source: services.html

Last change on this file was 1, checked in by ishtiaq.ahmad@…, 9 years ago

adding daf portal first time

File size: 12.7 KB
Line 
1<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "DTD/xhtml1-transitional.dtd"> 
2<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" > 
3        <head> 
4                <title>Netherlands Bioinformatics for Proteomics Platform (NBPP.NL) - Services</title> 
5                <script type="text/javascript">var _sf_startpt=(new Date()).getTime()</script>
6                <script type="text/javascript" src="http://www.google.com/jsapi"></script>
7                <script type="text/javascript">google.load("jquery", "1.4.2");</script>
8                <script type="text/javascript" src="worth1000.ui.js"></script> 
9                <link href="worth1000.css" type="text/css" rel="stylesheet" />         
10                <link rel="Shortcut icon" href="favicon.ico" type="image/x-icon" />     
11                <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="TEXT/HTML; CHARSET=UTF-8" />
12                <meta name="Content-language" content="en-US" />
13                <meta name="author" content="Netherlands Bioinformatics for Proteomics Platform (NBPP)" />
14                <meta name="copyright" content="Netherlands Bioinformatics for Proteomics Platform (NBPP)" />
15                <meta name="description" content="Data Analysis Framework" />
16                <meta name="keywords" content="Bioinformatics, Informatics, Proteomics,Proteomics Research, Protein biomarker, protein biomarker discovery, Biomarker discovery, Biomarker, Netherlands Bioinformatics, Proteomics Platform, Data Analysis, Framework, Netherlands Bioinformatics for Proteomics Platform, NBPP, Web services, DAF, Data Analysis Framework" />
17                <meta name="google-site-verification" content="2fJa3B4CZnAmE7dp-Cy_6WZXlDTgkqh7fNno_F7BtnE" /> 
18                <meta name="google-site-verification" content="FAyqMA_bkmwslsqVimqN7DKy5osZlj3fuqD86dMlEKo" />
19                <script type="text/javascript"> 
20                        var varIsAdmin = 1;
21                        var varIsCouncil = 1;
22                function jSignin(){
23                        var post_data;             
24                        $.ajax({
25                           type: "POST",
26                           url: "forms/signin.php",
27                           data: post_data + "&dh=" + new Date().getTime(),
28                           dataType: "html",
29                           success:function(login_html){
30                                        $.facebox(login_html);
31                                        initializeFacebox();
32                           }
33                        });     
34                }
35                </script> 
36<script type="text/javascript">
37  var rpxJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://" : "http://static.");
38  document.write(unescape("%3Cscript src='" + rpxJsHost +
39"rpxnow.com/js/lib/rpx.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));
40</script>
41<script type="text/javascript">
42  RPXNOW.overlay = true;
43  RPXNOW.language_preference = 'en';
44</script> 
45<script type="text/javascript">
46  var _gaq = _gaq || [];
47  _gaq.push(['_setAccount', 'UA-16369638-2']);
48  _gaq.push(['_setDomainName', '.nbpp.nl']);
49  _gaq.push(['_trackPageview']);
50
51  (function() {
52    var ga = document.createElement('script'); ga.type = 'text/javascript'; ga.async = true;
53    ga.src = ('https:' == document.location.protocol ? 'https://ssl' : 'http://www') + '.google-analytics.com/ga.js';
54    var s = document.getElementsByTagName('script')[0]; s.parentNode.insertBefore(ga, s);
55  })();
56</script> 
57                <style type="text/css"> 
58                        a {
59                                color:#0094F7;
60                        }       
61               
62                        #logo-img img {
63                       
64                                background:#fff url('logo.png');                               
65                       
66                        }
67                       
68                        #logo-tag a {
69                                color:#555
70                        }
71                </style> 
72                       
73        </head> 
74       
75        <body> 
76       
77 
78       
79        <div id="body-proxy-l"> 
80        <div id="body-proxy-r"> 
81                <div id="body-container"> 
82                        <div id="main"> 
83 
84        <div id="header"> 
85                <div id="header-container"> 
86                        <div id="login-options"> 
87                       
88        <div><a href="/login" class="login" onclick="jLogin(1);return false">Login</a> or <a href="/login" class="register" onclick="jLogin(2);return false">Create an account!</a></div> 
89 
90                        </div> 
91               
92                        <div id="logo"> 
93                                <div id="logo-img"> 
94                                        <a href="/"><img src="logo.png" alt="NBPP"/></a> 
95                                </div> 
96                                <div id="logo-tag"> 
97                                       
98                                        <form action="#" method="get">                                 
99                                        <div class="searchbar"> 
100                                                <input name="search" value="" id="search" onfocus="filterList(1)" onblur="filterList(0);return false" />                                                                <a href="search" class="searchicon" onclick="isearch();return false;"><img src="http://s3.amazonaws.com/worth1000media/images/search.png" alt="search"/></a> 
101                                        </div> 
102                                        </form> 
103                                </div>                         
104                                <div class="nav-holder"> 
105                                                <ul class="nav-list"><li></li> 
106                                                <li><a href="/">Home</a></li> 
107                                                <li class="selected"><a href="services.html">Services</a></li> 
