source: trunk/grails-app/conf/BaseFilters.groovy @ 53

Last change on this file since 53 was 53, checked in by robert@…, 8 years ago

Implemented export possibility and bugfixes

File size: 8.7 KB
Line 
1/**
2 * Base Filters
3 * @Author Jeroen Wesbeek
4 * @Since 20091026
5 * @see main.gsp
6 * @see http://grails.org/Filters
7 * @Description
8 *
9 * These filters contain generic logic for -every- page request.
10 *
11 * Revision information:
12 * $Rev: 776 $
13 * $Author: duh $
14 * $Date: 2010-08-05 12:15:26 +0200 (Thu, 05 Aug 2010) $
15 */
16import grails.converters.*
17import javax.servlet.http.HttpServletResponse
18
19import org.apache.catalina.connector.Response;
20import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
21
22import nl.tno.massSequencing.auth.User;
23import nl.tno.massSequencing.integration.*;
24 
25class BaseFilters {
26        def gscfService
27        def synchronizationService
28       
29        // define filters
30        def filters = {
31               
32                userCheck(controller:'*', action:'*') {
33                        before = {
34                                if( actionName == "notifyStudyChange" ) {
35                                        return true;
36                                }
37                               
38                                // File uploads don't occur in a session, since the flash script can't
39                                // continue the session. For that reason, all uploads are allowed.
40                                if( actionName == "upload" && controllerName == "file" ) {
41                                        return true;
42                                }
43                               
44                                if( !ConfigurationHolder.config.gscf.baseURL ) {
45                                        throw new Exception( "No GSCF instance specified. Please check configuration." )
46                                        return false
47                                }
48                               
49                                // We are handling the Rest controller as a special case. The rest calls are made
50                                // outside of the users browser session, so it should always contain a session token.
51                                // Moreover, it should never redirect the user, but instead send a 403 error
52                                if( controllerName == 'rest' ) {
53                                        if (!params.sessionToken && !session.sessionToken ){
54                                                response.setStatus( HttpServletResponse.SC_BAD_REQUEST, "No sessiontoken given" );
55                                                render "No sessiontoken given"
56                                                return false
57                                        }
58                                       
59                                        if( params.sessionToken ) 
60                                                session.sessionToken = params.sessionToken
61                                               
62                                        try {
63                                                def user = gscfService.getUser( session.sessionToken );
64                                               
65                                                if( user ) {
66                                                        session.user = User.findByIdentifierAndUsername( user.id, user.username );
67                                                        if( !session.user) {
68                                                                session.user = new User( identifier: user.id, username: user.username, isAdministrator: user.isAdministrator ).save( flush: true );
69                                                        } else if( session.user.isAdministrator != user.isAdministrator ) {     // If administrator status has changed, update the user
70                                                                session.user.isAdministrator = user.isAdministrator;
71                                                                session.user.save();
72                                                        }
73                                                } else {
74                                                        response.setStatus( HttpServletResponse.SC_UNAUTHORIZED, "No user logged in" );
75                                                        render "No user logged in"
76                                                        return false;
77                                                }
78                                        } catch( Exception e ) {
79                                                log.error( "Unable to fetch user from GSCF", e );
80                                                response.setStatus( HttpServletResponse.SC_BAD_REQUEST, "Unable to fetch user from GSCF" );
81                                                render "Unable to fetch user from GSCF"
82                                                return false;
83                                        } 
84                                       
85                                        return true;
86                                }
87                                                               
88                                // enable to inject a session from the outside...
89                                if (params.sessionToken){
90                                        log.info("Setting SessionToken from params.sessionToken to ${params.sessionToken}")
91                                        session.sessionToken = params.sessionToken
92                                       
93                                        log.info("Redirecting to GSCF to login for session from params.sessionToken")
94                                        redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
95                                        return false
96                                }
97                               
98                                // If a user is already logged in, let him continue
99                                if( session.user && session.user != null ) {
100                                        // If we don't refresh the user object, an old hibernate session could still be attached to the object
101                                        // raising errors later on (Lazy loading errors)
102                                        try {
103                                                session.user.refresh();
104                                                return true;
105                                        } catch( Exception ex ) {
106                                                // If an exception occurs, the user is not correctly refreshed. Send the user back to gscf
107                                                session.user = null;
108                                                log.info( "User refresh failed" );
109                                        }
110                                }
111                               
112                                // on all pages of the Metagenomics module a user should be present in the session
113                                if (session.sessionToken) {
114                                        log.info("SessionToken found, ask GSCF for User information")
115
116                                        // try to identify the user with the sessionToken, since the user has logged in before                                                                 
117                                        try {
118                                                // First check if the user is authenticated. If he isn't, he should provide credentials at GSCF
119                                                def authentication = JSON.parse("${ConfigurationHolder.config.gscf.baseURL}/rest/isUser?consumer=${ConfigurationHolder.config.massSequencing.consumerID}&token=${session.sessionToken}".toURL().text)
120                                               
121                                                if( !authentication.authenticated ) {
