Changeset 160

Show
Ignore:
Timestamp:
04-11-10 11:43:38 (3 years ago)
Author:
j.saito@…
Message:

The authentication token is now used in all REST calls.

Files:
4 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • grails-app/controllers/data/SimpleAssayController.groovy

    r152 r160  
    1414        def list 
    1515        try { 
    16                 list = CommunicationManager.getStudies() 
     16                list = CommunicationManager.getStudies( session.sessionToken ) 
    1717        } 
    1818        catch (Exception e){ 
  • grails-app/controllers/importer/ImporterController.groovy

    r157 r160  
    104104 
    105105            try { 
    106                 def list = CommunicationManager.getStudies() 
    107 //                def studies = list.collect{ it['studyToken'] } 
    108                 def studies = list.collect { it ['externalStudyID']} 
     106                def list = CommunicationManager.getStudies( session.sessionToken ) 
     107                def studies = list.collect{ it['studyToken'] } 
    109108                flow.studies = studies 
    110109            } 
     
    146145                def assays = [] 
    147146                def assayNames = [] 
    148                 CommunicationManager.getAssays( flow.selectedStudyID, grailsApplication.config.grails.serverURL ).each{ 
     147                CommunicationManager.getAssays( session.sessionToken, flow.selectedStudyID, grailsApplication.config.grails.serverURL ).each{ 
    149148                    assays.push( ['name':it['name'],'externalAssayId':it['assayToken']] ) 
    150149                    assayNames.push( it['name'] ) 
     
    285284            action { 
    286285                def studySubjects = [] 
    287                 for (subject in CommunicationManager.getSubjects(flow.selectedStudyID.toString())){ 
     286                for (subject in CommunicationManager 
     287                                                .getSubjects( session.sessionToken, flow.selectedStudyID.toString() )){ 
    288288                    studySubjects.add(subject) 
    289289                } 
     
    719719        def assay = SimpleAssay.find( "from SimpleAssay s where s.externalAssayID = '${externalAssayID}'" ) 
    720720        def samples = [] 
    721         for ( i in CommunicationManager.getSamples(externalAssayID) ) { 
     721        for ( i in CommunicationManager.getSamples( session.sessionToken, externalAssayID ) ) { 
    722722            samples.add( getSample(assay,i) ) 
    723723        } 
  • grails-app/controllers/RestController.groovy

    r154 r160  
    632632 
    633633 
    634  
    635  
    636         def test = {  
    637                 render CommunicationManager.getSamples("PPSH_Lipidomics_end") 
    638         } 
    639  
    640634} 
    641  
  • src/groovy/dbnp/rest/common/CommunicationManager.groovy

    r154 r160  
    4242    public static Object getRestResource( RestServerURL, resource, params ) { 
    4343                def url = getRestURL( RestServerURL, resource, params ) 
     44                println url 
     45                println params  
    4446            def authString = "${username}:${password}".getBytes().encodeBase64().toString() 
    4547            def conn = url.openConnection() 
     
    6163        def url = RestServerURL + '/' + resource 
    6264                def first = true 
     65                params['consumer']=SAMServerURL 
    6366                params.each { name, value -> 
    6467                        if(first) { 
     
    164167    public static registerRestWrapperMethodsGSCFtoSAM() { 
    165168        def url = GSCFServerURL + '/rest' 
    166                 addRestWrapper( url , 'getStudies' ) 
    167                 addRestWrapper( url , 'getSubjects', ['studyToken'] ) 
    168                 addRestWrapper( url , 'getAssays',   ['studyToken','consumer'] ) 
    169                 addRestWrapper( url , 'getSamples',  ['assayToken'] ) 
     169                addRestWrapper( url , 'getStudies', ['token'] ) 
     170                addRestWrapper( url , 'getSubjects', ['token','studyToken'] ) 
     171                addRestWrapper( url , 'getAssays',   ['token','studyToken','url'] ) 
     172                addRestWrapper( url , 'getSamples',  ['token','assayToken'] ) 
    170173    } 
    171174