108                                                <li><a href="workflow.html">Workflow</a></li>
109                                                <li><a href="https://wiki.nbic.nl/index.php/Proteomics_software_frameworks">Tools</a></li>
110                                                <li><a href="https://wiki.nbic.nl/index.php/NBPP">NBPP Wiki</a></li> 
111                                                </ul> 
112                                       
113                                </div> 
114                        </div> 
115                       
116                       
117 
118                </div> 
119               
120 
121        <!--FILTER MODULE--> 
122        <div id="filter-options-container">     
123               
124        </div> 
125 
126               
127               
128        </div> 
129       
130 
131       
132        <div id="header-liner"> 
133                &nbsp;
134        </div> 
135               
136                       
137 
138 
139 
140<div id="body-col-right"> 
141 
142                <div style="margin-bottom:20px"> 
143                        <div class="module-header"> 
144                                <div class="module-header-right" style="width:125px;"> 
145                                        <div class="module-header-show-more"> 
146                                                <div class="call-out-container">                                                       
147                                                        <div class="btns-unsubscribe"  > 
148                                                                <div class="call-out-secondary">                                       
149                                                               
150                                                                        <a href="forms/form-login-register.php?msg=joindaf" rel="facebox" class="btn">+ Join DAF</a>           
151 
152                                                                       
153                                                                </div>                                 
154                                                        </div> 
155                                                                       
156                                                </div> 
157                               
158                                       
159                                        </div> 
160                                </div> 
161                                <div class="module-header-left" style="font-size:12pt;"> 
162                                        Data Analysis Framework
163                                </div> 
164                        </div> 
165                       
166                        <div id="about_daf" class="right-section">             
167                                <div class="about-content"> 
168                                        <p>Data Analysis Framework (DAF) is an infrastructure program providing data processing services based on integrated tools. DAF is open source and the source code in java is available <a href="http://gbic.target.rug.nl/trac/daf/" class="login" >here.</a></p>
169<p>You can use the data processing services provided by DAF by clicking on the orange "+ Join DAF" button.</p>
170                                </div> 
171                               
172 
173 
174                        </div> 
175                </div> 
176               
177 
178                <div class="clear-left"></div>                         
179 
180               
181                <div id="related_services" style="margin-bottom:20px"> 
182                        <div class="module-header"> 
183                                <div class="module-header-right" style="width:150px;"> 
184                                        <div class="module-header-show-more"> 
185                                               
186                                        </div> 
187                                </div> 
188                                <div class="module-header-left"> 
189                                        Related Services
190                                </div> 
191                        </div> 
192                       
193                        <div class="right-section">             
194                                <div class="about-content"> 
195                                               
196        <div class="related-arenas"> 
197 
198 
199                                                <div class="arena-topic"> 
200                                                        No related services found!
201                                                </div> 
202        </div> 
203       
204                                </div> 
205                        </div> 
206                </div> 
207
208
209         <div class="clear-left"></div>
210
211
212                <div style="margin-bottom:20px">
213                <!-- Include the Google Friend Connect javascript library. -->
214                <script type="text/javascript" src="http://www.google.com/friendconnect/script/friendconnect.js"></script>
215                <!-- Define the div tag where the gadget will be inserted. -->
216                <div class="module-header" id="div-723660123540898109"  style="300px;border:1px solid #dfdfdf;"></div>
217                <!-- Render the gadget into a div. -->
218                <script type="text/javascript">
219                        var skin = {};
220                        skin['BORDER_COLOR'] = '#dfdfdf';
221                        skin['ENDCAP_BG_COLOR'] = '#e0e0e0';
222                        skin['ENDCAP_TEXT_COLOR'] = '#333333';
223                        skin['ENDCAP_LINK_COLOR'] = '#0094F7';
224                        skin['ALTERNATE_BG_COLOR'] = '#ffffff';
225                        skin['CONTENT_BG_COLOR'] = '#ffffff';
226                        skin['CONTENT_LINK_COLOR'] = '#0094F7';
227                        skin['CONTENT_TEXT_COLOR'] = '#555';
228                        skin['CONTENT_SECONDARY_LINK_COLOR'] = '#7777cc';
229                        skin['CONTENT_SECONDARY_TEXT_COLOR'] = '#666666';
230                        skin['CONTENT_HEADLINE_COLOR'] = '#333333';
