Changeset 253

Show
Ignore:
Timestamp:
13-03-12 17:09:28 (2 years ago)
Author:
tim.te.beek@…
Message:

Rename Plugin class

Location:
trunk/alternative-table-import
Files:
6 modified
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/alternative-table-import/pom.xml

    r251 r253  
    164164                                        <archive> 
    165165                                                <manifestEntries> 
    166                                                         <Cytoscape-Plugin>nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin</Cytoscape-Plugin> 
     166                                                        <Cytoscape-Plugin>nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin</Cytoscape-Plugin> 
    167167                                                </manifestEntries> 
    168168                                        </archive> 
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/AlternativeTableImportPlugin.java

    r251 r253  
    2626 * ${developer.name}, ${project.organization.name} 
    2727 */ 
    28 public class PIQCPlugin extends CytoscapePlugin { 
    29         public PIQCPlugin() { 
     28public class AlternativeTableImportPlugin extends CytoscapePlugin { 
     29        public AlternativeTableImportPlugin() { 
    3030                // We should not create or call methods on Swing Components outside EDT, so schedule this for later invocation 
    3131                SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() { 
     
    5151                }); 
    5252 
    53                 // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the PIQCPlugin.class CyLogger 
    54                 CyLogger logger = CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class); 
     53                // And an CyLogHandler that we can ask for it's dirty state to the AlternativeTableImportPlugin.class CyLogger 
     54                CyLogger logger = CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class); 
    5555                logger.addLogHandler(QueryableLogHandler.getLogHandler(), LogLevel.LOG_INFO);// Only log INFO or higher 
    5656        } 
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/models/ParsingTableModel.java

    r251 r253  
    2626import cytoscape.logger.CyLogger; 
    2727 
    28 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin; 
     28import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin; 
    2929 
    3030/** 
     
    120120 
    121121                        // The logger to use for any warnings 
    122                         CyLogger logger = CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class); 
     122                        CyLogger logger = CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class); 
    123123                        boolean warningLogged = false; 
    124124 
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/NetworkCreator.java

    r251 r253  
    6060                if (edgeIDAttr != null && edgeIDAttr == AlternateEdgeInteractions.COMPOSED.getIndex() && addiEdgeAttr.isEmpty()) { 
    6161                        String error = "Composed Edge Interaction was selected, but no additional edge attributes where provided to compose, leading to a blank edge interaction!"; 
    62                         CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class).error(error); 
     62                        CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class).error(error); 
    6363                } 
    6464 
     
    133133        private static boolean addAdditionalAttributes(final ParsingTableModel tableModel, final CyAttributes cyAttributes, final SortedSet<Integer> additionalAttrIndices, final String identifier, final int row) { 
    134134                boolean warningWasLogged = false; 
    135                 CyLogger logger = CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class); 
     135                CyLogger logger = CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class); 
    136136                for (int addiIdx : additionalAttrIndices) { 
    137137                        String attrName = tableModel.getColumnName(addiIdx); 
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/views/ButtonPanel.java

    r251 r253  
    2727 
    2828import nl.nbic.brs.alttableimport.NetworkCreator; 
    29 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin; 
     29import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin; 
    3030import nl.nbic.brs.alttableimport.QueryableLogHandler; 
    3131import nl.nbic.brs.alttableimport.models.ParserSettingsModel; 
     
    143143                                                catch (InterruptedException iex) { 
    144144                                                        iex.printStackTrace(); 
    145                                                         CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class).error("Create network failed", iex); 
     145                                                        CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class).error("Create network failed", iex); 
    146146                                                } 
    147147                                                catch (ExecutionException eex) { 
    148148                                                        eex.printStackTrace(); 
    149                                                         CyLogger.getLogger(PIQCPlugin.class).error("Create network failed", eex); 
     149                                                        CyLogger.getLogger(AlternativeTableImportPlugin.class).error("Create network failed", eex); 
    150150                                                } 
    151151 
    152                                                 // Launch LoggerDialog if any warnings or errors where logged against PIQCPlugin 
     152                                                // Launch LoggerDialog if any warnings or errors where logged against AlternativeTableImportPlugin 
    153153                                                if (QueryableLogHandler.getLogHandler().anyUnseenWarnings()) 
    154154                                                        LoggerDialog.getLoggerDialog().setVisible(true); 
  • trunk/alternative-table-import/src/main/java/nl/nbic/brs/alttableimport/views/InteractionPanel.java

    r251 r253  
    3030import lombok.Getter; 
    3131 
    32 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin; 
     32import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin; 
    3333import nl.nbic.brs.alttableimport.models.AlternateEdgeInteractions; 
    3434import nl.nbic.brs.alttableimport.models.ParsingTableModel; 
     
    440440        final AttributeAccessor                 attributeAccessor; 
    441441 
    442         private static final ImageIcon  upIcon          = new ImageIcon(PIQCPlugin.class.getResource("/images/up24.png")); 
    443         private static final ImageIcon  downIcon        = new ImageIcon(PIQCPlugin.class.getResource("/images/down24.png")); 
     442        private static final ImageIcon  upIcon          = new ImageIcon(AlternativeTableImportPlugin.class.getResource("/images/up24.png")); 
     443        private static final ImageIcon  downIcon        = new ImageIcon(AlternativeTableImportPlugin.class.getResource("/images/down24.png")); 
    444444 
    445445        public UpDownButton(final ParsingTableModel _tableModel, final JList _attributesList, final AttributeAccessor _attributeAccessor, final boolean addNotRemove) { 
  • trunk/alternative-table-import/src/test/java/nl/nbic/brs/alttableimport/LaunchCytoscapeWithPlugin.java

    r251 r253  
    44import java.util.List; 
    55 
    6 import nl.nbic.brs.alttableimport.PIQCPlugin; 
     6import nl.nbic.brs.alttableimport.AlternativeTableImportPlugin; 
    77 
    88public class LaunchCytoscapeWithPlugin { 
     
    2121                // Plugin under development 
    2222                arguments.add("--plugin"); 
    23                 arguments.add(PIQCPlugin.class.getName()); 
     23                arguments.add(AlternativeTableImportPlugin.class.getName()); 
    2424 
    2525                // Add debug plugins only if available