32                        $(function() { initializeUploadedFiles(); });
33                </script>
34        </head>
35<body>
36        <h1>
37                ${assay.study.name} - ${assay.name}
38        </h1>
39       
40        <div class="blok_data">
41                <label>Study</label>: <a target="_top" href="${ assay.study.viewUrl() }">${assay.study.name}</a><br />
42                <label>Assay</label>: ${assay.name}<br />
43        </div>
44        <div class="blok_data">
45                <label># samples</label>: ${assay.assaySamples?.size()}<br />
46                <label># sequences</label>: <g:formatNumber number="${assay.numSequences()}" format="###,###,##0" /><br />
47                <label>% classified</label>: <g:formatNumber number="${numClassified / assay.numSequences()}" format="0.0%" /><br />
48        </div>
49        <!-- Samples -->
50        <h2>Samples</h2>
51
52        <g:if test="${assay.assaySamples == null || assay.assaySamples.size() == 0}">
53                <p>
54                        No samples found in assay.
55                        <g:if test="${editable}">
56                                Associate samples with this assay in <a target="_top" href="${ assay.study.viewUrl() }">GSCF</a>.
57                        </g:if>
58                </p>
59        </g:if>
60        <g:else>
61                <form id="sampleForm"><input type="hidden" name="assayId" value="${assay.id}" /><input type="hidden" name="entityType" value="assay" /><input type="hidden" name="entityId" value="${assay.id}" /></form>
62                <table class="paginate serverside" rel="<g:createLink controller="assay" action="showSampleData" id="${assay.id}" />" id="samples">
63                        <thead>
64                                <tr>
65                                        <th width="5" class="nonsortable"><input type="checkbox" id="checkAll" onClick="checkAllPaginated(this);" /></th>
66                                        <th nowrap>name</th>
67                                        <th nowrap>run</th>
68                                        <th nowrap>forward mid</th>
69                                        <th nowrap># sequences</th>
70                                        <th nowrap># qual</th>
71                                        <th class="nonsortable"></th>
72                                        <th class="nonsortable"></th>
73                                </tr>
74                        </thead>                       
75                        <tbody>
76                                <tr>
77                                        <td colspan="8">
78                                                Loading data from server
79                                        </td>
80                                </tr>
81
82                        </tbody>
83                </table>
84               
85                <p class="options multiple">
86                        <g:if test="${editable}">
87                                <a class="editAssociation" onClick="showEnterTagsDialog(); return false;" href="#">Edit amplicon details</a>
88                        </g:if>
89                        <g:else>
90                                <a class="editAssociation disabled" onClick="return false;" href="#">Edit amplicon details</a>
91                        </g:else>
92                </p>                   
93                <p class="options multiple">
94                       
95                        <g:if test="${!editable || assay.runs == null || assay.runs.size() == 0}">
96                                <a class="addSequences disabled" onClick="return false;" href="#">Import sequence/classification files</a>
97                        </g:if>
98                        <g:else>
99                                <a class="addSequences" onClick="showAddFilesDialog(); return false;" href="#">Import sequence/classification files</a>
100                        </g:else>
101                       
102                        <br />
103                       
104                        <g:if test="${editable && assay.numFiles() > 0 }">
105                                <a class="removeSequences" href="#" onClick="if( confirm( 'Are you sure you want to remove all sequence data from this assay?' ) ) { submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assay" action="deleteSequenceData" />', '#samples', 'Please select one or more samples to remove sequences from.' ); } return false;">Delete selected sequences</a>
106                        </g:if>
107
108                </p>
109                                       
110                <p class="options multiple">
111                        <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportAsFasta" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export all data</a><br />
112                        <a class="excel" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="assaySample" action="exportMetaData" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export metadata</a><br />
113                        <a class="classification_export" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="classification" action="export" />', '#samples', 'Please select one or more samples to export' ); return false;">Export classification</a><br />
114                </p>
115               
116                <p class="options multiple last">
117                        <a class="classification" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="classification" action="show" />', '#samples', 'Please select one or more samples to view classification' ); return false;">Show classification</a><br />
118                        <a class="classification_percentage" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#sampleForm' ), '<g:createLink controller="classification" action="percentageClassified" />', '#samples', 'Please select one or more samples to view classification' ); return false;">Percentage classified</a><br />
119                </p>           
120               
121                <div style="clear: both;"></div>
122               
123                <g:if test="${editable}">
124                        <g:render template="enterTagsDialog" model="[assay: assay, sortedAssaySamples: assaySamples]" />
125                        <g:render template="addFilesDialog" model="[assay: assay]" />
