source: warp2d/index.php

Last change on this file was 2, checked in by ishtiaq.ahmad@…, 9 years ago

adding warp2d service first time

  • Property svn:executable set to *
File size: 42.1 KB
Line 
1<?php
2$dojoVersion ='1.4.3';
3session_start();
4if(!isset ($_SESSION[ 'email' ])) {
5        header('Location:../../warp2d.html');
6        exit;
7}
8?>
9<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3c.org/TR/1999/REC-html401-19991224/loose.dtd">
10<HTML xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
11<HEAD>
12<TITLE>Time Alignment Demo - Warp2d</TITLE>
13<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"/>
14<LINK href="images/lh.css" type=text/css rel=stylesheet />
15<link href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dijit/themes/dijit.css" rel="stylesheet" />
16<link href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dijit/themes/nihilo/nihilo.css" rel="stylesheet" />
17<link href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dijit/themes/nihilo/form/Button.css" rel="stylesheet" />
18<link href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dijit/themes/nihilo/ProgressBar.css" rel="stylesheet" />
19<link href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dojox/form/resources/FileUploader.css" rel="stylesheet" />
20<link rel="stylesheet" href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dojox/grid/resources/Grid.css" />
21<link rel="stylesheet" href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dojox/grid/resources/nihiloGrid.css" />
22<link rel="stylesheet" href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dojox/image/resources/Lightbox.css" />
23<link rel="stylesheet" href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dojox/layout/resources/FloatingPane.css" />
24<link rel="stylesheet" href="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dojox/layout/resources/ResizeHandle.css" />
25<style type="text/css">
26.container {
27        border: 5px solid #e9defa;
28        padding: 5px 5px;
29        margin: 5px 5px;
30        cursor: default;
31        radius:8pt;
32        -moz-border-radius:8pt 8pt;
33        overflow-x:auto;
34        overflow-y:auto;
35        width:auto;
36        min-width:87px;
37        height:115px;
38        max-height:133px;
39        display: block;
40        background-color:white;
41        background-size: 75% 100%;
42        background-origin: border;
43        background-position: center;
44        background-repeat: no-repeat;
45/*
46        background-image: url('images/fileExplorer_icons/bag.png');
47*/
48}
49
50.dojoDndItemOver {
51        background: #99c;
52        cursor: pointer;
53}
54.dojoDndItemSelected {
55        background: #ccf;
56}
57.dojoDndItemAnchor {
58        background: #ccf;
59}
60.dojoDndItemSelected .dojoDndItemOver {
61        background: #99c;
62}
63.dojoDndItemAnchor .dojoDndItemOver {
64        background: #99c;
65}
66
67.bagBox {
68        border: 1px solid #99c;
69        padding:0.5em 0.5em;
70        cursor: default;
71        radius: 5pt;
72        background-color: #fff;
73        -moz-border-radius: 5pt 5pt;
74        overflow-x:hidden;
75        overflow-y:auto;
76        width:auto;
77        min-width:87px;
78        height:95px;
79        max-height:125px;
80        float:right;
81        margin:3px;
82        display: block;
83}
84
85.RecycleContainer {
86        border: 1px solid #99c;
87        padding:0.5em 0.5em;
88        cursor: default;
89        radius: 5pt;
90        background: url('images/fileExplorer_icons/basket_bo_full.png') no-repeat;
91        background-color: #fff;
92        -moz-border-radius: 5pt 5pt;
93        overflow-x:hidden;
94        overflow-y:auto;
95        width:auto;
96        min-width:90px;
97        height:110px;
98        max-height:123px;
99        display: block;
100}
101        .uploadBtn{
102            border:1px solid #333333;
103            font-size:14px;
104            font-family:Arial;
105            width:auto;
106            height:auto;                                                           
107                        vertical-align:middle;
108                        text-align:center;                     
109        }
110                .uploadHover{
111            color:#243C5F;
112                        background:#fcfcfc url("dojo-1.3.1/dijit/themes/nihilo/images/buttonHover.png") repeat-x top left;
113        }
114        .uploadPress{
115            background-image:url("dojo-1.3.1/dijit/themes/nihilo/images/buttonActive.png");
116        }
117                .uploadDisabled{
118                        background-image:none;
119                        background-color:#666;
120                        color:#999;
121                        border:1px solid #999;
122                        font-family:serif;
123                        font-style:italic;
124                }
125                .progBar{
126                        width:294px;
127                        display:none;
128                }
129                .form{
130                        width:auto;
131                        border:1px solid #ccc;
132                        margin:5px;
133                        padding:3px;
134                        position:relative;
135                        float:left;
136                }
137                #fFiles, #hFiles{
138                        width:200px;
139                        height:75px;
140                        overflow-x:hidden;
141                        overflow-y:auto;
142                        border:1px solid #ccc;
143                }
144                .form .field{
145                        width:250px;
146                }
147                .tbl{
148                        width:100%;
149                }
150                .tbl td{
151                        width:auto;
152                        vertical-align:top;
153                }
154                .form label{
155                        position:absolute;
156                        width:80px;
157                        text-align:right;
158                        left:0px;
159                }
160                .form .field {
161                        margin-left:85px;
162                        margin-right:15px;
163                        margin-bottom:5px;
164                        margin-top:5px;                 
165                 }
166                .form .btn{
167                        margin-left:85px;
168                        margin-bottom:5px;
169                        margin-top:5px;
170                }       
171.G2 {
172-moz-border-bottom-colors:#E2E2E2 #BCBCBC;
173-moz-border-left-colors:#EFEFEF #BCBCBC;
174-moz-border-radius:7px 7px 7px 7px;
175-moz-border-right-colors:#EFEFEF #BCBCBC;
176background-color:#FFFFFF;
177border-color:#BCBCBC;
178border-right:2px solid #BCBCBC;
179border-style:solid;
180border-width:1px 2px 2px;
181padding-top:3px;
182}       
183</style>
184<!--
185<script src="http://www.google.com/jsapi" type= "text/javascript"></script>
186-->
187<script type="text/javascript" djConfig="locale:'en', parseOnLoad:true, usePlainJson: true, useCommentedJson:true, isDebug: true, popup:true, uploaderPath:'uploader.swf', dojoBlankHtmlUrl:'blank.html'" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/dojo/<?php print($dojoVersion); ?>/dojo/dojo.xd.js"></script>
188<script src="warp2d.js" type= "text/javascript"></script>
189<script type="text/javascript">
190        //google.load("dojo", "<?php print($dojoVersion); ?>");
191    function loader() {
192                dojo.require("dijit.form.FilteringSelect");
193                dojo.require("dijit.InlineEditBox");
194                dojo.require("dijit.form.NumberSpinner");
195                dojo.require("dijit.form.NumberTextBox");
196                dojo.require("dijit.form.TextBox");
197                dojo.require("dijit.form.CheckBox");
198                dojo.require("dijit.form.Textarea");
199                dojo.require("dijit.layout.BorderContainer");
200                dojo.require("dijit.layout.ContentPane");
201                dojo.require("dijit.layout.TabContainer");
202                dojo.require("dojox.layout.FloatingPane");
203                dojo.require("dijit.TitlePane");
