source: trunk/grails-app/views/assay/show.gsp @ 24

Last change on this file since 24 was 24, checked in by robert@…, 8 years ago

Improved export of fasta files and added properties to assaysamples

File size: 6.3 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>Show assay ${assay.name} | Metagenomics | dbNP</title>
5               
6                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="showAssay.css" />" type="text/css"/>
7                <link rel="stylesheet" href="<g:resource dir="css" file="fileuploader.new.css" />" type="text/css"/>
8               
9                <g:javascript src="jquery.ui.tabbeddialog.js" />
10                <g:javascript src="assay.show.enterTagsDialog.js" />
11                <g:javascript src="assay.show.runDialogs.js" />
12                <g:javascript src="assay.show.showRunDialog.js" />
13
14                <g:javascript src="showSampleDialogUniversal.js" />
15                <g:javascript src="addFilesDialog.js" />
16                <g:javascript src="enterTagsDialog.js" />
17
18                <g:javascript src="fileuploader.new.js" />
19                <g:javascript src="fileuploads.new.js" />
20               
21                <script>
22                        var assayId = ${assay.id};
23                        var numOtherRuns = ${otherRuns.size()};
24
25                        // Create a variable with assay names to check for existing names
26                        var runNames = [];
27                        <g:each in="${assay.runs + otherRuns}" var="run">
28                                runNames[ runNames.length ] = {id: ${run.id}, name: '${run.name}', alreadyAdded: ${ run.assays.contains( assay ) ? 'true' : 'false' }};
29                        </g:each>
30                       
31                        function initializeUploadedFiles( selector ) {
32                                if( selector == undefined )
33                                        selector = "";
34                               
35                                $( selector + ' .uploadedFile').each( function( idx, el ) {
36                                        $(el).html( createFileHTML( $(el).text(), 'getPermanent' ) );
37                                });
38                        }
39
40                        // Initializefiles on load
41                        $(function() { initializeUploadedFiles(); });
42                </script>
43        </head>
44<body>
45        <h1>
46                ${assay.study.name} - ${assay.name}
47        </h1>
48       
49        <label>Study</label>: <a target="_top" href="${ assay.study.viewUrl() }">${assay.study.name}</a><br />
50        <label>Assay</label>: ${assay.name}<br />
51        <label># samples</label>: ${assay.assaySamples?.size()}<br />
52        <label># sequences</label>: ${assay.numSequences()}<br />
53        <label># files</label>: ${assay.numFiles()}<br />
54
55        <!-- Samples -->
56        <h2>Samples</h2>
57        <g:if test="${assay.assaySamples == null || assay.assaySamples.size() == 0}">
58                No samples found in assay.
59                <g:if test="${editable}">
60                        Associate samples with this assay in <a target="_top" href="${ assay.study.viewUrl() }">GSCF</a>.
61                </g:if>
62        </g:if>
63        <g:else>
64                <table class="paginate">
65                        <thead>
66                                <tr>
67                                        <th nowrap>name</th>
68                                        <th nowrap>run</th>
69                                        <th nowrap>forward mid</th>
70                                        <th nowrap># sequences</th>
71                                        <th nowrap># qual</th>
72                                </tr>
73                        </thead>                       
74                        <tbody>
75                                <% def assaySamples = assay.assaySamples.toList().sort { it.sample.name }; %>
76                                <g:each in="${assaySamples}" var="assaySample">
77                                        <tr>
78                                                <td><a href="#" onClick="showSample(${assaySample.id}, 'assay'); return false;">${assaySample.sample.name}</a></td>
79                                                <td>${assaySample.run?.name}</td>
80                                                <td>${assaySample.fwMidName}</td>
81                                                <td>
82                                                        <g:if test="${assaySample.numSequenceFiles() > 0}">
83                                                                ${assaySample.numSequences()}
84                                                        </g:if>
85                                                        <g:else>
86                                                                -
87                                                        </g:else>
88                                                </td>
89                                                <td>
90                                                        <g:if test="${assaySample.numQualityFiles() > 0}">
91                                                                ${assaySample.numQualScores()}
92                                                        </g:if>
93                                                        <g:else>
94                                                                -
95                                                        </g:else>
96                                                </td>
97                                        </tr>
98                                </g:each>
99                        </tbody>
100                </table>
101                <p class="options">
102                        <g:if test="${editable}">
