Changeset 151


Ignore:
Timestamp:
Oct 22, 2010, 11:54:33 AM (6 years ago)
Author:
adem.bilican@…
Message:

Catching exceptions for file errors

Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • application.properties

    r149 r151  
    11#Grails Metadata file
    2 #Tue Oct 19 12:18:57 CEST 2010
     2#Fri Oct 22 10:34:10 CEST 2010
    33app.grails.version=1.3.5
    44app.name=sam
     
    66app.version=0.1.0
    77plugins.db-util=0.4
     8plugins.grom=0.1.2
    89plugins.hibernate=1.3.5
    910plugins.jquery=1.4.2.5
    10 plugins.nadd-neutralizer=0.3
    1111plugins.searchable=0.5.5
    1212plugins.tomcat=1.3.5
  • grails-app/conf/BuildConfig.groovy

    r1 r151  
    1313        grailsPlugins()
    1414        grailsHome()
     15        mavenRepo "http://nexus.nmcdsp.org/content/repositories/releases"
     16        grailsCentral()
    1517
    1618        // uncomment the below to enable remote dependency resolution
  • grails-app/controllers/importer/ImporterController.groovy

    r149 r151  
    117117                [title: 'Select Study'],
    118118                [title: 'Select Assay'],
     119                [title: 'Select Layout'],
    119120                [title: 'Input Assay Data'],
    120                 [title: 'Select Layout'],
    121121                [title: 'Select Data'],
    122122                [title: 'Show  Data'],
     
    205205                    error()
    206206                }
    207                
    208207            }.to "buildTableModel"
    209208            on("previous").to "selectAssay"
     
    233232                buildModel( flow )   // add all table data to the flow
    234233                if( flow.hasSubjectLayout ) { return subjectLayout() }
    235                 else                                        { return sampleLayout() }
     234                else { return sampleLayout() }
    236235            }
    237236            on("subjectLayout"){}.to "selectTypesForSubjectLayout"
     
    247246            }
    248247            on('refresh'){
    249                
    250                 println( ' refreshing ')
    251248                def measurementTypes = []
    252 
    253249                for(i in data.SimpleAssayMeasurementType.list()){
    254250                    measurementTypes.add(i.name)
     
    256252                }
    257253                flow.measurementTypes = measurementTypes
    258 
    259254            }.to('selectTypesForSampleLayout')
    260255            on("next"){
    261                 println('PARAMS '+ params)
    262256                // return the list of subjects and assays
    263                 addMeasurementsToFlow(flow, params)  // set up-to-date measurements in flow.measurements
     257                try{
     258                    addMeasurementsToFlow(flow, params)  // set up-to-date measurements in flow.measurements
     259                }
     260                catch (Exception e) {
     261                    flash.erors = "Error"
     262                    error()
     263                }
    264264            }.to "showDataForSampleLayout"
    265265            on("previous").to('selectLayout')
  • grails-app/controllers/importer/MeasurementTypeImporterController.groovy

    r149 r151  
    5858                if( (tabbedTable.replaceAll("^\\s+", "").size() > 0) && (params['file'] == "null" ) ) {   
    5959                    flow.tab = tabbedTable
    60                     this.parseData(ImporterService, flow.tab, flow)
    61                     flow.file = params['file']
    62                     success()
     60                    try {
     61                        this.parseData(ImporterService, flow.tab, flow)
     62                        flow.file = params['file']
     63                        success()
     64                    }
     65                    catch (Exception e) {
     66                        flash.errors = "Input Error : Please check your input data"
     67                        error()
     68                    }
    6369                }
    6470                // there is a file
    6571                else if ((tabbedTable.replaceAll("^\\s+", "").size() == 0) && (params['file'] != "null" )) {
    66                     this.parseData(ImporterService, fileService.get(params['file']) ,flow)
    67                     flow.file = params['file']
    68                     success()
     72                    try{
     73                        this.parseData(ImporterService, fileService.get(params['file']) ,flow)
     74                        flow.file = params['file']
     75                        success()
     76                    }
     77                    catch (Exception e){
     78                        flash.errors = "File Error : Please check the file integrity"
     79                        error()
     80                    }
    6981                }
    7082                // catch error if there is nothing to do
     
    90102            on('next'){
    91103                flash.errors=false
    92                 if (this.isValid(params['att'],flow.datamatrix,flash,flow)) {
     104                try {
     105                    this.isValid(params['att'],flow.datamatrix,flash,flow)
     106                    fileService.delete(flow.file)
    93107                    success()
    94                 }
    95                 else {
    96                     flash.errors = 'Input Data not correct'
     108
     109                }
     110                catch (Exception e) {
     111                    flash.errors = 'Error : Please check your selection'
     112                    fileService.delete(flow.file)
    97113                    error()
    98114                }
    99                 fileService.delete(flow.file)
    100115            }.to('done')
    101116            on('previous').to('importData')
     
    107122                flow.page=3
    108123            }
    109             //            onEnd{
    110             //                flow.clear()
    111             //            }
    112             //on("next").to "done"
    113124        }
    114125    }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.