122                                                        log.info "Not authenticated: " + authentication.authenticated
123                                                        redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
124                                                        return false
125                                                }
126                                               
127                                                // Now find the user data
128                                                def user = gscfService.getUser( session.sessionToken );
129                                               
130                                                if( !user ) {
131                                                        throw new Exception( "User should be authenticated with GSCF, according to the isUser call, but is not when asked for details." );
132                                                }
133
134                                                // Locate user in database or create a new user
135                                                session.user = User.findByIdentifierAndUsername(user.id, user.username)
136                                                if (!session.user){ // when not found, create a new user
137                                                        session.user = new User(identifier: user.id, username: user.username, isAdministrator: user.isAdministrator).save(flush: true)
138                                                } else if( session.user.isAdministrator != user.isAdministrator ) {     // If administrator status has changed, update the user
139                                                        session.user.isAdministrator = user.isAdministrator;
140                                                        session.user.save();
141                                                }
142                                               
143                                                return true;
144                                        } catch(Exception e) {
145                                                log.error("Unable to fetch user from GSCF", e)
146                                                throw new Exception( "GSCF instance at " + ConfigurationHolder.config.gscf.baseURL + " could not be reached. Please check configuration.", e )
147                                        }
148                                } else {
149                                        session.sessionToken = "${UUID.randomUUID()}"
150                                        log.info("SessionToken created, redirecting to GSCF to let the user login! (SessionToken: ${session.sessionToken})")
151
152                                        redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
153                                        return false
154                                }
155                        }
156                }
157                restSynchronization(controller:'rest', action:'*') {
158                        before = {
159                                // Synchronize studies normally, but never issue a redirect
160                                synchronizationService.sessionToken = session.sessionToken
161                                synchronizationService.user = session.user
162               
163                                try {
164                                        synchronizationService.synchronizeStudies()
165                                } catch( NotAuthenticatedException e ) {
166                                        // Something went wrong in authentication. Redirect the user to GSCF to authenticate again
167                                        log.info "User is not authenticated during synchronizatino. Returning 401 status"
168                                        response.setStatus( Response.SC_UNAUTHORIZED, "User is not authorized" )
169                                        return false;
170                                } catch( Exception e ) {
171                                        // Synchronization fails. Log error and continue; don't bother the user with it
172                                        log.error e.getMessage()
173                                }
174                                return true;
175                        }
176                }
177                synchronization(controller:'*', action:'*') {
178                        before = {
179                                // Never perform full synchronization on rest call or when the synchronize controller is used
180                                if( controllerName == "rest" || controllerName == "synchronize" || controllerName == "dbUtil" ) {
181                                        return true;
182                                }
183                               
184                                // Also never perform synchronization when files are uploaded. That could lead to concurrent modification
185                                // errors, since the progress of the upload is retrieved many times, while the processing is still busy
186                                if( controllerName == "fasta" ) {
187                                        return true;
188                                }
189
190                                // Never perform synchronization on a POST request
191                                if( request.method == "POST" )
192                                        return true;
193                                       
194                                if( !synchronizationService.performSynchronization() )
195                                        return true;
196                                       
197                                if( synchronizationService.timeForFullSynchronization() ) {
198                                        redirect( url: synchronizationService.urlForFullSynchronization( params ) );
199                                        return false
200                                } else {
201                                        // Synchronize studies normally
202                                        synchronizationService.sessionToken = session.sessionToken
203                                        synchronizationService.user = session.user
204                       
205                                        try {
206                                                synchronizationService.synchronizeStudies()
207                                        } catch( NotAuthenticatedException e ) {
208                                                // Something went wrong in authentication. Redirect the user to GSCF to authenticate again
209                                                log.info "User is not authenticated during synchronizatino. Redirecting to GSCF."
210                                                redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
211                                                return false;
212                                        } catch( Exception e ) {
213                                                // Synchronization fails. Log error and continue; don't bother the user with it
214                                                e.printStackTrace()
215                                                log.error e.getMessage()
216                                        }
217                                }
218                               
219                                return true
220
221                        }
222                }
223               
224                defineStyle(controller: '*', action: '*') {
225                        // before every execution
226                        before = {
227                                // set the default style in the session
228                                if (!session.style) {
229                                        session.style = 'metagenomics'
230                                }
231
232                                // set session lifetime to 1 week
233                                session.setMaxInactiveInterval(604800)
234                        }
235                }
236        }
237
238}
239
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.