source: trunk/grails-app/conf/BaseFilters.groovy @ 36

Last change on this file since 36 was 36, checked in by robert@…, 9 years ago

Renamed Metagenomics module to MassSequencing? module

File size: 7.9 KB
Line 
1/**
2 * Base Filters
3 * @Author Jeroen Wesbeek
4 * @Since 20091026
5 * @see main.gsp
6 * @see http://grails.org/Filters
7 * @Description
8 *
9 * These filters contain generic logic for -every- page request.
10 *
11 * Revision information:
12 * $Rev: 776 $
13 * $Author: duh $
14 * $Date: 2010-08-05 12:15:26 +0200 (Thu, 05 Aug 2010) $
15 */
16import grails.converters.*
17import javax.servlet.http.HttpServletResponse
18
19import org.apache.catalina.connector.Response;
20import org.codehaus.groovy.grails.commons.ConfigurationHolder
21
22import nl.tno.massSequencing.auth.User;
23import nl.tno.massSequencing.integration.*;
24 
25class BaseFilters {
26        def gscfService
27        def synchronizationService
28       
29        // define filters
30        def filters = {
31               
32                userCheck(controller:'*', action:'*') {
33                        before = {
34                                if( actionName == "notifyStudyChange" ) {
35                                        return true;
36                                }
37                               
38                                // File uploads don't occur in a session, since the flash script can't
39                                // continue the session. For that reason, all uploads are allowed.
40                                if( actionName == "upload" && controllerName == "file" ) {
41                                        return true;
42                                }
43                               
44                                if( !ConfigurationHolder.config.gscf.baseURL ) {
45                                        throw new Exception( "No GSCF instance specified. Please check configuration." )
46                                        return false
47                                }
48                               
49                                // We are handling the Rest controller as a special case. The rest calls are made
50                                // outside of the users browser session, so it should always contain a session token.
51                                // Moreover, it should never redirect the user, but instead send a 403 error
52                                if( controllerName == 'rest' ) {
53                                        if (!params.sessionToken && !session.sessionToken ){
54                                                response.setStatus( HttpServletResponse.SC_BAD_REQUEST, "No sessiontoken given" );
55                                                render "No sessiontoken given"
56                                                return false
57                                        }
58                                       
59                                        if( params.sessionToken ) 
60                                                session.sessionToken = params.sessionToken
61                                               
62                                        try {
63                                                def user = gscfService.getUser( session.sessionToken );
64                                               
65                                                if( user ) {
66                                                        session.user = User.findByIdentifierAndUsername( user.id, user.username );
67                                                        if( !session.user) {
68                                                                session.user = new User( identifier: user.id, username: user.username ).save( flush: true );
69                                                        }
70                                                } else {
71                                                        response.setStatus( HttpServletResponse.SC_UNAUTHORIZED, "No user logged in" );
72                                                        render "No user logged in"
73                                                        return false;
74                                                }
75                                        } catch( Exception e ) {
76                                                log.error( "Unable to fetch user from GSCF", e );
77                                                response.setStatus( HttpServletResponse.SC_BAD_REQUEST, "Unable to fetch user from GSCF" );
78                                                render "Unable to fetch user from GSCF"
79                                                return false;
80                                        } 
81                                       
82                                        return true;
83                                }
84                                                               
85                                // enable to inject a session from the outside...
86                                if (params.sessionToken){
87                                        log.info("Setting SessionToken from params.sessionToken to ${params.sessionToken}")
88                                        session.sessionToken = params.sessionToken
89                                       
90                                        log.info("Redirecting to GSCF to login for session from params.sessionToken")
91                                        redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
92                                        return false
93                                }
94                               
95                                // If a user is already logged in, let him continue
96                                if( session.user && session.user != null ) {
97                                        // If we don't refresh the user object, an old hibernate session could still be attached to the object
98                                        // raising errors later on (Lazy loading errors)
99                                        try {
100                                                session.user.refresh();
101                                                return true;
102                                        } catch( Exception ex ) {
103                                                // If an exception occurs, the user is not correctly refreshed. Send the user back to gscf
104                                                session.user = null;
105                                                log.info( "User refresh failed" );
106                                        }
107                                }
108                               
109                                // on all pages of the Metagenomics module a user should be present in the session
110                                if (session.sessionToken) {
111                                        log.info("SessionToken found, ask GSCF for User information")
112
113                                        // try to identify the user with the sessionToken, since the user has logged in before                                                                 
114                                        try {
115                                                def user = [:]
116                                               
117                                                // First check if the user is authenticated. If he isn't, he should provide credentials at GSCF
