Changeset 253


Ignore:
Timestamp:
Mar 13, 2012, 5:09:28 PM (5 years ago)
Author:
tim.te.beek@…
Message:

Rename Plugin class

Location:
trunk/alternative-table-import
Files:
6 edited
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/alternative-table-import/pom.xml

    r251 r253  
    164164                                        <archive>
    165165                                                <manifestEntries>
    166                                                         <Cytoscape-Plugin>nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin</Cytoscape-Plugin>
     166                                                        <Cytoscape-Plugin>nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin</Cytoscape-Plugin>
    167167                                                </manifestEntries>
    168168                                        </archive>
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/AlternativeTableImportPlugin.java

    r252 r253  
    2626 * ${developer.name}, ${project.organization.name}
    2727 */
    28 public class PIQCPlugin extends CytoscapePlugin {
    29         public PIQCPlugin() {
     28public class AlternativeTableImportPlugin extends CytoscapePlugin {
     29        public AlternativeTableImportPlugin() {
    3030                // We should not create or call methods on Swing Components outside EDT, so schedule this for later invocation
    3131                SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
     
    5151                });
    5252
    53                 // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the PIQCPlugin.class CyLogger
    54                 CyLogger logger = CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class);
     53                // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the AlternativeTableImportPlugin.class CyLogger
     54                CyLogger logger = CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class);
    5555                logger.addLogHandler(QueryableLogHandler.getLogHandler(), LogLevel.LOG_INFO);// Only log INFO or higher
    5656        }
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/NetworkCreator.java

    r251 r253  
    6060                if (edgeIDAttr != null && edgeIDAttr == AlternateEdgeInteractions.COMPOSED.getIndex() && addiEdgeAttr.isEmpty()) {
    6161                        String error = "Composed Edge Interaction was selected, but no additional edge attributes where provided to compose, leading to a blank edge interaction!";
    62                         CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class).error(error);
     62                        CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class).error(error);
    6363                }
    6464
     
    133133        private static boolean addAdditionalAttributes(final ParsingTableModel tableModel, final CyAttributes cyAttributes, final SortedSet<Integer> additionalAttrIndices, final String identifier, final int row) {
    134134                boolean warningWasLogged = false;
    135                 CyLogger logger = CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class);
     135                CyLogger logger = CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class);
    136136                for (int addiIdx : additionalAttrIndices) {
    137137                        String attrName = tableModel.getColumnName(addiIdx);
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/models/ParsingTableModel.java

    r251 r253  
    2626import cytoscape.logger.CyLogger;
    2727
    28 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin;
     28import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin;
    2929
    3030/**
     
    120120
    121121                        // The logger to use for any warnings
    122                         CyLogger logger = CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class);
     122                        CyLogger logger = CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class);
    123123                        boolean warningLogged = false;
    124124
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/views/ButtonPanel.java

    r251 r253  
    2727
    2828import nl.nbic.brs.alttableimport.NetworkCreator;
    29 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin;
     29import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin;
    3030import nl.nbic.brs.alttableimport.QueryableLogHandler;
    3131import nl.nbic.brs.alttableimport.models.ParserSettingsModel;
     
    143143                                                catch (InterruptedException iex) {
    144144                                                        iex.printStackTrace();
    145                                                         CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class).error("Create network failed", iex);
     145                                                        CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class).error("Create network failed", iex);
    146146                                                }
    147147                                                catch (ExecutionException eex) {
    148148                                                        eex.printStackTrace();
    149                                                         CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class).error("Create network failed", eex);
     149                                                        CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class).error("Create network failed", eex);
    150150                                                }
    151151
    152                                                 // Launch LoggerDialog if any warnings or errors where logged against PIQCPlugin
     152                                                // Launch LoggerDialog if any warnings or errors where logged against AlternativeTableImportPlugin
    153153                                                if (QueryableLogHandler.getLogHandler().anyUnseenWarnings())
    154154                                                        LoggerDialog.getLoggerDialog().setVisible(true);
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/views/InteractionPanel.java

    r251 r253  
    3030import lombok.Getter;
    3131
    32 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin;
     32import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin;
    3333import nl.nbic.brs.alttableimport.models.AlternateEdgeInteractions;
    3434import nl.nbic.brs.alttableimport.models.ParsingTableModel;
     
    440440        final AttributeAccessor                 attributeAccessor;
    441441
    442         private static final ImageIcon  upIcon          = new ImageIcon(PIQCPlugin.class.getResource("/images/up24.png"));
    443         private static final ImageIcon  downIcon        = new ImageIcon(PIQCPlugin.class.getResource("/images/down24.png"));
     442        private static final ImageIcon  upIcon          = new ImageIcon(AlternativeTableImportPlugin.class.getResource("/images/up24.png"));
     443        private static final ImageIcon  downIcon        = new ImageIcon(AlternativeTableImportPlugin.class.getResource("/images/down24.png"));
    444444
    445445        public UpDownButton(final ParsingTableModel _tableModel, final JList _attributesList, final AttributeAccessor _attributeAccessor, final boolean addNotRemove) {
  • trunk/alternative-table-import/src/test/java/nl/nbic/brs/alttableimport/LaunchCytoscapeWithPlugin.java

    r251 r253  
    44import java.util.List;
    55
    6 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin;
     6import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin;
    77
    88public class LaunchCytoscapeWithPlugin {
     
    2121                // Plugin under development
    2222                arguments.add("--plugin");
    23                 arguments.add(PIQCPlugin.class.getName());
     23                arguments.add(AlternativeTableImportPlugin.class.getName());
    2424
    2525                // Add debug plugins only if available
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.