204                dojo.require("dijit.layout.AccordionContainer");
205                dojo.require("dijit.Tooltip");
206                dojo.require("dijit.form.Button");
207                dojo.require("dijit.Dialog");
208                dojo.require("dojox.grid.DataGrid");
209                dojo.require("dojo.data.ItemFileWriteStore");
210                dojo.require("dojox.data.XmlStore");
211                dojo.require("dijit.Menu");
212                dojo.require("dijit.MenuItem");
213                dojo.require("dojo.io.iframe");
214                dojo.require("dijit.Tree");
215                dojo.require("dojox.data.FileStore");
216                dojo.require("dojo.dnd.Source");
217                dojo.require("dojox.form.FileUploader");
218                dojo.require("dijit.ProgressBar");             
219                dojo.require("dojox.html.styles");
220                dojo.require("dojox.image.Lightbox");
221                dojo.require("dojox.encoding.base64");
222        dojo.addOnLoad(callback);
223    }
224/*
225        google.setOnLoadCallback(function() {
226            dojo.config.parseOnLoad = true;
227            dojo.config.useCommentedJson=true;
228            dojo.config.isDebug = true;
229            dojo.config.debugAtAllCosts=true;
230            //dojo.config.baseUrl = "./";
231            dojo.config.uploaderPath = "./uploader.swf";
232            dojo.config.dojoBlankHtmlUrl = '/blank.html';       
233            var evtCopyKey = dojo.isMac ? "metaKey" : "ctrlKey";       
234            dojo.isCopyKey = function(e){
235                // summary: Checks an event for the copy key (meta on Mac, and ctrl anywhere else)
236                return e[evtCopyKey];   // Boolean
237            };   
238            dojo.addOnLoad(loader);
239/*
240                (function() {
241                    var ga = document.createElement('script'); ga.type = 'text/javascript'; ga.async = true;
242                    ga.src = 'warp2d.js';
243                   var s = document.getElementsByTagName('script')[3];
244                        s.parentNode.insertBefore(ga, s);
245                  })();
246*/
247                //callback();
248        /* }); */
249
250           var evtCopyKey = dojo.isMac ? "metaKey" : "ctrlKey";
251            dojo.isCopyKey = function(e){
252                // summary: Checks an event for the copy key (meta on Mac, and ctrl anywhere else)
253                return e[evtCopyKey];   // Boolean
254            };   
255            dojo.addOnLoad(loader);
256</script>
257</HEAD>
258<BODY  class="nihilo">
259<TABLE width="100%" border="0" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0">
260  <TBODY>
261  <TR align="center">
262    <TD align="right">&nbsp;</TD>
263    <TD width="781"><table width="100%"  border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
264      <tr>
265        <td><img alt="Netherlands Bioinformatics for Proteomics Platform (NBPP)" src="/logo.png" border="0" onClick="javascript:confirmLogout();" ></td>
266      </tr>
267    </table></TD>
268    <TD align="right">&nbsp;</TD>
269  </TR> 
270</TBODY></TABLE>
271
272
273<DIV class=lhcl_body>
274<TABLE width="795" height="" align="center">
275  <TBODY>
276  <TR>
277    <TD id=lhid_leftbox>
278      <DIV id=lhid_emptyhome>
279      <TABLE width="100%">
280        <TBODY>
281        <TR>
282          <TD><DIV id=lhid_usepicasa>
283                    <DIV id=lhid_usepicasa>
284                        <span style="float:right;"><A class="lhcl_SignOutbtn lhcl_cbtn_red" href="javascript:signOut();">Sign out</A></span>
285                        <h1 style="TEXT-ALIGN:center;">Welcome <font class="lhcl_upload_step2"><?php print "".$_SESSION['name'];?>!</font></h1>
286                        <div id=lhid_rightbox >
287                        <h4><font class="lhcl_newfeatures">Important Note:</font></h4>
288                        </div>
289                <div id=lhid_leftbox class="lhcl_leftbox">Due to limited disk space, please download all your result files within 48 hours.</div>
290                <div id=lhid_leftbox class="lhcl_settings lhcl_title"><span id="diskUsageMsg"></span>
291                </div>
292                 <div id="TPdiskUsage" dojoType="dijit.TitlePane" title="usage detail " open="false">                   
293                 </div>         
294              <DIV id=lhid_steps>
295                <TABLE align="center" width="97%">
296                    <TR>
297                      <TD colspan="5">
298<div style="position: relative; width: 100%; height: 600px; overflow:hidden; margin-top: 5px; margin-left: 5px; margin-right: 5px; margin-bottom:5px; border:1px solid #f8d582;">
299<div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" class="lhcl_upload_step2" gutters="true" id="borderContainerTwo" liveSplitters="true" style="width: 100%;height:100%;" > 
300    <div dojoType="dijit.layout.TabContainer" controllerWidget="dijit.layout.TabController" id="MainTab" tabPosition="left-h" minSize="20" id="leftTabsCont" region="center" splitter="true">
301
302        <div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" title="User Home" id="UserHomeTab" selected="true" style="width: 100%;height: 100%;" >
303                <div dojoType="dijit.layout.TabContainer" controllerWidget="dijit.layout.TabController" region="center" tabStrip="true">
304                      <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Desktop" id="desktop" style="width: 100%; height: 100%;" selected="true">
305<!-- desktop -->
306<div dojoType="dojox.data.XmlStore" url="../Data.php?cmd=getJobsList" rootId="job" jsId="jobsStore" clearOnClose="true" urlPreventCache="true"></div>
307
308<div id="desktopGrid" jsId="desktopGrid"
309  dojoType="dojox.grid.DataGrid"
310  store="jobsStore"
311  structure="layoutJobs"
312  clientSort="true"
313  query="{id: '*'}"
314  queryOptions="{ignoreCase: true,deep:true}"
315  style="width:100%; height: 100%;"
316  rowsPerPage="20">
317    <script type="dojo/method" event="onStyleRow" args="row">
318        var i = row;
319        row.customClasses += (i.selected?" dojoxGridRowSelected":"") + (i.over?" dojoxGridRowOver":"");
320        this.focus.styleRow(row);
321        this.edit.styleRow(row);
322        var item = this.getItem(row.index);
323         if(item){
324            var type = jobsStore.getValue(item,"status");
325            if(type == "error"){
326                row.customStyles += "color:red;";
327            }else if(type == "running"){
328                row.customStyles += "color:#bbbd10;";
329            }else if(type == "cancelled"){
330                row.customStyles += "color:#d5391d;";
331            }
332         }
333    </script>
334    <script type="dojo/method" event="onRowContextMenu" args="event">
335        onGridMenu(event,this);
336    </script>
337</div>
338
339<div dojoType="dijit.Menu" jsid="gridMenu" id="gridMenu" style="display: none;">
340        <script type="dojo/method" event="onClose" args="event">
341        var mnu = dijit.byId('gridMenu');
342          var nodes = mnu.getChildren();
343          dojo.forEach(nodes, function(node){                               
344            mnu.removeChild(node);
345          });
346        mnu.unBindDomNode(desktopGrid);
347
348        </script>
349</div>
350
351<!-- end desktop -->
352
353                      </div>
354                      <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Submission">
355                        <!-- BorderContainer -->
356
357                                <div style="position: relative; overflow:auto; margin-top: 5px; margin-left: 5px; margin-right: 5px; margin-bottom:5px; border:1px solid #f8d582;">
358
359                                <div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" gutters="true" id="main" style="width:99%; height:500px; margin-left: 5px; margin-right: 5px; margin-top: 5px; margin-bottom:10px;">
360                                  <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" layoutAlign="top" region="top" splitter="false" style="overflow:hidden; margin-top: 5px; margin-bottom: 10px; TEXT-ALIGN:center;">
