source: trunk/grails-app/views/assay/_showSampleDialog.gsp @ 3

Last change on this file since 3 was 3, checked in by robert@…, 10 years ago

Externalized configuration; improved assay view (detail views of runs and samples); implemented uploading and parsing of FASTA and QUAL files

File size: 2.1 KB
Line 
1<div id="showSampleDialog" class="dialog">
2        <g:each in="${assay.assaySamples}" var="assaySample">
3                <div class="showSample" id="showSample_${assaySample.id}">
4                        <h2>${assaySample.sample.name}</h2>
5                       
6                        <h2>Details</h2>
7                       
8                        <ul>
9                                <li><label>Tag sequence</label><span class="value">${assaySample.tagSequence}</span></li>
10                                <li><label>Oligo number</label><span class="value">${assaySample.oligoNumber}</span></li>
11                                <li><label>Run(s)</label><span class="value">${assaySample.sequenceData?.run.name.unique().join( ',' )}</span></li>
12                                <li><label># sequences</label><span class="value">${assaySample.numSequences() ?: '-'}</span></li>
13                                <li><label>Average quality</label><span class="value">${assaySample.averageQuality() ?: '-'}</span></li>
14                                <li><label># unique sequences</label><span class="value">${assaySample.numUniqueSequences ?: '-'}</span></li>
15                        </ul>
16                       
17                        <g:if test="${assaySample.sequenceData?.size()}">
18                                <h2>Files</h2>
19                                <table class="paginate">
20                                        <thead>
21                                                <tr>
22                                                        <th nowrap>Sequence file</th>
23                                                        <th nowrap>Quality file</th>
24                                                        <th nowrap># sequences</th>
25                                                        <th nowrap>avg quality</th>
26                                                        <th class="nonsortable"></th>
27                                                </tr>
28                                        </thead>                       
29                                        <tbody>
30                                                <g:each in="${assaySample.sequenceData}" var="sequenceData">
31                                                        <tr>
32                                                                <td><g:uploadedFile value="${sequenceData.sequenceFile}" /></td>
33                                                                <td>
34                                                                        <g:if test="${sequenceData.qualityFile}">
35                                                                                <g:uploadedFile value="${sequenceData.qualityFile}" />
36                                                                        </g:if>
37                                                                </td>
38                                                                <td>${sequenceData.numSequences}</td>
39                                                                <td>
40                                                                        <g:if test="${sequenceData.averageQuality > 0.0}">
41                                                                                <g:formatNumber number="${sequenceData.averageQuality}" format="0.0" />
42                                                                        </g:if>
43                                                                        <g:else>
44                                                                                -
45                                                                        </g:else>
46                                                                </td>
47                                                                <td class="button"><g:link onClick="return confirm( 'Are you sure you want to remove the selected files from this sample?' );" controller="fasta" action="deleteData" id="${sequenceData.id}"><img src="${fam.icon(name: 'application_delete')}" /></g:link></td>
48                                                        </tr>
49                                                </g:each>
50                                        </tbody>
51                                </table>
52                        </g:if>
53                </div>
54        </g:each>
55</div>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.