126                </g:if>
127                <div id="showSampleDialog" class="dialog"></div>
128        </g:else>       
129
130        <!-- Runs -->
131        <h2>Runs</h2>
132        <g:if test="${assay.runs == null || assay.runs.size() == 0}">
133                No runs found for this assay.
134        </g:if>
135        <g:else>
136                <table class="paginate">
137                        <thead>
138                                <tr>
139                                        <th nowrap>name</th>
140                                        <th nowrap>date</th>
141                                        <th nowrap>supplier</th>
142                                        <th nowrap>machine</th>
143                                        <th nowrap>parameter file</th>
144                                        <th nowrap>other assays</th>
145                                        <th class="nonsortable"></th>
146                                        <th class="nonsortable"></th>
147                                </tr>
148                        </thead>                       
149                        <tbody>
150                                <% def runs = assay.runs.toList().sort { it.name }; %>
151                                <g:each in="${runs}" var="run">
152                                        <tr>
153                                                <td><g:link title="Show run" controller="run" action="show" id="${run.id}">${run.name}</g:link></td>
154                                                <td><g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/></td>
155                                                <td>${run.supplier}</td>
156                                                <td>${run.machine}</td>
157                                                <td><g:uploadedFile value="${run.parameterFile}"/></td>
158                                                <td>
159                                                        <g:if test="${run.assays?.size() == 1}">
160                                                                <% /* If only 1 assay is found, then it is the current one */ %>
161                                                                -
162                                                        </g:if>
163                                                        <g:else>
164                                                                <g:each in="${run.assays - assay}" var="otherAssay">
165                                                                        <g:link action="show" id="${otherAssay.id}">${otherAssay.name}</g:link><br />
166                                                                </g:each>
167                                                        </g:else>
168                                                </td>
169                                                <td class="button"><a href="#" onClick="showEditRunDialog( ${run.id} ); return false;" title="Edit run properties"><img title="Edit run properties" src="${fam.icon(name: 'application_edit')}" /></a></td>
170                                                <td class="button">
171                                                        <g:if test="${run.samples(assay.id).size()}">
172                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because sequences from this assay are coupled to this run." />
173                                                        </g:if>
174                                                        <g:else>
175                                                                <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected run from this assay?' );" controller="assay" action="removeRun" id="${assay.id}" params="${[run_id: run.id]}" title="Remove run from assay"><img title="Remove run from assay" src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
176                                                        </g:else>
177                                                </td>
178                                        </tr>
179                                </g:each>
180                        </tbody>
181                </table>
182        </g:else>
183        <p class="options">
184                <g:if test="${editable}">
185                        <a class="addAssociation" onClick="showAddRunDialog(); return false;" href="#">Add run</a>
186                </g:if>
187                <g:else>
188                        <a class="addAssociation disabled" onClick="return false;" href="#">Add run</a>
189                </g:else>
190        </p>
191
192        <g:if test="${editable}">
193                <g:render template="addRunDialog" model="[assay: assay]" />
194                <div id="editRunDialog" class="dialog"></div>
195        </g:if>
196        <div id="showRunDialog" class="dialog"></div>
197        <div id="editSampleDialog" class="dialog"></div>
198</body>
199</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.