361                                        <span class="lhcl_newfeatures">Please select reference and sample peak list bags.</span><br>
362                                        <span>Adjust the time alignment parameters then submit the job.</span>
363                                  </div>
364
365                                  <div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" liveSplitters="true" splitter="true" region="center" id="mainSplit">
366                                        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" region="center" splitter="true">
367                                                <div id="jobSub">
368                                                        <div id="refBag" style="display: block;">
369                                                            <div id="refBagsLs" style="float:left; margin:3px;">
370                                                                <label for="refPeakListBag" style="FONT-SIZE:0.8em;COLOR:black;">Reference peaklist bag: </label>
371                                                                <input dojoType="dijit.form.FilteringSelect" store="bagsStore1"
372                                                                        searchAttr="bagName"
373                                                                        style="width:130px;"
374                                                                        name="refPeakListBag"
375                                                                        ignoreCase="true"
376                                                                        id="refPeakListBag">
377                                                             </div>
378                                                                 <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="refPeakListBag" position="above">
379                                                                        List of Peaklist files to be used as <b>Reference peak list</b>
380                                                                </div>
381                                                             <div id="refBagBox" style="margin:3px;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;
382                                                                          <a href="javascript:bagDialog((dijit.byId('refPeakListBag').item || {bagName: ''}))" style="FONT-SIZE:0.8em;">view/edit</a>
383                                                              </div>
384                                                        </div>
385                                                        <div id="sampBag" style="float:left;display: block;">
386                                                                <div id="sampBagsLs" style="float:left;margin:3px;">
387                                                                <label for="sampPeakListBag" style="FONT-SIZE:0.8em;COLOR:black;">Sample peaklist bag:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </label>
388                                                                    <input dojoType="dijit.form.FilteringSelect" store="bagsStore1"
389                                                                        searchAttr="bagName"
390                                                                        style="width:130px;"
391                                                                        name="sampPeakListBag"
392                                                                        ignoreCase="true"
393                                                                        onChange="creatOutputName()"
394                                                                        id="sampPeakListBag">
395                                                                </div>
396                                                                <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="sampPeakListBag" position="above">
397                                                                        List of Peaklist files to be used as <b>Sample peak list</b>
398                                                                </div>
399                                                                <div id="sampBagBox" style="margin:3px;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;
400                                                                          <a href="javascript:bagDialog((dijit.byId('sampPeakListBag').item || {bagName: ''}))" style="FONT-SIZE:0.8em;">view/edit</a>
401                                                                </div>
402                                                        </div>
403                                                        <div id="output" style="width:400px;float:left;display:block;">
404                                                                <div id="outputL" style="float:left;margin:3px;">
405                                                                <label for="outputFname" style="FONT-SIZE:0.8em;COLOR:black;">Job title: </label>
406                                                                </div>
407                                                                <div id="outputF" style="float:left;margin:3px;">
408                                                                  <span id="outputFname" jsId="outputFname" width="150px" class="lhcl_newfeatures"
409                                                                        style="FONT-SIZE:0.8em;"
410                                                                        dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
411                                                                        editor="dijit.form.ValidationTextBox"
412                                                                        editorParams="{regExp:'[\\w]+', required:true,invalidMessage:'Invalid output files name pattren.',promptMessage:'Please provide a Non-Space Text pattren<br> for the output files.'}"
413                                                                        required= "true">
414                                                                  </span>
415                                                                </div>
416                                                                <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="outputFname" position="above">
417                                                                        Title/Name to be used for this job
418                                                                </div>
419                                                        </div>
420                                                        <div id="jobParam" style="float:left;display:block;">
421<div style="float:left;margin:3px;">
422<table style="vertical-align:middle;FONT-SIZE:0.8em;COLOR:black;" align="left" cellspacing="0" cellpadding="0">
423                                        <tr>
424                                        <td>mzwidth:</td>
425                                        <td><span id="mzwidth" jsId="mzwidth" width="70px" dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
426                                                                                onChange="paramHandler(this.id,arguments[0])"
427                                                                                editor="dijit.form.NumberSpinner"
428                                                                                value="0.2"
429                                                                                editorParams="{smallDelta:0.01, constraints:{min:0,max:100}}"
430                                                                                constraints="{fractional:true,min:0,max:100,places:3}"
431                                                                                promptMessage= "Enter a value between 0 and 100"
432                                                                                required= "true"
433                                                                                invalidMessage= "Invalid Parameter.">
