Changeset 866


Ignore:
Timestamp:
Jul 23, 2012, 10:18:16 PM (4 years ago)
Author:
hailiang.mei@…
Message:

change exception to logger error.

Location:
trunk/code/conceptwiki/imports
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/code/conceptwiki/imports/imports-common/src/main/java/nl/nbic/conceptwiki/imports/common/AbstractConceptImporter.java

    r865 r866  
    166166        processConcepts(reader.getNewConcepts());
    167167        // FIXME this fails the tests
    168         processDeletedConcepts(reader.getDeletedConcepts());
     168        // FIXME skip this due to disabled isDelete check in NodeTransformerImpl.java.
     169//        processDeletedConcepts(reader.getDeletedConcepts());
    169170        processTriples(reader.getNewTriples());
    170171        processDeletedTriples(reader.getDeletedTriples());
     
    632633            final Concept target = getConcept(tag);
    633634            if (target == null) {
    634                 throw new IllegalArgumentException("The given tag (" + conceptUtility.getPreferredLabel(tag, LANG_EN).getText()
     635                logger.error("The given tag (" + conceptUtility.getPreferredLabel(tag, LANG_EN).getText()
    635636                        + ") is not known in the ConceptWiki. Probably it needs to be bootstrapped.");
    636             }
    637             tags.add(target);
     637            } else {
     638                tags.add(target);
     639            }
    638640        }
    639641        return tags;
  • trunk/code/conceptwiki/imports/imports-swissprot/src/main/java/nl/nbic/conceptwiki/imports/swissprot/SwissProtImporter.java

    r865 r866  
    142142                result = conceptService.getConcept(umlsConcepts.get(0).getUuid(), SWISSPROT_BRANCH);
    143143            } else {
    144                 throw new RuntimeException("Mapped UMLS concept " + mappedUMLSID + " does not exist in ConceptWiki or has more than 1 hits.");
     144                logger.error("Mapped UMLS concept " + mappedUMLSID + " does not exist in ConceptWiki or has more than 1 hits.");
     145                result = getConcept(concept);
    145146            }           
    146147           
     
    367368                   
    368369                    if (results.size() == 0) {
    369                         throw new RuntimeException("Search with notation results to 0 hit in UMLS: "
     370                        logger.error("Search with notation results to 0 hit in UMLS: "
    370371                                + notation.getCode());
     372                        return null;
    371373                    }
    372374                   
    373375                    if (results.size() > 1) {
    374                         throw new RuntimeException("Search with notation results to more than 1 hits in UMLS: "
     376                        logger.error("Search with notation results to more than 1 hits in UMLS: "
    375377                                + notation.getCode());
     378                        return null;
    376379                    }
    377380                   
     
    442445            }
    443446        }
    444        
    445 //        if (count > 1) {
    446 //            throw new RuntimeException("Search with notation and tag results to more than 1 hits: "
    447 //                    + notation.getCode() + FILED_SEPARATOR + conceptUtility.getPreferredLabel(tag, LANG_EN).getText());
    448 //        }
    449        
     447               
    450448        if (count > 1) {
     449            // if there are more than 1 hits, then this notation is not a primary notation and it is not unique. We skip it.
    451450                return null;
    452451        }
     
    517516        if (count > 1) {     
    518517            final String tagLabel = (tag == null) ? "null" : conceptUtility.getPreferredLabel(tag, LANG_EN).getText();
    519             System.out.println("label: " + label.getText());
    520             System.out.println("count: " + count);
    521             System.out.println("branchId: " + branchId);
     518            logger.error("label: " + label.getText());
     519            logger.error("count: " + count);
     520            logger.error("branchId: " + branchId);
    522521            if (tag != null) {
    523                 System.out.println("required tag: " + tag.getUuid());
     522                logger.error("required tag: " + tag.getUuid());
    524523            }
    525524            for (Concept result: results) {             
    526                 System.out.println("result: " + result.getUuid());
     525                logger.error("result: " + result.getUuid());
    527526                for (Label haslabel : result.getLabels()) {
    528                         System.out.println("haslabel: " + haslabel.getType().toString() + " : " + haslabel.getText());
     527                    logger.error("haslabel: " + haslabel.getType().toString() + " : " + haslabel.getText());
    529528                }
    530529                for (Concept hastag : result.getTags()) {
    531                         System.out.println("hastag: " + hastag.getUuid());
    532                         System.out.println("hastag: " + conceptUtility.getPreferredLabel(hastag, LANG_EN).getText());
     530                    logger.error("hastag: " + hastag.getUuid());
     531                    logger.error("hastag: " + conceptUtility.getPreferredLabel(hastag, LANG_EN).getText());
    533532                }
    534533            }
    535534           
    536             throw new RuntimeException("Search with label and tag results to more than 1 hits: "
    537                     + label.getText() + FILED_SEPARATOR + tagLabel); 
     535            logger.error("Search with label and tag results to more than 1 hits: "
     536                    + label.getText() + FILED_SEPARATOR + tagLabel);
     537           
     538            return null;
    538539        }
    539540       
     
    662663           
    663664                for (Concept concept : resultConcepts) {
    664                     System.out.println(conceptUtility.getPreferredLabel(concept, LANG_EN).getText());
     665                    logger.error(conceptUtility.getPreferredLabel(concept, LANG_EN).getText());
    665666                }
    666667
    667                 throw new RuntimeException(Integer.toString(resultConcepts.size()) + " concepts found with a label as: " + targetLabelText);
     668                logger.error(Integer.toString(resultConcepts.size()) + " concepts found with a label as: " + targetLabelText);
    668669            }
    669670           
  • trunk/code/conceptwiki/imports/imports-swissprot/src/main/java/nl/nbic/conceptwiki/imports/swissprot/SwissProtReader.java

    r865 r866  
    418418            final String proteinRecommendedName = entry.getProtein().getRecommendedName().getFullName().getValue();           
    419419            if (proteinRecommendedName.isEmpty()) {
    420                 throw new RuntimeException("proteinRecommendedName is empty: " + entry.getAccession().get(0));
     420                logger.error("proteinRecommendedName is empty: " + entry.getAccession().get(0));
    421421            }                               
    422422            if (!bootstrapGenericProteinTags.containsKey(proteinRecommendedName)) {
     
    10231023       
    10241024        if (speciesConcept == null) {
    1025             throw new RuntimeException("species unknown: " + organism + ". Please check the list of species.");
     1025            logger.error("species unknown: " + organism + ". Please check the list of species.");
     1026            return null;
    10261027        }
    10271028
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.