Changeset 260

Show
Ignore:
Timestamp:
14-03-12 14:53:46 (2 years ago)
Author:
tim.te.beek@…
Message:

Add plugin specific cytoscape categories to properties
Only add shade plugin in alternative table import

Location:
trunk
Files:
4 modified
3 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/alternative-table-import/pom.xml

    r258 r260  
    1111        <name>Alternative Table Import</name> 
    1212        <description>Cytoscape plugin to load nodes, edges and attributes from comma separated value files.</description> 
     13        <properties> 
     14                <cytoscape.category>Network and Attribute I/O</cytoscape.category> 
     15        </properties> 
    1316        <profiles> 
    1417                <profile> 
     
    7679                                </configuration> 
    7780                        </plugin> 
     81                        <plugin> 
     82                                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId> 
     83                                <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId> 
     84                                <version>1.5</version> 
     85                                <executions> 
     86                                        <execution> 
     87                                                <phase>package</phase> 
     88                                                <goals> 
     89                                                        <goal>shade</goal> 
     90                                                </goals> 
     91                                        </execution> 
     92                                </executions> 
     93                        </plugin> 
    7894                </plugins> 
    7995        </build> 
  • trunk/alternative-table-import/src/main/resources/downloadsite.xml

    r218 r260  
    11<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
    22<project> 
    3         <!-- global info regarding the project these plugins come from --> 
    43        <name>NBIC BRS Cytoscape Plugins</name> 
    54        <description>Cytoscape Plugins developed by NBIC BRS</description> 
    65        <url>${project.organization.url}</url> 
    7         <!-- contains all the available plugins --> 
    86        <pluginlist> 
    9                 <!-- describes a single plugin --> 
     7        <!-- describes a single plugin --> 
    108                <plugin> 
    11                         <!-- id must be the same from one version to the next for updating --> 
     9                <!-- id must be the same from one version to the next for updating --> 
    1210                        <uniqueID>${project.artifactId}</uniqueID> 
    1311                        <name>${project.name}</name> 
    1412                        <description>${project.description}</description> 
    15                         <!-- versions may only be two numbers separated by a decimal --> 
     13                <!-- versions may only be two numbers separated by a decimal --> 
    1614                        <pluginVersion>${project.version}</pluginVersion> 
    1715 
    18                         <!-- compatible with these versions, a separate <version>entry is required for each compatible version --> 
     16                <!-- compatible with these versions, a separate <version>entry is required for each compatible version --> 
    1917                        <cytoscapeVersions> 
    2018                                <version>2.8</version> 
     
    2321                        <category>${cytoscape.category}</category> 
    2422 
    25                         <!-- url to download plugin file from --> 
    26                         <url>${repository.brs.public}nl/nbic/brs/${project.artifactId}/${project.version}/${project.artifactId}-${project.version}.jar</url> 
     23                <!-- url to download plugin file from --> 
     24                        <url>${repository.brs.public}nl/nbic/brs/${project.artifactId}/${project.version}/${project.artifactId}-${project.version}.jar 
     25                        </url> 
    2726 
    28                         <!-- add as many authors as you like --> 
     27                <!-- add as many authors as you like --> 
    2928                        <authorlist> 
    3029                                <author> 
     
    3433                        </authorlist> 
    3534 
    36                         <!-- license is NOT required, if used a license can be embedded in the xml or downloaded from a url --> 
     35                        <!-- license is NOT required, if used a license can be embedded in the xml or downloaded from a url --> 
    3736                        <license> 
    3837                                <url>${license.url}</url> 
  • trunk/piqc-plugin/pom.xml

    r258 r260  
    88        </parent> 
    99        <artifactId>piqc-plugin</artifactId> 
    10         <version>1.6</version> 
     10        <version>0.1</version> 
    1111        <name>ProteinIdentificationQuantification</name> 
    1212        <description>Cytoscape Plugin to load Protein Identification and Quantification data.</description> 
     13        <properties> 
     14                <cytoscape.category>Analysis</cytoscape.category> 
     15        </properties> 
    1316        <build> 
    1417                <plugins> 
  • trunk/piqc-plugin/src/main/resources/downloadsite.xml

    r218 r260  
    11<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
    22<project> 
    3         <!-- global info regarding the project these plugins come from --> 
    43        <name>NBIC BRS Cytoscape Plugins</name> 
    54        <description>Cytoscape Plugins developed by NBIC BRS</description> 
    65        <url>${project.organization.url}</url> 
    7         <!-- contains all the available plugins --> 
    86        <pluginlist> 
    97                <!-- describes a single plugin --> 
     
    2422 
    2523                        <!-- url to download plugin file from --> 
    26                         <url>${repository.brs.public}nl/nbic/brs/${project.artifactId}/${project.version}/${project.artifactId}-${project.version}.jar</url> 
     24                        <url>${repository.brs.public}nl/nbic/brs/${project.artifactId}/${project.version}/${project.artifactId}-${project.version}.jar 
     25                        </url> 
    2726 
    2827                        <!-- add as many authors as you like --> 
  • trunk/pom.xml

    r258 r260  
    2222                <license.url>http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.txt</license.url> 
    2323                <developer.name>Tim te Beek</developer.name> 
    24                 <cytoscape.category>Network and Attribute I/O</cytoscape.category> 
    2524                <cytoscape.version>2.8</cytoscape.version> 
    2625                <maven.build.timestamp.format>MMMM d, yyyy</maven.build.timestamp.format> 
     
    132131                                        <target>1.6</target> 
    133132                                        <optimize>true</optimize> 
    134                                         <debug>true</debug> 
    135133                                        <showDeprecation>true</showDeprecation> 
    136134                                        <showWarnings>true</showWarnings> 
    137135                                </configuration> 
    138                         </plugin> 
    139                         <plugin> 
    140                                 <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId> 
    141                                 <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId> 
    142                                 <version>1.5</version> 
    143                                 <executions> 
    144                                         <execution> 
    145                                                 <phase>package</phase> 
    146                                                 <goals> 
    147                                                         <goal>shade</goal> 
    148                                                 </goals> 
    149                                         </execution> 
    150                                 </executions> 
    151136                        </plugin> 
    152137                </plugins> 
  • trunk/subnetworkcreator-plugin/pom.xml

    r258 r260  
    1111        <name>SubnetworkCreator</name> 
    1212        <description>Cytoscape Plugin to create subnetworks for disconnected graphs.</description> 
     13        <properties> 
     14                <cytoscape.category>Network Inference</cytoscape.category> 
     15        </properties> 
    1316        <build> 
    1417                <plugins> 
  • trunk/subnetworkcreator-plugin/src/main/resources/downloadsite.xml

    r114 r260  
    11<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
    22<project> 
    3         <!-- global info regarding the project these plugins come from --> 
    43        <name>NBIC BRS Cytoscape Plugins</name> 
    54        <description>Cytoscape Plugins developed by NBIC BRS</description> 
    65        <url>${project.organization.url}</url> 
    7         <!-- contains all the available plugins --> 
    86        <pluginlist> 
    97                <!-- describes a single plugin --> 
     
    2422 
    2523                        <!-- url to download plugin file from --> 
    26                         <url>${repository.brs.public}nl/nbic/brs/${project.artifactId}/${project.version}/${project.artifactId}-${project.version}.jar</url> 
     24                        <url>${repository.brs.public}nl/nbic/brs/${project.artifactId}/${project.version}/${project.artifactId}-${project.version}.jar 
     25                        </url> 
    2726 
    2827                        <!-- add as many authors as you like -->