source: trunk/grails-app/views/assay/_showRunDialog.gsp @ 3

Last change on this file since 3 was 3, checked in by robert@…, 9 years ago

Externalized configuration; improved assay view (detail views of runs and samples); implemented uploading and parsing of FASTA and QUAL files

File size: 1.9 KB
Line 
1<div id="showRunDialog" class="dialog">
2        <g:each in="${assay.runs}" var="run">
3                <div class="showRun" id="showRun_${run.id}">
4                        <h2>${run.name}</h2>
5                       
6                        <h2>Details</h2>
7                       
8                        <ul>
9                                <li><label>Date</label><span class="value"><g:formatDate format="dd-MM-yyyy" date="${run.date}"/></span></li>
10                                <li><label>Supplier</label><span class="value">${run.supplier}</span></li>
11                                <li><label>Machine</label><span class="value">${run.machine}</span></li>
12                                <li><label>Parameter file</label><span class="value">${run.parameterFile}</span></li>
13                               
14                                <li><label># files</label><span class="value">${run.numFiles()}</span></li>
15                                <li><label># sequences</label><span class="value">${run.numSequences()}</span></li>
16                        </ul>
17                        <% def runSamples = run.samples( assay.id ); %>
18                        <g:if test="${runSamples.size()}">
19                                <h2>Samples</h2>
20                                <table class="paginate">
21                                        <thead>
22                                                <tr>
23                                                        <th nowrap>Sample</th>
24                                                        <th nowrap>Sequence file</th>
25                                                        <th nowrap>Quality file</th>
26                                                        <th nowrap># sequences</th>
27                                                        <th nowrap>avg quality</th>
28                                                </tr>
29                                        </thead>                       
30                                        <tbody>
31                                                <g:each in="${runSamples}" var="assaySample">
32                                                        <% def files = assaySample.sequenceData.findAll { it.sample.assay.id == assay.id }; %>
33                                                        <g:each in="${files}" var="data" status="i">
34                                                                <tr>
35                                                                        <td>${assaySample.sample.name}</td>
36                                                                        <td><g:uploadedFile value="${data.sequenceFile}" /></td>
37                                                                        <td>
38                                                                                <g:if test="${data.qualityFile}">
39                                                                                        <g:uploadedFile value="${data.qualityFile}" />
40                                                                                </g:if>
41                                                                        </td>
42                                                                        <td>${data.numSequences}</td>
43                                                                        <td>
44                                                                                <g:if test="${data.averageQuality > 0.0}">
45                                                                                        <g:formatNumber number="${data.averageQuality}" format="0.0" />
46                                                                                </g:if>
47                                                                                <g:else>
48                                                                                        -
49                                                                                </g:else>
50                                                                        </td>
51                                                                </tr>
52                                                        </g:each>
53                                                </g:each>
54                                        </tbody>
55                                </table>
56                        </g:if>
57                </div>
58        </g:each>
59</div>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.