source: trunk/grails-app/views/assay/index.gsp @ 52

Last change on this file since 52 was 52, checked in by robert@…, 9 years ago
  • Updated a bug on production with org.apache.tools.zip
  • Added tooltips to all icons
File size: 2.9 KB
Line 
1<html>
2        <head>
3                <meta name="layout" content="main" />
4                <title>List assays | Mass Sequencing | dbNP</title>
5        </head>
6        <body>
7                <h1>List of mass sequencing assays</h1>
8                <g:if test="${studies.size() == 0}">
9                        <p>
10                                Currently there are no studies available in the database. Please use <a href="${gscfAddUrl}">GSCF</a> to add new studies.
11                        </p>
12                </g:if>
13                <g:else>
14                        <form id="assayForm">
15                        </form>
16                        <table id="assays" class="paginate">
17                                <thead>
18                                        <tr>
19                                                <th class="nonsortable"><input type="checkbox" id="checkAll" onClick="checkAllPaginated(this);" /></th>
20                                                <th>Assay</th>
21                                                <th>Study</th>
22                                                <th># samples</th>
23                                                <th>avg sequences / sample</th>
24                                                <th class="nonsortable"></th>
25                                                <th class="nonsortable"></th>
26                                        </tr>
27                                </thead>
28                                <tbody>
29                                        <g:each in="${studies}" var="study">
30                                                <g:if test="${study.assays != null && study.assays.size() > 0}">
31                                                        <g:each in="${study.assays}" var="assay">
32                                                                <tr>
33                                                                        <td><g:checkBox name="ids" value="${assay.id}" checked="${false}" onClick="updateCheckAll(this);" /></td>
34                                                               
35                                                                        <td><g:link title="View assay" controller="assay" action="show" id="${assay.id}">${assay.name}</g:link></td>
36                                                                        <td><a href="${study.viewUrl()}">${study.name}</a></td>
37                                                                        <td>${assay.assaySamples?.size()}</td>
38                                                                        <td>
39                                                                                <g:if test="${assay.assaySamples?.size()}">
40                                                                                        <g:formatNumber number="${assay.numSequences() / assay.assaySamples?.size()}" format="###,###,##0"/>
41                                                                                </g:if>
42                                                                                <g:else>
43                                                                                        -
44                                                                                </g:else>
45                                                                        </td>
46                                                                        <td><g:link title="View assay" controller="assay" action="show" id="${assay.id}"><img src="${fam.icon( name: 'application_form_magnify' )}" alt="View assay" title="View assay" /></g:link></td>
47                                                                        <td>
48                                                                                <g:if test="${assay.numSequences() > 0}">
49                                                                                        <g:link title="Sequence length histogram" controller="assay" action="sequenceLengthHistogram" id="${assay.id}"><img src="${fam.icon( name: 'chart_bar' )}" alt="Sequence length histogram" title="Sequence length histogram" /></g:link>
50                                                                                </g:if>
51                                                                                <g:else>
52                                                                                        <img src="${fam.icon( name: 'chart_bar' )}" class="disabled" alt="No histogram available because no sequences are uploaded." title="No histogram available because no sequences are uploaded." />
53                                                                                </g:else>
54                                                                        </td>                                                   
55                                                                       
56                                                                </tr>
57                                                        </g:each>
58                                                </g:if>
59                                        </g:each>
60                                </tbody>
61                        </table>
62                        <p class="options">
63                                <a class="fasta" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#assayForm' ), '<g:createLink action="exportAsFasta" />', '#assays', 'Please select an assay to export' ); return false;">Export as fasta</a>
64                                <a class="excel" href="#" onClick="submitPaginatedForm( $( '#assayForm' ), '<g:createLink action="exportMetaData" />', '#assays', 'Please select an assay to export' ); return false;">Export metadata</a>
65                        </p>
66                       
67                </g:else>                       
68        </body>
69</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.