434                                                                </span>&nbsp;<span style="text-decoration: underline;">&nbsp;<span style="font-size: 20px;">✍</span>&nbsp;</span>&nbsp;&nbsp;<span class="lhcl_newfeatures"> Click on value to edit it it</span>
435                                                                <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="mzwidth" position="above">
436                                                                     MZ width to be used, specify in dalton; <b>Unit:(unified atomic mass unit)</b>
437                                                                </div>
438                                        </td>
439                                        </tr>
440                                        <tr>
441                                        <td>rtwidth:</td>
442                                        <td><span id="rtwidth" jsId="rtwidth" width="70px" dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
443                                                                                onChange="paramHandler(this.id,arguments[0])"
444                                                                                editor="dijit.form.NumberSpinner"
445                                                                                editorParams="{smallDelta:0.01, constraints:{min:0,max:100}}"
446                                                                                value="0.2"
447                                                                                constraints="{fractional:true,min:0.0,max:100,places:3}"
448                                                                                promptMessage= "Enter a value between 0 and 100"
449                                                                                required= "true"
450                                                                                invalidMessage= "Invalid Parameter.">
451                                                                </span>
452                                                                <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="rtwidth" position="above">
453                                                                     Retention Time(RT) width in minutes to be used, <b>Unit:Minutes</b>
454                                                                </div>
455
456                                        </td>
457                                        </tr>
458                                        <tr>
459                                        <td>Window size:</td>
460                                        <td><span id="winSize" jsId="winSize" width="80px" dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
461                                                                                onChange="paramHandler(this.id,arguments[0])"
462                                                                                editor="dijit.form.NumberSpinner"
463                                                                                value="50"
464                                                                                editorParams="{constraints:{fractional:false,min:0,max:500}}"
465                                                                                constraints="{fractional:false,min:0,max:500}"
466                                                                                promptMessage= "Enter a value between 0 and 500"
467                                                                                required= "true"
468                                                                                invalidMessage= "Invalid Parameter.">
469                                                                </span>
470                                                               <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="winSize" position="above">
471                                                                     Window Size to be used for time alignment
472                                                                </div>
473
474                                        </td>
475                                        </tr>
476                                        <tr>
477                                        <td>Slack:</td>
478                                        <td><span id="slack" jsId="slack" width="80px" dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
479                                                                                onChange="paramHandler(this.id,arguments[0])"
480                                                                                editor="dijit.form.NumberSpinner"
481                                                                                editorParams="{constraints:{min:0,max:200}}"
482                                                                                value="10"
483                                                                                constraints="{fractional:false,min:0,max:200}"
484                                                                                promptMessage= "Enter a value between 0 and 200"
485                                                                                required= "true"
486                                                                                invalidMessage= "Invalid Parameter.">
487                                                                </span>
488                                                             <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="slack" position="above">
489                                                                     Slack to be used for time alignment
490                                                              </div>
491                                        </td>
492                                        </tr>
493                                        <tr>
494                                        <td>Max peaks/segment:</td>
495                                        <td><span id="maxPeaksSegment" jsId="b_maxPeaksSegment" width="80px" dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
496                                                                                onChange="paramHandler(this.id,arguments[0])"
497                                                                                editor="dijit.form.NumberSpinner"
498                                                                                editorParams="{smallDelta:10, constraints:{min:0,max:1000,pattern:'####'}}"
499                                                                                value="50"
500                                                                                constraints="{fractional:false,max:1000,pattern:'####'}"
501                                                                                promptMessage= "Enter a value between 0 and 1000"
502                                                                                required= "true"
503                                                                                invalidMessage= "Invalid Parameter.">
504                                                                </span>
505                                                                <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="maxPeaksSegment" position="above">
506                                                                     Max. no of peaks per segment to be used for time alignment
507                                                                </div>
508                                        </td>
509                                        </tr>
510                                        <tr>
511                                        <td>No. of time points:</td>
512                                        <td><span id="timePoints" jsId="timePoints" width="80px" dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
513                                                                                onChange="paramHandler(this.id,arguments[0])"
514                                                                                editor="dijit.form.NumberSpinner"