103                                <a class="editAssociation" onClick="showEnterTagsDialog();" href="#">Edit sample data</a>
104                        </g:if>
105                        <g:else>
106                                <a class="editAssociation disabled" onClick="return false;" href="#">Edit sample data</a>
107                        </g:else>
108                        <g:if test="${!editable || assay.runs == null || assay.runs.size() == 0}">
109                                <a class="addSequences disabled" onClick="return false;" href="#">Add sequence files</a>
110                        </g:if>
111                        <g:else>
112                                <a class="addSequences" onClick="showAddFilesDialog();" href="#">Add sequence files</a>
113                        </g:else>
114                </p>
115
116                <g:if test="${editable}">
117                        <g:render template="enterTagsDialog" model="[assay: assay, sortedAssaySamples: assaySamples]" />
118                        <g:render template="addFilesDialog" model="[assay: assay]" />
119                </g:if>
120                <div id="showSampleDialog" class="dialog"></div>
121        </g:else>       
122
123        <!-- Runs -->
124        <h2>Runs</h2>
125        <g:if test="${assay.runs == null || assay.runs.size() == 0}">
126                No runs found for this assay.
127        </g:if>
128        <g:else>
129                <table class="paginate">
130                        <thead>
131                                <tr>
132                                        <th nowrap>name</th>
133                                        <th nowrap>date</th>
134                                        <th nowrap>supplier</th>
135                                        <th nowrap>machine</th>
136                                        <th nowrap>parameter file</th>
137                                        <th nowrap>other assays</th>
138                                        <th class="nonsortable"></th>
139                                        <th class="nonsortable"></th>
140                                </tr>
141                        </thead>                       
142                        <tbody>
143                                <% def runs = assay.runs.toList().sort { it.name }; %>
144                                <g:each in="${runs}" var="run">
145                                        <tr>
146                                                <td><g:link controller="run" action="show" id="${run.id}">${run.name}</g:link></td>
147                                                <td><g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/></td>
148                                                <td>${run.supplier}</td>
149                                                <td>${run.machine}</td>
150                                                <td><g:uploadedFile value="${run.parameterFile}"/></td>
151                                                <td>
152                                                        <g:if test="${run.assays?.size() == 1}">
153                                                                <% /* If only 1 assay is found, then it is the current one */ %>
154                                                                -
155                                                        </g:if>
156                                                        <g:else>
157                                                                <g:each in="${run.assays - assay}" var="otherAssay">
158                                                                        <g:link action="show" id="${otherAssay.id}">${otherAssay.name}</g:link><br />
159                                                                </g:each>
160                                                        </g:else>
161                                                </td>
162                                                <td class="button"><a href="#" onClick="showEditRunDialog( ${run.id} ); return false;"><img src="${fam.icon(name: 'application_edit')}" /></a></td>
163                                                <td class="button">
164                                                        <g:if test="${run.samples(assay.id).size()}">
165                                                                <img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" class="disabled" title="You can't remove this assay because sequences from this assay are coupled to this run." />
166                                                        </g:if>
167                                                        <g:else>
168                                                                <g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected run from this assay?' );" controller="assay" action="removeRun" id="${assay.id}" params="${[run_id: run.id]}" ><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link>
169                                                        </g:else>
170                                                </td>
171                                        </tr>
172                                </g:each>
173                        </tbody>
174                </table>
175        </g:else>
176        <p class="options">
177                <g:if test="${editable}">
178                        <a class="addAssociation" onClick="showAddRunDialog();" href="#">Add run</a>
179                </g:if>
180                <g:else>
181                        <a class="addAssociation disabled" onClick="return false;" href="#">Add run</a>
182                </g:else>
183        </p>
184
185        <g:if test="${editable}">
186                <g:render template="addRunDialog" model="[assay: assay]" />
187                <div id="editRunDialog" class="dialog"></div>
188        </g:if>
189        <div id="showRunDialog" class="dialog"></div>
190</body>
191</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.