Changeset 151

Show
Ignore:
Timestamp:
22-10-10 11:54:33 (3 years ago)
Author:
adem.bilican@…
Message:

Catching exceptions for file errors

Files:
4 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • application.properties

    r149 r151  
    11#Grails Metadata file 
    2 #Tue Oct 19 12:18:57 CEST 2010 
     2#Fri Oct 22 10:34:10 CEST 2010 
    33app.grails.version=1.3.5 
    44app.name=sam 
     
    66app.version=0.1.0 
    77plugins.db-util=0.4 
     8plugins.grom=0.1.2 
    89plugins.hibernate=1.3.5 
    910plugins.jquery=1.4.2.5 
    10 plugins.nadd-neutralizer=0.3 
    1111plugins.searchable=0.5.5 
    1212plugins.tomcat=1.3.5 
  • grails-app/conf/BuildConfig.groovy

    r1 r151  
    1313        grailsPlugins() 
    1414        grailsHome() 
     15        mavenRepo "http://nexus.nmcdsp.org/content/repositories/releases" 
     16        grailsCentral() 
    1517 
    1618        // uncomment the below to enable remote dependency resolution 
  • grails-app/controllers/importer/ImporterController.groovy

    r149 r151  
    117117                [title: 'Select Study'], 
    118118                [title: 'Select Assay'], 
     119                [title: 'Select Layout'], 
    119120                [title: 'Input Assay Data'], 
    120                 [title: 'Select Layout'], 
    121121                [title: 'Select Data'], 
    122122                [title: 'Show  Data'], 
     
    205205                    error() 
    206206                } 
    207                  
    208207            }.to "buildTableModel" 
    209208            on("previous").to "selectAssay" 
     
    233232                buildModel( flow )   // add all table data to the flow 
    234233                if( flow.hasSubjectLayout ) { return subjectLayout() } 
    235                 else                                        { return sampleLayout() } 
     234                else { return sampleLayout() } 
    236235            } 
    237236            on("subjectLayout"){}.to "selectTypesForSubjectLayout" 
     
    247246            } 
    248247            on('refresh'){ 
    249                  
    250                 println( ' refreshing ') 
    251248                def measurementTypes = [] 
    252  
    253249                for(i in data.SimpleAssayMeasurementType.list()){ 
    254250                    measurementTypes.add(i.name) 
     
    256252                } 
    257253                flow.measurementTypes = measurementTypes 
    258  
    259254            }.to('selectTypesForSampleLayout') 
    260255            on("next"){ 
    261                 println('PARAMS '+ params) 
    262256                // return the list of subjects and assays 
    263                 addMeasurementsToFlow(flow, params)  // set up-to-date measurements in flow.measurements 
     257                try{ 
     258                    addMeasurementsToFlow(flow, params)  // set up-to-date measurements in flow.measurements 
     259                } 
     260                catch (Exception e) { 
     261                    flash.erors = "Error" 
     262                    error() 
     263                } 
    264264            }.to "showDataForSampleLayout" 
    265265            on("previous").to('selectLayout') 
  • grails-app/controllers/importer/MeasurementTypeImporterController.groovy

    r149 r151  
    5858                if( (tabbedTable.replaceAll("^\\s+", "").size() > 0) && (params['file'] == "null" ) ) {     
    5959                    flow.tab = tabbedTable 
    60                     this.parseData(ImporterService, flow.tab, flow) 
    61                     flow.file = params['file'] 
    62                     success() 
     60                    try { 
     61                        this.parseData(ImporterService, flow.tab, flow) 
     62                        flow.file = params['file'] 
     63                        success() 
     64                    } 
     65                    catch (Exception e) { 
     66                        flash.errors = "Input Error : Please check your input data" 
     67                        error() 
     68                    } 
    6369                } 
    6470                // there is a file 
    6571                else if ((tabbedTable.replaceAll("^\\s+", "").size() == 0) && (params['file'] != "null" )) { 
    66                     this.parseData(ImporterService, fileService.get(params['file']) ,flow) 
    67                     flow.file = params['file'] 
    68                     success() 
     72                    try{ 
     73                        this.parseData(ImporterService, fileService.get(params['file']) ,flow) 
     74                        flow.file = params['file'] 
     75                        success() 
     76                    } 
     77                    catch (Exception e){ 
     78                        flash.errors = "File Error : Please check the file integrity" 
     79                        error() 
     80                    } 
    6981                } 
    7082                // catch error if there is nothing to do 
     
    90102            on('next'){ 
    91103                flash.errors=false 
    92                 if (this.isValid(params['att'],flow.datamatrix,flash,flow)) { 
     104                try { 
     105                    this.isValid(params['att'],flow.datamatrix,flash,flow) 
     106                    fileService.delete(flow.file) 
    93107                    success() 
    94                 } 
    95                 else { 
    96                     flash.errors = 'Input Data not correct' 
     108 
     109                } 
     110                catch (Exception e) { 
     111                    flash.errors = 'Error : Please check your selection' 
     112                    fileService.delete(flow.file) 
    97113                    error() 
    98114                } 
    99                 fileService.delete(flow.file) 
    100115            }.to('done') 
    101116            on('previous').to('importData') 
     
    107122                flow.page=3 
    108123            } 
    109             //            onEnd{ 
    110             //                flow.clear() 
    111             //            } 
    112             //on("next").to "done" 
    113124        } 
    114125    }