515                                                                                editorParams="{smallDelta:100, constraints:{min:0,max:300000, pattern:'######'}}"
516                                                                                value="2000"
517                                                                                constraints="{fractional:false,min:0,max:300000, pattern:'######'}"
518                                                                                promptMessage= "Enter a value between 0 and 300000"
519                                                                                required= "true"
520                                                                                invalidMessage= "Invalid Parameter.">
521                                                                </span>
522                                                                <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="timePoints" position="above">
523                                                                     Number of Time Points be used
524                                                                </div>
525                                        </td>
526                                        </tr>
527                                        <tr>
528                                        <td>Const. time shift:</td>
529                                        <td><span id="timeShift" jsId="timeShift" width="80px" dojoType="dijit.InlineEditBox" autoSave="true"
530                                                                                onChange="paramHandler(this.id,arguments[0])"
531                                                                                editor="dijit.form.NumberSpinner"
532                                                                                editorParams="{smallDelta:5, constraints:{fractional:false,min:-200,max:200}}"
533                                                                                value="0"
534                                                                                constraints="{fractional:false,min:-200,max:200}"
535                                                                                promptMessage= "Enter a value between -200 and +200"
536                                                                                required= "true"
537                                                                                invalidMessage= "Invalid Parameter.">
538                                                                </span>
539                                                                <div dojoType="dijit.Tooltip" connectId="timeShift" position="above">
540                                                                    Constant retention time(RT) shift in samp data
541                                                                </div>
542                                        </td>
543                                        </tr>
544                                        </table>
545</div>                                         
546                                                                <div dojoType="dijit.ProgressBar" style="width:300px;display:none"
547                                                                     jsId="runProgress" id="runProgress"></div>
548       
549                                                        </div>                                                 
550                                                </div>
551                                        </div>
552                                        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" region="bottom" style="text-align:center;">
553                                                <button id="submitJob" dojoType="dijit.form.Button" onClick="runService();">Submit job</button>
554                                        </div> 
555                                 </div>
556
557                                <div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" minSize="100" maxSize="250" splitter="true" design="sidebar" region="bottom" id="bottomSplit" style="height:100px;">
558                                    <div id="msgTabContainer" dojoType="dijit.layout.TabContainer" controllerWidget="dijit.layout.TabController" region="leading" tabStrip="true" style="width: 100%; height:100%;">
559                                        <div id="tab-msg" dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Messages">
560
561                                                <div id="tempMsg"></div>
562                                        </div>
563
564                                       
565                                    </div>
566                                   
567                                </div>
568                                </div>
569                                </div>
570                                <!-- BorderContainer -->
571                      </div>
572<!--
573                        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Server Console">
574                                <p style="vertical-align:middle; text-align:center;"><br><br><br>
575                                        <font class="lhcl_newfeatures" style="FONT-WEIGHT: bold;">!not Implimented:</font> Server Messages will be here!...
576                                </p>
577                      </div>
578
579                      <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Profile" disabled="true>
580                                <p style="vertical-align:middle; text-align:center;"><br><br><br>
581                                        <font class="lhcl_newfeatures" style="FONT-WEIGHT: bold;">!not Implimented:</font> User Profile will be here!...
582                                </p>
583                      </div>
584-->
585                </div>
586        </div>
587        <div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" title="Data Management" id="DMTab" style="width: 100%;height: 100%;" >
588                <div dojoType="dijit.layout.TabContainer" controllerWidget="dijit.layout.TabController" region="center" id="DMinnerTab" tabStrip="true">
589                      <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Data Home" selected="true">
590<!-- Data Home -->
591
592
593<div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" gutters="true" id="DMmain" style="width:100%; height:500px; margin-left: 1px; margin-right: 1px; margin-top: 0px; margin-bottom:0px;">
594        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" layoutAlign="top" region="top" splitter="false" style="overflow:hidden; margin-top: 0px; margin-bottom:5px; TEXT-ALIGN:center;">
595                <span class="lhcl_newfeatures">Manage your peak lists here!</span>
596        </div>
597        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" region="leading" tabStrip="true" style="width:160px;">
598                <div dojoType="dojo.data.ItemFileWriteStore" jsId="DMStore"
599                        clearOnClose="true"
600                        urlPreventCache="true"
601                        url="file-explorer.php?cmd=getRootTree">
602                </div>
603
604                <div dojoType="dijit.tree.ForestStoreModel" jsId="DMTreeModel"
605                        store="DMStore"
606                        query="{type:'folder'}"
607                        rootId="usrHome"
608                        rootLabel="User Home"
609                        labelAttr="filename"
610                        childrenAttrs="children">
611                        <script type="dojo/method" event="mayHaveChildren" args="item">
612                                return (item.type == "folder" || item.id =="usrHome");
613                        </script>
614                </div>
615                <ul dojoType="dijit.Menu" id="DMTreeMenu" style="display: none;">
616                        <li dojoType="dijit.MenuItem" id="cfDMTreeMenuItem"  onClick="onCreatFolderItem">Create Folder</li>
617                        <li dojoType="dijit.MenuSeparator"></li>
