Changeset 326


Ignore:
Timestamp:
Apr 2, 2012, 10:41:57 PM (5 years ago)
Author:
tim.te.beek@…
Message:

Add TODO to look into CategoryPlot?
Handle errors when retrieving attribute values
Document getExpressionValues

Location:
trunk/expression-data-viewer/src/main/java/nl/nbic/brs/expview
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/expression-data-viewer/src/main/java/nl/nbic/brs/expview/ExpressionDataViewerPlugin.java

    r324 r326  
    3232public class ExpressionDataViewerPlugin extends CytoscapePlugin {
    3333        public ExpressionDataViewerPlugin() {
     34                // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the ExpressionDataViewerPlugin.class CyLogger
     35                final CyLogger logger = CyLogger.getLogger(ExpressionDataViewerPlugin.class);
     36                logger.addLogHandler(QueryableLogHandler.getLogHandler(), LogLevel.LOG_INFO);// Only log INFO or higher
     37
    3438                // We should not create or call methods on Swing Components outside EDT, so schedule this for later invocation
    3539                SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
     
    5862                                                                        // TODO Make the plot interactive to for instance toggle specific plot lines
    5963                                                                        // TODO Improve the plot graphics, subtitle, hide advertisement, etc
     64                                                                        // TODO Look into CategoryPlot instead, as per the Java Web start examples
    6065                                                                        final JLineChart lineChart = new JLineChart();
    6166                                                                        DefaultXYDataset dataset = new DefaultXYDataset();
     
    7580                                                                        dialog.setVisible(true);
    7681                                                                }
    77                                                                 catch (InterruptedException e1) {
    78                                                                         // TODO Auto-generated catch block
    79                                                                         e1.printStackTrace();
     82                                                                catch (InterruptedException iex) {
     83                                                                        iex.printStackTrace();
     84                                                                        logger.error("Retrieving expression values was interrupted", iex);
    8085                                                                }
    81                                                                 catch (ExecutionException e1) {
    82                                                                         // TODO Auto-generated catch block
    83                                                                         e1.printStackTrace();
     86                                                                catch (ExecutionException eex) {
     87                                                                        eex.printStackTrace();
     88                                                                        logger.error("Retrieving expression values threw error", eex);
    8489                                                                }
    8590                                                        }
     
    97102                        }
    98103                });
    99 
    100                 // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the ExpressionDataViewerPlugin.class CyLogger
    101                 CyLogger logger = CyLogger.getLogger(ExpressionDataViewerPlugin.class);
    102                 logger.addLogHandler(QueryableLogHandler.getLogHandler(), LogLevel.LOG_INFO);// Only log INFO or higher
    103104        }
    104105}
  • trunk/expression-data-viewer/src/main/java/nl/nbic/brs/expview/PlotUtils.java

    r323 r326  
    1414public class PlotUtils {
    1515        /**
    16          * TODO Document
     16         * For each selected node, retrieve all numerical attribute values for attributes whose names end in "exp".
    1717         *
    1818         * @param selectedNodes
    19          * @return mapping of CyNode to double[][] XY-data to use in plotting
     19         *            the nodes for which to retrieve any numerical expression values
     20         * @return mapping of CyNode.identifier to double[][] XY-data to use in plotting
    2021         */
    2122        public static SortedMap<String, double[][]> getExpressionValues(final Collection<CyNode> selectedNodes) {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.