118                                                def authentication = JSON.parse("${ConfigurationHolder.config.gscf.baseURL}/rest/isUser?consumer=${ConfigurationHolder.config.massSequencing.consumerID}&token=${session.sessionToken}".toURL().text)
119                                               
120                                                if( !authentication.authenticated ) {
121                                                        log.info "Not authenticated: " + authentication.authenticated
122                                                        redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
123                                                        return false
124                                                }
125                                               
126                                                // Now find the user data
127                                                JSON.parse("${ConfigurationHolder.config.gscf.baseURL}/rest/getUser?consumer=${ConfigurationHolder.config.massSequencing.consumerID}&token=${session.sessionToken}".toURL().text).each { userProperty ->
128                                                        user["${userProperty.key}"] = "${userProperty.value}"
129                                                }
130                                               
131                                                // Locate user in database or create a new user
132                                                session.user = User.findByIdentifierAndUsername(user.id, user.username)
133                                                if (!session.user){ // when not found, create a new user
134                                                        session.user = new User(identifier: user.id, username: user.username).save(flush: true)
135                                                }
136                                               
137                                                return true;
138                                        } catch(Exception e) {
139                                                log.error("Unable to fetch user from GSCF", e)
140                                                throw new Exception( "GSCF instance at " + ConfigurationHolder.config.gscf.baseURL + " could not be reached. Please check configuration.", e )
141                                        }
142                                } else {
143                                        session.sessionToken = "${UUID.randomUUID()}"
144                                        log.info("SessionToken created, redirecting to GSCF to let the user login! (SessionToken: ${session.sessionToken}")
145
146                                        redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
147                                        return false
148                                }
149                        }
150                }
151                restSynchronization(controller:'rest', action:'*') {
152                        before = {
153                                // Synchronize studies normally, but never issue a redirect
154                                synchronizationService.sessionToken = session.sessionToken
155                                synchronizationService.user = session.user
156               
157                                try {
158                                        synchronizationService.synchronizeStudies()
159                                } catch( NotAuthenticatedException e ) {
160                                        // Something went wrong in authentication. Redirect the user to GSCF to authenticate again
161                                        log.info "User is not authenticated during synchronizatino. Returning 401 status"
162                                        response.setStatus( Response.SC_UNAUTHORIZED, "User is not authorized" )
163                                        return false;
164                                } catch( Exception e ) {
165                                        // Synchronization fails. Log error and continue; don't bother the user with it
166                                        log.error e.getMessage()
167                                }
168                                return true;
169                        }
170                }
171                synchronization(controller:'*', action:'*') {
172                        before = {
173                                // Never perform full synchronization on rest call or when the synchronize controller is used
174                                if( controllerName == "rest" || controllerName == "synchronize" || controllerName == "dbUtil" ) {
175                                        return true;
176                                }
177
178                                // Never perform synchronization on a POST request
179                                if( request.method == "POST" )
180                                        return true;
181                                       
182                                if( synchronizationService.timeForFullSynchronization() ) {
183                                        redirect( url: synchronizationService.urlForFullSynchronization( params ) );
184                                        return false
185                                } else {
186                                        // Synchronize studies normally
187                                        synchronizationService.sessionToken = session.sessionToken
188                                        synchronizationService.user = session.user
189                       
190                                        try {
191                                                synchronizationService.synchronizeStudies()
192                                        } catch( NotAuthenticatedException e ) {
193                                                // Something went wrong in authentication. Redirect the user to GSCF to authenticate again
194                                                log.info "User is not authenticated during synchronizatino. Redirecting to GSCF."
195                                                redirect( url: gscfService.urlAuthRemote(params, session.sessionToken) )
196                                                return false;
197                                        } catch( Exception e ) {
198                                                // Synchronization fails. Log error and continue; don't bother the user with it
199                                                e.printStackTrace()
200                                                log.error e.getMessage()
201                                        }
202                                }
203                               
204                                return true
205
206                        }
207                }
208               
209                defineStyle(controller: '*', action: '*') {
210                        // before every execution
211                        before = {
212                                // set the default style in the session
213                                if (!session.style) {
214                                        session.style = 'metagenomics'
215                                }
216
217                                // set session lifetime to 1 week
218                                session.setMaxInactiveInterval(604800)
219                        }
220                }
221        }
222
223}
224
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.