Changeset 326

Show
Ignore:
Timestamp:
02-04-12 22:41:57 (2 years ago)
Author:
tim.te.beek@…
Message:

Add TODO to look into CategoryPlot?
Handle errors when retrieving attribute values
Document getExpressionValues

Location:
trunk/expression-data-viewer/src/main/java/nl/nbic/brs/expview
Files:
2 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/expression-data-viewer/src/main/java/nl/nbic/brs/expview/ExpressionDataViewerPlugin.java

    r324 r326  
    3232public class ExpressionDataViewerPlugin extends CytoscapePlugin { 
    3333        public ExpressionDataViewerPlugin() { 
     34                // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the ExpressionDataViewerPlugin.class CyLogger 
     35                final CyLogger logger = CyLogger.getLogger(ExpressionDataViewerPlugin.class); 
     36                logger.addLogHandler(QueryableLogHandler.getLogHandler(), LogLevel.LOG_INFO);// Only log INFO or higher 
     37 
    3438                // We should not create or call methods on Swing Components outside EDT, so schedule this for later invocation 
    3539                SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() { 
     
    5862                                                                        // TODO Make the plot interactive to for instance toggle specific plot lines 
    5963                                                                        // TODO Improve the plot graphics, subtitle, hide advertisement, etc 
     64                                                                        // TODO Look into CategoryPlot instead, as per the Java Web start examples 
    6065                                                                        final JLineChart lineChart = new JLineChart(); 
    6166                                                                        DefaultXYDataset dataset = new DefaultXYDataset(); 
     
    7580                                                                        dialog.setVisible(true); 
    7681                                                                } 
    77                                                                 catch (InterruptedException e1) { 
    78                                                                         // TODO Auto-generated catch block 
    79                                                                         e1.printStackTrace(); 
     82                                                                catch (InterruptedException iex) { 
     83                                                                        iex.printStackTrace(); 
     84                                                                        logger.error("Retrieving expression values was interrupted", iex); 
    8085                                                                } 
    81                                                                 catch (ExecutionException e1) { 
    82                                                                         // TODO Auto-generated catch block 
    83                                                                         e1.printStackTrace(); 
     86                                                                catch (ExecutionException eex) { 
     87                                                                        eex.printStackTrace(); 
     88                                                                        logger.error("Retrieving expression values threw error", eex); 
    8489                                                                } 
    8590                                                        } 
     
    97102                        } 
    98103                }); 
    99  
    100                 // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the ExpressionDataViewerPlugin.class CyLogger 
    101                 CyLogger logger = CyLogger.getLogger(ExpressionDataViewerPlugin.class); 
    102                 logger.addLogHandler(QueryableLogHandler.getLogHandler(), LogLevel.LOG_INFO);// Only log INFO or higher 
    103104        } 
    104105} 
  • trunk/expression-data-viewer/src/main/java/nl/nbic/brs/expview/PlotUtils.java

    r323 r326  
    1414public class PlotUtils { 
    1515        /** 
    16          * TODO Document 
     16         * For each selected node, retrieve all numerical attribute values for attributes whose names end in "exp". 
    1717         *  
    1818         * @param selectedNodes 
    19          * @return mapping of CyNode to double[][] XY-data to use in plotting 
     19         *            the nodes for which to retrieve any numerical expression values 
     20         * @return mapping of CyNode.identifier to double[][] XY-data to use in plotting 
    2021         */ 
    2122        public static SortedMap<String, double[][]> getExpressionValues(final Collection<CyNode> selectedNodes) {