231                        skin['NUMBER_ROWS'] = '6';
232                        google.friendconnect.container.setParentUrl('/' /* location of rpc_relay.html and canvas.html */);
233                        google.friendconnect.container.renderMembersGadget(
234                         { id: 'div-723660123540898109',
235                           site: '13911688949681048542' },
236                          skin);
237                        </script>
238                </div>
239       
240 
241                <div class="clear-left"></div> 
242</div> 
243<div id="body-col-left"> 
244 
245       
246        <div style="display:none"> 
247 
248        </div> 
249       
250        <div style="border-top:1px solid #ffffff"> 
251        </div> 
252               
253       
254        <!--ENTER MODULE--> 
255        <div id="home-enter" class="module-container margin">                   
256                <div class="module-header"> 
257                        <div class="module-header-right mwide"> 
258                                        <div class="module-header-show-more"> 
259                                                <a class="btn" rel="facebox" href="forms/form-contact-us.php"><span><span>Contact Us</span></span></a> 
260                                        </div>                 
261                        </div> 
262                        <div class="module-header-left"> 
263                                <span class="capslock">2D Time Alignment</span>
264                        </div> 
265                </div> 
266               
267                <div class="module-content"> 
268                        <div class="data-table" style="margin-bottom:40px">     
269                                <div style="margin-bottom:20px;margin-left:10px;text-align:justify">
270                                <p><a  href="warp2d.html">Warp2D</a> is a new time alignment method that takes advantage of both dimensions of LC-MS data to resolve ambiguities in peak matching while remaining computationally efficient. <a  href="warp2d.html">Warp2D</a> use extracted peak lists of chromatograms with a two-dimensional correlation function to provide a reliable alignment scoring function that is insensitive to spurious peaks and background noise. One-dimensional alignment methods are often based on the total-ion-current elution profile and are unable to distinguish peaks of different masses.</p>
271<p>Our approach uses one-dimensional alignment in time, but with a scoring function derived from the overlap of peaks in two dimensions, thereby combining the specificity of two-dimensional methods with the computational performance of one-dimensional methods. The peaks are approximated as two-dimensional Gaussians of varying width, depending on the mass and chromatographic resolutions. This approximation allows peak overlap (the measure of alignment quality) to be calculated analytically, without computationally intensive numerical integration in two dimensions. To measure the alignment quality improvement Warp2D provide a score between 1 (all peaks overlap perfectly) and 0 (no peak overlap) based on standardized geometric mean of overlapping peak volumes. This score can be calculated before and after alignment and the difference reflects the alignment enhancement.</p>
272<a href="forms/form-login.php" rel="facebox" style="font-size:18pt;text-decoration:none;">Click here to try out yourself!</a>
273<div class="module-header">
274<p>We provide user friendly, online data processing services based on Warp2D approach using the Dutch Life Science Grid to enable processing of amount of data for high number of users.
275This service enables you to upload peak lists containing information on the retention time, mass and quantity on LC-MS peaks. The processing results in aligned peaks lists with changed retention time and in a file containing the retention time transformation function in series of subsequent linear interpolations.</p>
276</div> 
277
278                                </div> 
279                        </div> 
280                </div>
281</div> 
282       
283        <div class="clear-left"></div> 
284 
285               
286        <div class="clear-left"></div> 
287 
288       
289        <!--ENDED MODULE--> 
290        <div id="home-ended" class="module-container" style="height:225px;">                   
291                <div class="module-header"> 
292                        <div class="module-header-right mwide"> 
293                                <div class="feed-right"> 
294                                        <a href="#" title="RSS" target="_blank"><img src="http://s3.amazonaws.com/worth1000media/images/feed.png" alt="RSS" /></a>     
295                                </div>                                 
296                        </div> 
297                        <div class="module-header-left"> 
298                                Recently added services
299                        </div> 
300                </div>
301<div style="padding-bottom:15px;" >
302        <table class="hof" >
303        <tr>
304                <td valign="middle"><a href="warp2d.html" style="font-size:18pt;text-decoration:none;" class="mr-v">Warp2D - 2D Time Alignment</a></td>
305        </tr>
306        </table>
307</div>
308        </div> 
309        <!--/ENDED MODULE--> 
310 
311    <div class="breaker">&nbsp;</div> 
312       
313</div> 
314                                <div class="clear">&nbsp;</div> 
315 
316                        </div> 
317                </div> 
318        </div><!-- /body-proxy-r--> 
319        </div><!-- /body-proxy-l--> 
320<script type="text/javascript">
321
322  var _gaq = _gaq || [];
323  _gaq.push(['_setAccount', 'UA-16369638-1']);
324  _gaq.push(['_setDomainName', '.nbpp.nl']);
325  _gaq.push(['_trackPageview']);
326
327  (function() {
328    var ga = document.createElement('script'); ga.type = 'text/javascript'; ga.async = true;
329    ga.src = ('https:' == document.location.protocol ? 'https://ssl' : 'http://www') + '.google-analytics.com/ga.js';
330    var s = document.getElementsByTagName('script')[0]; s.parentNode.insertBefore(ga, s);
331  })();
332
333</script>       
334        </body> 
335</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.