618                        <li dojoType="dijit.MenuItem" id="uploadDMTreeMenuItem" onClick="onUploadItem">Upload Here</li>
619                        <li dojoType="dijit.PopupMenuItem" id="downloadDMTreeMenuItem">
620                                <span>Download</span>
621                                <div dojoType="dijit.Menu">
622                                        <div dojoType="dijit.MenuItem" id="downloadDMTreeMenuItem_gzip" onClick="downloadItem('gzip')">gzip (fast)</div>
623                                        <div dojoType="dijit.MenuItem" id="downloadDMTreeMenuItem_zip" onClick="downloadItem('zip')">zip</div>
624                                </div>
625                        </li>
626                        <li dojoType="dijit.MenuSeparator"></li>
627                        <li dojoType="dijit.MenuItem" id="delDMTreeMenuItem" onClick="onDeleteItem">Delete</li>
628                </ul>
629                <div dojoType="dijit.Tree" id="DMtree" jsId="DMtree" model="DMTreeModel" persist="false" openOnClick="true">
630                        <script type="dojo/connect">
631                                var treeMenu = dijit.byId("DMTreeMenu");
632                                treeMenu.bindDomNode(this.domNode);                             
633                                this.myMenuHandle = dojo.connect(treeMenu, "_openMyself", this, function(e){
634                                        var tn = dijit.getEnclosingWidget(e.target);
635                                        //console.debug(tn.item);       
636                                        dojo.forEach(connections, dojo.disconnect);
637                                        treeMenu.getChildren().forEach(function(i){
638                                                i.attr('disabled', !tn.item.children);
639/*
640                                                connections.push(dojo.connect(i, "onClick",treeMenu, function(event) {
641                                                        var clicked = dijit.getEnclosingWidget(event.target);
642                                                         console.debug(clicked);
643                                                         if(clicked.id == 'cfDMTreeMenuItem') {
644                                                                onClickCreatFolderItem(tn);
645                                                         }
646                                                         if(clicked.id == 'uploadDMTreeMenuItem') {
647                                                                onClickUploadItem(tn);
648                                                         }
649                                                         if(clicked.id == 'downloadDMTreeMenuItem') {
650                                                                onClickDownloadItem(tn);
651                                                         }
652                                                         if(clicked.id == 'delDMTreeMenuItem') {
653                                                                onClickDeleteItem(tn);
654                                                         }
655                                                        dojo.stopEvent(event);
656                                                }));
657*/
658
659                                        });
660                                        this.lastFocused = tn;
661                                        // IMPLEMENT CUSTOM MENU BEHAVIOR HERE
662                                });
663                        </script>
664                          <script type="dojo/method" event="onClick" args="item">
665                                var path = item.dirpath;
666                                if(path) {
667                                        var query="({dirpath:'"+path+"/*'})";
668                                        DMView_normalGrid.setQuery(eval(query),eval("({ignoreCase:true,deep:true})"));
669                                }else if(item.id =="usrHome") {
670                                        var query="({ type:'folder',dirpath: '/data_home/*' })";
671                                        DMView_normalGrid.setQuery(eval(query),eval("({ignoreCase:true,deep:false})"));
672                                }
673                          </script>                               
674                        <script type="dojo/method" event="onOpen" args="item">                             
675                                var path = item.dirpath;
676                                if(path) {
677                                        var query="({dirpath:'"+path+"/*'})";
678                                        console.debug(query);
679                                        DMView_normalGrid.setQuery(eval(query),eval("({ignoreCase:true,deep:true})"));
680                                }else if(item.id =="usrHome") {
681                                        var query="({ type:'folder',dirpath: '/data_home/*' })";
682                                        DMView_normalGrid.setQuery(eval(query),eval("({ignoreCase:true,deep:false})"));
683                                }
684                        </script>                               
685                </div>
686        </div>
687
688  <div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" liveSplitters="true" splitter="true" region="center" style="overflow-x:auto;overflow-y:hidden;" id="DMmainSplit">
689
690                <div dojoType="dijit.Menu" jsid="DMGridMenu" id="DMGridMenu" targetNodeIds="DMView_normalGrid" style="display:none;">
691                        <script type="dojo/method" event="onClose" args="event">
692                        var mnu = dijit.byId('DMGridMenu');
693                          var nodes = mnu.getChildren();
694                          dojo.forEach(nodes, function(node){                               
695                            mnu.removeChild(node);
696                          });
697                        mnu.unBindDomNode(DMView_normalGrid);   
698                        </script>
699                </div>
700                <div id="DMView_list" jsId="DMView_list" dojoType="dijit.layout.ContentPane" style="margin-left: 5px; margin-right:5px;" region="left">
701                        <table dojoType="dojox.grid.DataGrid"
702                            id="DMView_normalGrid"
703                            jsId="DMView_normalGrid"
704                            store="DMStore"
705                            query="{ dirpath: '*' }"
706                            rowsPerPage="80"
707                            clientSort="true"                                               
708                            style="width:315px;height:400px;">
709                            <thead>
710                                <tr>
711                                    <th class="lhcl_active" width="50%" sortDesc="true" field="filename" formatter="explorerFormat">Filename</th>
712                                    <th class="lhcl_active" width="10%" field="type">Type</th>
713                                    <th class="lhcl_active" width="10%" field="size">Size</th>
714                                </tr>
715                            </thead>
716                                <script type="dojo/method" event="onStyleRow" args="row">
717                                        var i = row;
718                                        row.customClasses += (i.selected?" dojoxGridRowSelected":"") + (i.over?" dojoxGridRowOver":"");
719                                        this.focus.styleRow(row);
720                                        this.edit.styleRow(row);
721                                         var item = DMView_normalGrid.getItem(row.index);
722                                         if(item){
723                                            var type = DMStore.getValue(item,"type");
724                                            if(type == "folder"){
725                                                row.customStyles += "color:purple;";
726                                            }
727                                         }                                     
728                                </script>       
729                                <script type="dojo/method" event="onRowContextMenu" args="event">
730                                        onDMGridMenu(event,this);       
731                                </script>                                         
732                        </table>
733                </div>
734                <div id="DMView_normal" jsId="DMView_normal" dojoType="dijit.layout.ContentPane" style="desplay:none" region="leading">
735                </div>
736       
737 </div>
738
739<div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" minSize="50" maxSize="200" splitter="true" design="sidebar" region="bottom" id="DMbottomSplit" style="height:130px; overflow-x:hidden; overflow-y:hidden;">
740        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" id="BagBottomPan" region="leading" tabStrip="true" style="width:98%;height:95%;overflow-x:auto; overflow-y:auto;">
741                <div id="dragLists"></div>
742        </div>   
743</div>
744</div>
745
746<!-- Creat new Bag Dialog -->
747<div dojoType="dijit.Dialog" id="creatNewBagDialog"  style="display:none" title="Create New Bag" execute="creatNewList(arguments[0]);">
748        <table>
749        <tr>
750            <td><label for="listName">Bag Name: </label></td>
751            <td><input dojoType="dijit.form.ValidationTextBox" trim="true" type="text" name="listName" id="listName"
752                regExp="[\w]+"
753                required="true"
754                propercase="true"
755                invalidMessage="No Space allowed, use _"></td>
756        </tr>
757        <tr>
758            <td colspan="2" align="center">
759                <button dojoType="dijit.form.Button" type="submit"
760                    onClick="return dijit.byId('creatNewBagDialog').isValid();">OK</button>
761                <button dojoType="dijit.form.Button" type="reset"
762                    onClick="dijit.byId('creatNewBagDialog').hide();">Cancel</button>
763            </td>
764        </tr>
765    </table>
766</div>
767<!-- Creat uploadDialog -->
768<div dojoType="dijit.Dialog" id="uploadDialog" jsId="uploadDialog" title="Upload Peak List File" loadingMessage="loading Upload Dialog" errorMessage="Error! Loading upload fiels" >
769        <table class="tbl">
770                <tr>
771                        <td>
772
773                        <form id="formF" class="form">
774                                <input id="SessionID" name="SessionID" type="hidden" value="<?php echo session_id();?>"/>
775                                <input id="toUppath" name="toUppath" type="hidden" value="/"/>
776                                <label>Files:</label>
777                                <div id="fFiles" class="field"></div>
778                                <div id="flashField"></div>
779                                <button tabIndex="5" id="btnF" class="uploadBtn btn">Select Files</button>
780                                <button id="fSubmit" dojoType="dijit.form.Button">Submit</button>
781                                <div indeterminate="false" id="progressBar" class="progBar" dojoType="dijit.ProgressBar"></div>
782                        </form>
783                </td>
784                </tr>
785        </table>
786</div>
787<!-- Creat new Folder Dialog  -->
788<div dojoType="dijit.Dialog" id="creatNewFolderDialog"  style="display:none" title="Create new Folder">
789        <table>
790        <tr>
791            <td><label for="folderName">Folder Name: </label></td>
792            <td><input dojoType="dijit.form.ValidationTextBox" trim="true" type="text" name="folderName" id="folderName"
793                regExp="[\w]+"
794                required="true"
795                propercase="true"
796                invalidMessage="No Space allowed, use _"></td>
797        </tr>
798        <tr>
799            <td colspan="2" align="center">
800                <button dojoType="dijit.form.Button" type="submit"
801                    onClick="return dijit.byId('creatNewFolderDialog').isValid();">Create</button>
802                <button dojoType="dijit.form.Button" type="reset"
803                    onClick="dijit.byId('creatNewFolderDialog').hide();">Cancel</button>
804            </td>
805        </tr>
806    </table>
807</div>
808<!-- delete confirm Dialog -->
809<div dojoType="dijit.Dialog" id="deleteConfirmDialog"  style="display:none" title="Delete File!">
810        <table>
811        <tr>
812            <td><font class="lhcl_upload_step2">File Name:</font></td>
813            <td><span id="deleteFname"></span></td>
814        </tr>
815        <tr>
816            <td></td>
817            <td></td>
818        </tr>
819        <tr>
820            <td><font class="lhcl_newfeatures" style="FONT-WEIGHT: bold;">Message:</font></td>
821            <td><span id="deleteMsg">Cannot move file to trash, do you want to delete immediately?</span></td>
822        </tr>
823        <tr>
824            <td></td>
825            <td></td>
826        </tr>
827        <tr>
828            <td colspan="2" align="center">
829                <button dojoType="dijit.form.Button" type="submit"
830                    onClick="return dijit.byId('deleteConfirmDialog').isValid();">Delete</button>
831                <button dojoType="dijit.form.Button" type="reset"
832                    onClick="dijit.byId('deleteConfirmDialog').hide();">Cancel</button>
833            </td>
834        </tr>
835    </table>
836</div>
837<!-- end-Data Home -->
838                      </div>
839                      <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Results" id="resultsTab">
840<!-- Results -->
841<div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" gutters="true" id="ResultMain" style="width:100%; height:500px; margin-left: 1px; margin-right: 1px; margin-top: 0px; margin-bottom:0px;">
842        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" layoutAlign="top" region="top" splitter="false" style="overflow:hidden; margin-top: 0px; margin-bottom:5px; TEXT-ALIGN:center;">
843                <span class="lhcl_newfeatures">Manage your results here!</span>
844        </div>
845        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" region="leading" tabStrip="true" style="width:130px;">
846                <div dojoType="dojox.data.FileStore" url="dojox_filestore.php"  options="dirsOnly"
847                        pathAsQueryParam="true" id="resultStore" jsId="resultStore" clearOnClose="true" urlPreventCache="true">
848                </div>
849                <div dojoType="dijit.tree.ForestStoreModel"
850                                id="resultTreeModel"
851                                jsId="resultTreeModel" store="resultStore"
852                                query="{}"
853                                rootId="resultHome"
854                                rootLabel="Results by ID"
855                                childrenAttrs="children">
856                </div>
857                <ul dojoType="dijit.Menu" id="resultTreeMenu" style="display: none;">
858                        <li dojoType="dijit.MenuItem" id="downloadresultTreeMenuItem" onClick="downloadResultItem">Download(zip)</li>
859                        <li dojoType="dijit.MenuSeparator"></li>
860                        <li dojoType="dijit.MenuItem" id="delresultTreeMenuItem" onClick="deleteResultItem">Delete</li>
861                </ul>
862                <div dojoType="dijit.Tree" id="resultTree" jsId="resultTree" model="resultTreeModel" persist="false" openOnClick="true">
863                        <script type="dojo/connect">
864                                var treeMenu = dijit.byId("resultTreeMenu");
865                                treeMenu.bindDomNode(this.domNode);                             
866                                this.myMenuHandle = dojo.connect(treeMenu, "_openMyself", this, function(e){
867                                        var tn = dijit.getEnclosingWidget(e.target);
868                                        treeMenu.getChildren().forEach(function(i){
869                                                i.attr('disabled', !tn.item.children);
870                                        });
871                                        this.lastFocused = tn;
872                                });
873                        </script>
874                          <script type="dojo/method" event="onClick" args="item">
875                                var itemName = item.name;
876                                if(itemName) {
877                                        if(dojo.number.format(itemName)!==null)
878                                                creatResultViewDiv(item.name);
879                                }else if(item.id =="resultHome") {
880                                }
881                          </script>                               
882                        <script type="dojo/method" event="onOpen" args="item">                             
883                                var itemName = item.name;
884                                if(itemName) {
885                                        if(dojo.number.format(itemName)!==null)
886                                                creatResultViewDiv(item.name);
887                                }else if(item.id =="resultHome") {
888                                }
889                        </script>                               
890                </div>
891        </div>
892
893  <div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" liveSplitters="true" splitter="true" region="center" style="overflow-x:hidden;overflow-y:hidden;" id="resultMainSplit">
894
895                <div id="resultView_list" jsId="resultView_list" dojoType="dijit.layout.ContentPane"
896                        style="margin-left:auto; margin-right:auto;overflow:auto;height:96%;width:96%;" region="left">
897                        <div id="resultView_div" Style="height:100%;width:100%;margin-left:auto;margin-right:auto;">To view results select job id first!</div>
898                </div>
899       
900 </div>
901
902<div dojoType="dijit.layout.BorderContainer" minSize="30" maxSize="150" splitter="true" design="sidebar" region="bottom" id="resultbottomSplit" style="height:80px; overflow-x:hidden; overflow-y:hidden;">
903        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" region="leading" tabStrip="true" style="width:98%;height:95%;overflow-x:auto; overflow-y:auto;">
904        </div>   
905</div>
906</div>
907<!-- end-Results -->
908                      </div>
909                </div>
910        </div>
911
912    </div>
913</div>
914
915</div>
916
917                        </TD>
918
919                      </TR>
920                        <TR>
921                      <TD class=lhcl_upload_step2>&nbsp;</TD>
922                      <TD align="left">&nbsp;</TD>
923                      <TD align="left">&nbsp;</TD>
924                      <TD colspan="2" align="right">&nbsp;</TD>
925                      </TR>
926                      <TR>
927                      <TD colspan="5"></TD>
928                      </TR>
929                    <TR>
930                      <TD>&nbsp;</TD>
931                      <TD align="left">&nbsp;</TD>
932                      <TD align="left">&nbsp;</TD>
933                      <TD colspan="2" align="right"></TD>
934                      </TR>
935                    <TR>
936                        <TD colspan="5" class=lhcl_upload_step2></TD>
937                    </TR>
938                  </TBODY>
939                </TABLE>
940              </DIV>
941        </DIV>
942    </DIV>
943    </TD>
944  </TR>
945</TBODY></TABLE>
946</DIV>
947</TD>
948</TR></TBODY></TABLE>
949</DIV>
950<DIV id=lhid_footer>&copy;
951    <script type="text/javascript">document.write((new Date()).getFullYear());</script>
952  RuG &nbsp; <A href="#" target=_blank>Terms of Use</A> - <A href="#" target=_blank>Privacy Policy</A> - <A href="#" target=_blank>Home</A> </DIV>
953
954<div dojoType="dijit.Dialog" id="sessionDialog"  style="display:none" title="Session Expire" execute="confirmLogout();">
955        <table>
956                <tr>
957                        <td><label for="name">Your current session has been expired.</label>&nbsp;</td>
958                        <td>&nbsp;</td>
959                </tr>
960                <tr>
961                        <td><label for="loc">Please login again!</label></td>
962                        <td>&nbsp;</td>
963                </tr>
964                <tr>
965                        <td><label for="desc">&nbsp;</label></td>
966                        <td>&nbsp;</td>
967                </tr>
968                <tr>
969                        <td colspan="2" align="center">
970                        <button dojoType="dijit.form.Button" type="submit">OK</button></td>
971                </tr>
972        </table>
973</div>
974
975<div dojoType="dijit.Dialog" id="message"  style="display:none" title="Message">
976        <table>
977                <tr>
978                        <td><div id="promptMessage"> Error!</div>&nbsp;</td>
979                        <td>&nbsp;</td>
980                </tr>
981                <tr>
982                        <td><label for="desc">&nbsp;</label></td>
983                        <td>&nbsp;</td>
984                </tr>
985        </table>
986</div>
987<div id="delMessage"  style="display:none">
988</div>
989<div id="lightboxViewer" dojoType="dojox.image.Lightbox" group="mean_ratio" title="Quality Heat Map"></div>
990<div dojoType="dojox.layout.FloatingPane" id="help_step1" title="<b><font class=lhcl_newfeatures>How it works</font></b>" resizable="true" dockable="true" dockTo="leftTabsCont" style="visibility:hidden;" class="G2">
991<div dojoType="dijit.layout.AccordionContainer" style="width:auto; height: 95%; margin: 0 auto;">
992    <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Step #1"><p>Upload and manage your data at Data Management -->Data Home</p>
993        <p>It has File Explorer like functionality; right click on folder or tree node to see options like upload, create new folder, download and etc.</p>
994    </div>
995    <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Step #2"><p>Make grouping of data by creating lists of files(bag lists) for reference and sample files.</p><p>
996        Right click on file to see options like add to bag list, view, download etc.
997        To execute bag list related activities, right click on baglists to perform lists related task or simply use drag-n-drop.
998        </p>
999    </div>
1000    <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Step #3">
1001        <p>
1002                Submit processing job at User Home -->Submission
1003        </p><p>
1004                Select your desired ref. and samp. files lists(bag lists), adjust other parameters and submit.
1005                Please be patient it will take some time depending upon your data set.
1006        </p>
1007    </div>
1008        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Step #4">
1009        <p>       
1010        Check the status of your submitted jobs at User Home -->Desktop
1011        </p><p>
1012          Status monitoring/processing progress of jobs are done automatically, to perform other job related activities such as cancel/delete job, view parameters, view results files etc. right click on any job.
1013        </p>
1014    </div>
1015        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Step #5">
1016        <p>After successful job completion right click on it to visualize alignment quality.
1017        If stratified with alignment quality select download result, otherwise rerun the job with different parameters.
1018        </p>
1019        <p>Note: Place a close eye on your Disk usage (disk quota), you may exploit your storage limits.</p>
1020    </div>
1021        <div dojoType="dijit.layout.ContentPane" title="Step #6">
1022        <p>       
1023                And finally download the align peaklist data(results) at Data Management -->Results
1024        </p><p>
1025                Delete the unnecessary input data and jobs after downloading results files to save your online storage.
1026        </p>
1027    </div>
1028</div>
1029</div>
1030</BODY></HTML>
1031
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.